More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1857 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010814  Glov_1508  nucleotide sugar dehydrogenase  71.36 
 
 
434 aa  662    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1673  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  71.13 
 
 
435 aa  653    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1857  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  100 
 
 
438 aa  900    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0559599  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1299  UDP-glucose 6-dehydrogenase  56.54 
 
 
441 aa  539  9.999999999999999e-153  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.165052  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1480  nucleotide sugar dehydrogenase  56.41 
 
 
448 aa  505  9.999999999999999e-143  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.4016  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1818  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  57.21 
 
 
439 aa  505  9.999999999999999e-143  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.387792  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1384  nucleotide sugar dehydrogenase  56.18 
 
 
448 aa  503  1e-141  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2474  UDP-glucose 6-dehydrogenase  56.28 
 
 
449 aa  502  1e-141  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.323827  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4103  nucleotide sugar dehydrogenase  53.52 
 
 
441 aa  479  1e-134  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4278  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  52.83 
 
 
441 aa  478  1e-133  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2833  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  54.03 
 
 
448 aa  466  9.999999999999999e-131  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4504  nucleotide sugar dehydrogenase  50.82 
 
 
451 aa  464  1e-129  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.377712  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3939  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  54.16 
 
 
505 aa  462  1e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.809757  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4429  nucleotide sugar dehydrogenase  54.94 
 
 
440 aa  462  1e-129  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4419  nucleotide sugar dehydrogenase  53.49 
 
 
440 aa  461  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4451  nucleotide sugar dehydrogenase  54.46 
 
 
441 aa  460  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659148  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4292  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.81 
 
 
440 aa  459  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3083  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.21 
 
 
435 aa  460  9.999999999999999e-129  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5968  nucleotide sugar dehydrogenase  52.08 
 
 
445 aa  455  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0599498 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1238  nucleotide sugar dehydrogenase  50.24 
 
 
437 aa  455  1e-127  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.836268  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0487  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  52.76 
 
 
447 aa  455  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5249  nucleotide sugar dehydrogenase  52.24 
 
 
446 aa  452  1.0000000000000001e-126  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2396  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.54 
 
 
435 aa  454  1.0000000000000001e-126  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6764  nucleotide sugar dehydrogenase  54.38 
 
 
456 aa  451  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0817646  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6571  nucleotide sugar dehydrogenase  53.58 
 
 
443 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.430897  normal  0.0960197 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1229  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  52.04 
 
 
442 aa  443  1e-123  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.425997  normal  0.200381 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2167  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  53.05 
 
 
442 aa  444  1e-123  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.959713  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7121  nucleotide sugar dehydrogenase  52.78 
 
 
450 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.168128  normal  0.1616 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3256  nucleotide sugar dehydrogenase  50.24 
 
 
437 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0961  nucleotide sugar dehydrogenase  48.94 
 
 
435 aa  435  1e-121  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0023  UDP-glucose 6-dehydrogenase  48.02 
 
 
432 aa  436  1e-121  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000576582  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4589  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.72 
 
 
465 aa  430  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.338579  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1553  nucleotide sugar dehydrogenase  50 
 
 
440 aa  427  1e-118  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2863  nucleotide sugar dehydrogenase  48.58 
 
 
447 aa  424  1e-117  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3827  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  48.2 
 
 
438 aa  421  1e-116  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.10325  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0353  nucleotide sugar dehydrogenase  48.45 
 
 
434 aa  417  9.999999999999999e-116  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0335  UDP-glucose 6-dehydrogenase  48.45 
 
 
434 aa  417  9.999999999999999e-116  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0636  nucleotide sugar dehydrogenase  48.11 
 
 
439 aa  412  1e-114  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.96458 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1339  UDP-glucose 6-dehydrogenase  47.86 
 
 
434 aa  414  1e-114  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0575  nucleotide sugar dehydrogenase  48.19 
 
 
432 aa  412  1e-114  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0359  nucleotide sugar dehydrogenase  46.56 
 
 
439 aa  390  1e-107  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1675  nucleotide sugar dehydrogenase  46.92 
 
 
440 aa  382  1e-105  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.160013  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0705  UDP-glucose 6-dehydrogenase  46.37 
 
 
438 aa  374  1e-102  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000613921  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0376  UDP-glucose 6-dehydrogenase  44.15 
 
 
420 aa  370  1e-101  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0162  nucleotide sugar dehydrogenase  43.41 
 
 
420 aa  365  1e-99  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.454835  normal  0.490943 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3870  nucleotide sugar dehydrogenase  44.64 
 
 
442 aa  362  1e-98  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6488  lipopolysaccharide biosynthesis protein  45.02 
 
 
419 aa  353  4e-96  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3852  nucleotide sugar dehydrogenase  42.96 
 
 
453 aa  350  2e-95  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0199691  normal  0.463935 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2529  putative UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  43.34 
 
 
439 aa  348  1e-94  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1688  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  44.95 
 
 
418 aa  347  2e-94  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.833152  hitchhiker  0.000246371 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26760  nucleotide sugar dehydrogenase  43.24 
 
 
416 aa  347  2e-94  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.84337 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1309  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  43.9 
 
 
450 aa  345  1e-93  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0281238  normal 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5667  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  39.48 
 
 
442 aa  342  1e-92  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal  0.0209397 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2856  UDP-N-acetyl-D-mannosaminuronate dehydrogenase  40.09 
 
 
442 aa  340  4e-92  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.347972  hitchhiker  0.00000634421 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0509  putative polysaccharide biosynthesis protein  41.79 
 
 
413 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0429  UDP-glucose 6-dehydrogenase  40.88 
 
 
423 aa  335  7e-91  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2164  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  43.49 
 
 
471 aa  334  2e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0560  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  42.34 
 
 
414 aa  332  1e-89  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0562  putative polysaccharide biosynthesis protein  42.11 
 
 
414 aa  329  5.0000000000000004e-89  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7640  nucleotide sugar dehydrogenase  44.55 
 
 
418 aa  326  4.0000000000000003e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4814  putative polysaccharide biosynthesis protein  41.3 
 
 
414 aa  324  2e-87  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0421  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  41.79 
 
 
414 aa  323  3e-87  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0417  UDP-N-acetyl-D-mannosamine 6-dehydrogenase  41.79 
 
 
414 aa  323  3e-87  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0487  putative polysaccharide biosynthesis protein  41.79 
 
 
413 aa  323  4e-87  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0423  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  41.79 
 
 
414 aa  320  3e-86  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0240  nucleotide sugar dehydrogenase  37.3 
 
 
453 aa  318  2e-85  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.836377  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2807  nucleotide sugar dehydrogenase  39.69 
 
 
428 aa  309  5e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05630  UDP-N-acetyl-D-mannosaminuronate dehydrogenase  41.12 
 
 
417 aa  308  1.0000000000000001e-82  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1225  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  38.55 
 
 
477 aa  276  5e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3843  nucleotide sugar dehydrogenase  39.48 
 
 
415 aa  276  5e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0234219  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3559  nucleotide sugar dehydrogenase  38.74 
 
 
461 aa  268  2e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4644  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  38.35 
 
 
436 aa  265  2e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4732  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  38.35 
 
 
436 aa  265  2e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5027  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  38.35 
 
 
436 aa  264  2e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2267  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  36.08 
 
 
419 aa  259  5.0000000000000005e-68  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1550  nucleotide sugar dehydrogenase  36.73 
 
 
424 aa  250  5e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.896349  normal  0.523869 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5120  UDP-N-acetyl-D-mannosamine dehydrogenase  36.73 
 
 
427 aa  248  1e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5362  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  36.73 
 
 
427 aa  248  1e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5512  UDP-N-acetyl-D-mannosamine dehydrogenase  36.73 
 
 
427 aa  248  1e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4967  N-acylmannosamine 1-dehydrogenase (UDP-N-acetyl-D-mannosamine dehydrogenase); capsular polysaccharide synthesis enzyme  35.65 
 
 
427 aa  248  2e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1493  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  36.78 
 
 
423 aa  248  2e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00887113 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1397  VI polysaccharide biosynthesis protein VipA/tviB  34.68 
 
 
405 aa  246  4.9999999999999997e-64  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1221  nucleotide sugar dehydrogenase subfamily protein  33.33 
 
 
410 aa  246  9e-64  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00366346  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3392  UDP-N-acetyl-D-mannosaminuronic acid dehydrogenase  34.94 
 
 
432 aa  245  9.999999999999999e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.111608  normal  0.0970629 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3259  nucleotide sugar dehydrogenase  34.45 
 
 
426 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4763  nucleotide sugar dehydrogenase  35.55 
 
 
442 aa  244  3e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00000048772  normal  0.305749 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001773  UDP-glucose dehydrogenase  35 
 
 
426 aa  243  5e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.350291  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3190  polysaccharide biosynthesis protein  34.75 
 
 
426 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3997  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  36.11 
 
 
426 aa  242  7.999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0461  nucleotide sugar dehydrogenase subfamily protein  32.2 
 
 
410 aa  241  1e-62  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.231921  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0232  nucleotide sugar dehydrogenase  34.08 
 
 
427 aa  242  1e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1141  nucleotide sugar dehydrogenase  35.35 
 
 
461 aa  241  1e-62  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0666  VI polysaccharide biosynthesis protein VipA/tviB  34.04 
 
 
423 aa  240  4e-62  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.306604  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4704  nucleotide sugar dehydrogenase  36.22 
 
 
425 aa  240  4e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.963115  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1757  nucleotide sugar dehydrogenase  34.42 
 
 
437 aa  239  8e-62  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3288  nucleotide sugar dehydrogenase  33.49 
 
 
453 aa  239  1e-61  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.178741  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0611  nucleotide sugar dehydrogenase  35.66 
 
 
429 aa  238  2e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.15845  normal  0.0862821 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1431  nucleotide sugar dehydrogenase  36.57 
 
 
428 aa  238  2e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.869359  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3130  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  35.48 
 
 
433 aa  237  3e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0149  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  34.99 
 
 
420 aa  236  5.0000000000000005e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>