More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1404 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 350 aa  712    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.734865  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1413  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.84 
 
 		 332 aa  281  2e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.739242 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  41.31 
 
 		 326 aa  246  3e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.52 
 
 		 325 aa  238  2e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.169122  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 		 324 aa  231  2e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.61 
 
 		 333 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391976  normal  0.26803 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1869  ABC-type transport system protein  37.39 
 
 		 324 aa  225  1e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.45 
 
 		 321 aa  224  2e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.87 
 
 		 321 aa  220  3e-56  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0692911 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1766  peptide ABC transporter, permease protein  35.92 
 
 		 321 aa  219  7.999999999999999e-56  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.147265  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.99 
 
 		 325 aa  218  1e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.13 
 
 		 321 aa  218  1e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.793124  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1620  peptide ABC transporter, permease protein  35.73 
 
 		 321 aa  217  2e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.911317 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1484  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.03 
 
 		 339 aa  217  2e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.186938  normal  0.127201 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 		 321 aa  214  9.999999999999999e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.44 
 
 		 326 aa  211  1e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.26 
 
 		 326 aa  207  2e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.75386 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.85 
 
 		 344 aa  206  6e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2593  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.99 
 
 		 343 aa  206  6e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0920  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.01 
 
 		 343 aa  203  4e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.416644 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 		 344 aa  197  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.887108 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0779  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.89 
 
 		 339 aa  193  3e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0777268  normal  0.809759 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.8 
 
 		 321 aa  192  6e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.7 
 
 		 344 aa  192  8e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00114687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 		 318 aa  191  2e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2257  oligopeptide ABC transporter, permease component  34.65 
 
 		 321 aa  190  2.9999999999999997e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 		 336 aa  190  4e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000111157 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2554  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  34.75 
 
 		 321 aa  188  9e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0206  oligopeptide ABC transporter, permease  32.76 
 
 		 318 aa  186  4e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.38 
 
 		 331 aa  186  5e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 		 320 aa  185  9e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000183272  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2974  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.68 
 
 		 342 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.552398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.76 
 
 		 318 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5079  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.18 
 
 		 318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.823719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  31.25 
 
 		 339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  31.25 
 
 		 339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0267  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.24 
 
 		 318 aa  184  3e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.16 
 
 		 354 aa  183  4.0000000000000006e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.27 
 
 		 354 aa  182  1e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1274  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 		 345 aa  182  1e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000273194 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2742  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.22 
 
 		 344 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.564581  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0290  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  32.63 
 
 		 358 aa  181  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  31.25 
 
 		 351 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2128  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.41 
 
 		 350 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385957  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.05 
 
 		 344 aa  179  7e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.291354  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.61 
 
 		 319 aa  178  1e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  34.38 
 
 		 336 aa  178  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1174  transmembrane ABC transporter protein  32.88 
 
 		 351 aa  176  5e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000600892  normal  0.310327 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0249  oligopeptide ABC transporter, permease protein  31.03 
 
 		 318 aa  176  5e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0210  oligopeptide ABC transporter, permease  31.03 
 
 		 318 aa  176  7e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0232  oligopeptide ABC transporter permease protein  31.03 
 
 		 318 aa  176  7e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  32.58 
 
 		 333 aa  176  8e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  33.81 
 
 		 336 aa  175  9e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.34 
 
 		 358 aa  175  9e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.51 
 
 		 350 aa  175  9.999999999999999e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.94 
 
 		 349 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  33.81 
 
 		 336 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34 
 
 		 336 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  30.4 
 
 		 339 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  33.81 
 
 		 336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.52 
 
 		 336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.52 
 
 		 336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1109  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.87 
 
 		 350 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.651204 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  29.55 
 
 		 339 aa  173  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  29.55 
 
 		 339 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2080  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.96 
 
 		 347 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338378  normal  0.937484 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  30.11 
 
 		 339 aa  173  5e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  29.55 
 
 		 339 aa  173  5e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  33.7 
 
 		 336 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  33.52 
 
 		 336 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.9 
 
 		 345 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0191785  normal  0.0206964 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.87 
 
 		 350 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.939942  decreased coverage  0.0094028 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  29.55 
 
 		 339 aa  172  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  29.55 
 
 		 339 aa  172  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  29.55 
 
 		 339 aa  172  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  29.55 
 
 		 339 aa  172  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5370  ABC transporter, inner membrane subunit  32.4 
 
 		 347 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.190291  normal  0.861053 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.68 
 
 		 347 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.658809  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.68 
 
 		 347 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.251429  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  29.26 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  29.26 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  29.26 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  29.26 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  29.26 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  29.26 
 
 		 381 aa  171  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  29.26 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.4 
 
 		 347 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.54297 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  29.26 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  29.26 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  29.26 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  32.87 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0246  oligopeptide ABC transporter, permease protein  30.86 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0542782  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  31.73 
 
 		 336 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.38 
 
 		 316 aa  170  4e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00583871  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  31.73 
 
 		 336 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1637  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  30.62 
 
 		 345 aa  169  5e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.648202  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0434  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.48 
 
 		 358 aa  169  5e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0891876 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  31.73 
 
 		 336 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.95 
 
 		 334 aa  169  6e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>