More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3893 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3893  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  100 
 
 
404 aa  845    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0707  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  69.33 
 
 
400 aa  600  1e-170  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.531901  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03050  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  65.34 
 
 
394 aa  543  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00335247  hitchhiker  0.0000264439 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0332  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  65.09 
 
 
394 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4478  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  63.37 
 
 
397 aa  536  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.238672 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2387  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  64.84 
 
 
395 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.665407 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3537  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  64.59 
 
 
395 aa  527  1e-148  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2237  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  64.43 
 
 
421 aa  527  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14390  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  63.59 
 
 
394 aa  525  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3500  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  63.84 
 
 
394 aa  521  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0347  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  64.07 
 
 
395 aa  517  1.0000000000000001e-145  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1907  p-hydroxybenzoate hydroxylase  63.09 
 
 
394 aa  513  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0133295  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1946  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  63.34 
 
 
395 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0857423  hitchhiker  0.00135918 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5020  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  62.06 
 
 
389 aa  504  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1983  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  61.56 
 
 
390 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.334759  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3583  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  62.56 
 
 
389 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.114816  normal  0.502455 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0339  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  60.8 
 
 
401 aa  499  1e-140  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.972507  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1901  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  59.45 
 
 
394 aa  498  1e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.213246 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1884  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  59.8 
 
 
390 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.316632  normal  0.150769 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2684  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  57.79 
 
 
390 aa  496  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.256405 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2382  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  58 
 
 
393 aa  490  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.123624  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4358  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  60.45 
 
 
391 aa  490  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119328  normal  0.266581 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4018  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  59.5 
 
 
398 aa  480  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2992  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  59.65 
 
 
389 aa  475  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.287088  normal  0.461236 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3182  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  56.28 
 
 
390 aa  475  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.62254 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3474  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  56.03 
 
 
390 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.119469 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0603  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  56.53 
 
 
389 aa  468  1.0000000000000001e-131  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.862767  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0441  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  56.33 
 
 
399 aa  469  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0641  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  56.28 
 
 
389 aa  466  9.999999999999999e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3723  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  55.03 
 
 
389 aa  461  1e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2710  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  56.03 
 
 
390 aa  455  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0561  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  56.03 
 
 
389 aa  457  1e-127  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.061935  normal  0.130471 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3479  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  55.64 
 
 
389 aa  450  1e-125  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4202  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  53.38 
 
 
390 aa  451  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6123  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  55.78 
 
 
390 aa  444  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.66418  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4161  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.39 
 
 
389 aa  448  1.0000000000000001e-124  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.314904 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2573  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.29 
 
 
389 aa  438  9.999999999999999e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2447  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.25 
 
 
408 aa  429  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3846  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.76 
 
 
391 aa  431  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.536675  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2436  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.77 
 
 
389 aa  431  1e-119  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.873151  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7086  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.39 
 
 
391 aa  424  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.335822  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2054  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.75 
 
 
408 aa  422  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.541897  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6220  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.14 
 
 
390 aa  419  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.315018  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3490  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  53.13 
 
 
389 aa  416  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.329756  normal  0.378344 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2573  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  53.77 
 
 
390 aa  415  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.526509  normal  0.0118004 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2242  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  50.5 
 
 
410 aa  404  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.123171  normal  0.990614 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5016  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  49.88 
 
 
410 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3157  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  49.63 
 
 
410 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.65281  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2458  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  49.75 
 
 
400 aa  389  1e-107  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00152384  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4006  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  46.87 
 
 
395 aa  386  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.187739  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5114  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  49.25 
 
 
410 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.223132  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5745  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  49.25 
 
 
410 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.758891  normal  0.0555876 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4478  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  48.76 
 
 
410 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0045  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  46.77 
 
 
407 aa  382  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3130  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  48.51 
 
 
410 aa  380  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1625  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  48.75 
 
 
395 aa  377  1e-103  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5289  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  47.88 
 
 
410 aa  372  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0066  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  46.65 
 
 
413 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.469601  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0053  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  46.65 
 
 
413 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.267189  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0045  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  46.38 
 
 
407 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7610  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  46.85 
 
 
392 aa  365  1e-100  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0055  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  46.4 
 
 
413 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.245205  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1551  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  46.63 
 
 
407 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1482  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  46.4 
 
 
413 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4456  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  46.25 
 
 
392 aa  368  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.459357 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1199  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  46.4 
 
 
413 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4014  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  46.46 
 
 
390 aa  364  1e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2506  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  43.97 
 
 
392 aa  359  4e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1564  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  46.73 
 
 
391 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0892208  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5490  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  45.45 
 
 
392 aa  355  5.999999999999999e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2040  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  45.45 
 
 
394 aa  354  1e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.256118 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2230  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  45.34 
 
 
392 aa  352  7e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.633224  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26690  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  45.75 
 
 
391 aa  348  1e-94  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140669  normal  0.205259 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1850  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  46.4 
 
 
396 aa  347  2e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2184  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  47.74 
 
 
389 aa  341  2e-92  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1534  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  45.48 
 
 
405 aa  338  9.999999999999999e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.792413  normal  0.0830995 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4886  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  44.12 
 
 
407 aa  337  1.9999999999999998e-91  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.879694  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2831  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  43.83 
 
 
391 aa  334  2e-90  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.543631  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4043  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  42.5 
 
 
396 aa  313  2.9999999999999996e-84  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3838  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  42.14 
 
 
395 aa  313  3.9999999999999997e-84  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3851  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  39.65 
 
 
397 aa  307  2.0000000000000002e-82  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000154299  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2382  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  48.49 
 
 
318 aa  284  2.0000000000000002e-75  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.60479  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2682  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  42.27 
 
 
402 aa  276  5e-73  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0923834 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5420  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  41.85 
 
 
400 aa  275  2.0000000000000002e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3796  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  35.26 
 
 
396 aa  211  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0336813  normal  0.0760844 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3413  monooxygenase, FAD-binding  23.3 
 
 
503 aa  70.5  0.00000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0619698  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5808  3-(3-hydroxyphenyl)propionate hydroxylase  23.38 
 
 
552 aa  70.5  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2384  hypothetical protein  35.64 
 
 
178 aa  70.5  0.00000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2748  monooxygenase FAD-binding protein  25.56 
 
 
489 aa  64.7  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1649  hypothetical protein  25 
 
 
497 aa  63.2  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.256973  normal  0.216495 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2454  regulatory proteins, IclR  24.34 
 
 
575 aa  63.2  0.000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.283629  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4404  monooxygenase FAD-binding  23.4 
 
 
565 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984317  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3750  monooxygenase, FAD-binding  23.57 
 
 
511 aa  62  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0581872  normal  0.69653 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1484  hypothetical protein  24.7 
 
 
499 aa  62  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115631  normal  0.323666 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4254  monooxygenase FAD-binding  26.36 
 
 
392 aa  61.6  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2807  monooxygenase FAD-binding  25.07 
 
 
417 aa  61.6  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.461648  normal  0.985986 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2883  pentachlorophenol monooxygenase  24.49 
 
 
537 aa  61.2  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.31187  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2896  pentachlorophenol monooxygenase  24.49 
 
 
537 aa  61.2  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.522184  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2852  pentachlorophenol monooxygenase  24.49 
 
 
537 aa  61.2  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.43223  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5774  monooxygenase, FAD-binding  22.76 
 
 
570 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.750601 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>