More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2488 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2488  uroporphyrin-III C-methyltransferase  100 
 
 
287 aa  569  1e-161  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3179  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  57.37 
 
 
264 aa  284  1.0000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.911093 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1546  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.85 
 
 
283 aa  232  5e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.402925  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1679  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  47.1 
 
 
481 aa  232  5e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06660  putative uroporphyrin-III c-methyltransferase  50.61 
 
 
279 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.253082  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0611  putative uroporphyrin-III c-methyltransferase  50.41 
 
 
279 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33315  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0652  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  46.86 
 
 
493 aa  229  3e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1546  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.24 
 
 
277 aa  227  2e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.746626  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2728  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.83 
 
 
277 aa  225  8e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1443  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.17 
 
 
276 aa  224  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.224793  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28170  Uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.41 
 
 
464 aa  222  4.9999999999999996e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2313  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.01 
 
 
502 aa  222  7e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2089  ferrochelatase  46.97 
 
 
474 aa  219  3e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0691041  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3131  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.15 
 
 
286 aa  219  3e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.530041  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2492  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.18 
 
 
272 aa  217  2e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2904  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.43 
 
 
271 aa  216  4e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03694  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.4 
 
 
479 aa  216  4e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3403  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.38 
 
 
464 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3269  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51 
 
 
317 aa  216  5e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.848441  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3581  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  46.59 
 
 
464 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.249196  normal  0.492888 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0417  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.59 
 
 
462 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0232  siroheme synthase  49.58 
 
 
473 aa  215  5.9999999999999996e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3719  siroheme synthase  49.58 
 
 
470 aa  215  5.9999999999999996e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.411824  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3959  siroheme synthase  49.58 
 
 
473 aa  215  5.9999999999999996e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4228  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.39 
 
 
292 aa  215  7e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.276742  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3604  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.38 
 
 
463 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.556509 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0861  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.83 
 
 
472 aa  214  9.999999999999999e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.402872  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2892  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.33 
 
 
269 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0787  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.5 
 
 
273 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.464331  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0662  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.68 
 
 
271 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1111  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.21 
 
 
482 aa  213  3.9999999999999995e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3174  uroporphyrin-III C-methyltransferase, C-terminal:siroheme synthase, N-terminal  48.55 
 
 
464 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.108275  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0407  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.04 
 
 
259 aa  212  4.9999999999999996e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1834  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.96 
 
 
463 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000289405 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3999  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.96 
 
 
463 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.426226  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3344  siroheme synthase  48.36 
 
 
464 aa  212  7e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00903193  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0958  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.09 
 
 
273 aa  211  1e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.297399  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4598  siroheme synthase  50.42 
 
 
467 aa  211  1e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0863  uroporphyrin-III C-methyltransferase-like  49.15 
 
 
468 aa  211  2e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.147258  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2597  siroheme synthase  48.13 
 
 
465 aa  210  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3797  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.09 
 
 
269 aa  210  2e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253578  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3188  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.5 
 
 
272 aa  210  2e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0672  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.88 
 
 
273 aa  209  4e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608831 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30340  siroheme synthase  47.72 
 
 
465 aa  209  4e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03219  fused siroheme synthase 1,3-dimethyluroporphyriongen III dehydrogenase and siroheme ferrochelatase/uroporphyrinogen methyltransferase  47.06 
 
 
457 aa  208  6e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0344  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.06 
 
 
457 aa  208  6e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3838  siroheme synthase  47.06 
 
 
457 aa  209  6e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3650  siroheme synthase  47.06 
 
 
457 aa  208  6e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000355794 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3564  siroheme synthase  47.06 
 
 
457 aa  208  6e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0344  siroheme synthase  47.06 
 
 
457 aa  208  6e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.898093 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03171  hypothetical protein  47.06 
 
 
457 aa  208  6e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0671  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.8 
 
 
482 aa  208  7e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.523068  normal  0.0127709 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4679  siroheme synthase  47.06 
 
 
457 aa  208  7e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.839222 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3744  siroheme synthase  47.06 
 
 
457 aa  208  7e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2383  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  47.93 
 
 
462 aa  208  9e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.806488  hitchhiker  0.00704026 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3675  siroheme synthase  46.15 
 
 
459 aa  208  9e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3062  uroporphyrinogen-III methylase  46.89 
 
 
513 aa  208  1e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2235  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.39 
 
 
470 aa  208  1e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3796  siroheme synthase  47.9 
 
 
457 aa  207  2e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.01671 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3749  siroheme synthase  47.48 
 
 
457 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.848215 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2173  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  44.03 
 
 
489 aa  207  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3784  siroheme synthase  47.48 
 
 
457 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3846  siroheme synthase  47.48 
 
 
457 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.130759  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3675  siroheme synthase  47.48 
 
 
457 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2528  uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  42.92 
 
 
493 aa  205  6e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.172889  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0215  siroheme synthase  43.75 
 
 
462 aa  205  6e-52  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2138  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50 
 
 
299 aa  205  7e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0961  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.53 
 
 
281 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.509191  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3717  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.2 
 
 
288 aa  204  1e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4048  siroheme synthase  46.22 
 
 
459 aa  204  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0927  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.53 
 
 
281 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2619  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.21 
 
 
297 aa  203  2e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.179364  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3409  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.86 
 
 
278 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2471  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  45.2 
 
 
479 aa  204  2e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0675252  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3871  siroheme synthase  46.22 
 
 
459 aa  203  3e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.560083  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2356  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  42.26 
 
 
262 aa  203  3e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.463328  normal  0.682274 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0953  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.14 
 
 
278 aa  202  4e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.553083  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3362  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.95 
 
 
480 aa  202  5e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3073  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  44.18 
 
 
276 aa  202  5e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.419877  normal  0.821671 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0899  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  44.18 
 
 
276 aa  202  6e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3275  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  45.38 
 
 
254 aa  202  7e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413424  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3728  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.44 
 
 
276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1441  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.26 
 
 
283 aa  201  1.9999999999999998e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0862  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  43.78 
 
 
276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0632575  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1120  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  49.16 
 
 
266 aa  199  3e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.028269  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3519  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.13 
 
 
480 aa  199  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.605082  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1371  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.83 
 
 
502 aa  199  3.9999999999999996e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_4668  predicted protein  44.96 
 
 
249 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3044  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.03 
 
 
277 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1706  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  46.69 
 
 
297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1107  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.31 
 
 
487 aa  198  7.999999999999999e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3251  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.25 
 
 
247 aa  198  7.999999999999999e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000368183  hitchhiker  0.00000522176 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1698  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  44.77 
 
 
458 aa  198  7.999999999999999e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0715064 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2314  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  51.04 
 
 
290 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0400127  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1718  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.15 
 
 
314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2531  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.92 
 
 
342 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1025  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.6 
 
 
293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0795  siroheme synthase (Includes: Uroporphyrin-III C-methyltransferase, Precorrin-2 dehydrogenase,Sirohydrochlorin ferrochelatase)  42.92 
 
 
275 aa  196  4.0000000000000005e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.751719  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1335  uroporphyrin-III C-methyltransferase  38.49 
 
 
258 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1517  uroporphyrin-III C-methyltransferase  38.49 
 
 
258 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.58633e-17 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>