More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4018 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B5020  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  83.16 
 
 
389 aa  664    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4018  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  100 
 
 
398 aa  814    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4358  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  71.06 
 
 
391 aa  559  1e-158  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119328  normal  0.266581 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2382  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  69.77 
 
 
393 aa  556  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.123624  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0441  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  68.69 
 
 
399 aa  545  1e-154  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1983  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  68.48 
 
 
390 aa  544  1e-154  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.334759  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3583  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  69.25 
 
 
389 aa  544  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.114816  normal  0.502455 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1884  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  67.44 
 
 
390 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.316632  normal  0.150769 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1901  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  65.37 
 
 
394 aa  535  1e-151  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.213246 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0332  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  66.49 
 
 
394 aa  534  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03050  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  66.49 
 
 
394 aa  534  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00335247  hitchhiker  0.0000264439 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2573  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  67.53 
 
 
389 aa  528  1e-149  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2684  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  66.32 
 
 
390 aa  529  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.256405 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0339  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  65.37 
 
 
401 aa  520  1e-146  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.972507  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0603  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  64.51 
 
 
389 aa  517  1.0000000000000001e-145  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.862767  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0641  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  64.51 
 
 
389 aa  516  1.0000000000000001e-145  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4478  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  64.54 
 
 
397 aa  512  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.238672 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2992  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  67.44 
 
 
389 aa  514  1e-144  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.287088  normal  0.461236 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3474  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  64.34 
 
 
390 aa  509  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.119469 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3182  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  64.86 
 
 
390 aa  509  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.62254 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3500  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  65.46 
 
 
394 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3723  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  63.21 
 
 
389 aa  503  1e-141  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6220  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  65.45 
 
 
390 aa  500  1e-140  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.315018  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4202  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  62.27 
 
 
390 aa  500  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1907  p-hydroxybenzoate hydroxylase  64.69 
 
 
394 aa  497  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0133295  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0347  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  64.18 
 
 
395 aa  492  9.999999999999999e-139  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2387  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  62.47 
 
 
395 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.665407 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4161  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  60.98 
 
 
389 aa  489  1e-137  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.314904 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0561  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  62.18 
 
 
389 aa  489  1e-137  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.061935  normal  0.130471 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14390  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  63.66 
 
 
394 aa  491  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6123  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  65.63 
 
 
390 aa  489  1e-137  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.66418  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7086  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  64.08 
 
 
391 aa  484  1e-136  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.335822  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1946  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  62.21 
 
 
395 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0857423  hitchhiker  0.00135918 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3537  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  61.95 
 
 
395 aa  484  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3479  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  60.36 
 
 
389 aa  482  1e-135  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2237  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  61.22 
 
 
421 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0707  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  60.15 
 
 
400 aa  479  1e-134  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.531901  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3846  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  60.72 
 
 
391 aa  476  1e-133  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.536675  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2447  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  58.91 
 
 
408 aa  472  1e-132  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2242  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  60.47 
 
 
410 aa  462  1e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.123171  normal  0.990614 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3893  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  59.5 
 
 
404 aa  463  1e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2054  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  59.17 
 
 
408 aa  464  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.541897  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2710  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  58.51 
 
 
390 aa  460  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2436  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  59.17 
 
 
389 aa  459  9.999999999999999e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.873151  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4006  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  58.4 
 
 
395 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.187739  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3490  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  59.33 
 
 
389 aa  452  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.329756  normal  0.378344 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2573  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  58.66 
 
 
390 aa  438  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.526509  normal  0.0118004 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2458  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.96 
 
 
400 aa  419  1e-116  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00152384  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5289  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  55.93 
 
 
410 aa  412  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1564  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.78 
 
 
391 aa  412  1e-114  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0892208  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2506  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.07 
 
 
392 aa  409  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0045  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.12 
 
 
407 aa  409  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5016  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  55.41 
 
 
410 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3157  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  55.15 
 
 
410 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.65281  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7610  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.78 
 
 
392 aa  405  1.0000000000000001e-112  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0066  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  53.87 
 
 
413 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.469601  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1551  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.12 
 
 
407 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0053  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  53.87 
 
 
413 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.267189  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4478  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.12 
 
 
410 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5114  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.38 
 
 
410 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.223132  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4014  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.08 
 
 
390 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5745  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.38 
 
 
410 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.758891  normal  0.0555876 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0045  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  53.61 
 
 
407 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0055  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  53.61 
 
 
413 aa  395  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.245205  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3130  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  53.35 
 
 
410 aa  397  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2184  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  55.56 
 
 
389 aa  395  1e-109  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1199  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  53.61 
 
 
413 aa  395  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5490  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.43 
 
 
392 aa  396  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1482  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  53.61 
 
 
413 aa  395  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4886  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  53.54 
 
 
407 aa  394  1e-108  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.879694  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2230  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.43 
 
 
392 aa  394  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.633224  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2040  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  50.65 
 
 
394 aa  392  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.256118 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4456  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.94 
 
 
392 aa  390  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.459357 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1534  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.67 
 
 
405 aa  383  1e-105  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.792413  normal  0.0830995 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1625  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  50.26 
 
 
395 aa  379  1e-104  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1850  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.4 
 
 
396 aa  377  1e-103  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26690  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  50.39 
 
 
391 aa  365  1e-99  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140669  normal  0.205259 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2831  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  49.87 
 
 
391 aa  357  1.9999999999999998e-97  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.543631  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4043  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  48.2 
 
 
396 aa  349  5e-95  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3838  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  48.2 
 
 
395 aa  347  2e-94  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3851  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  45.1 
 
 
397 aa  329  4e-89  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000154299  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2682  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  47.18 
 
 
402 aa  314  1.9999999999999998e-84  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0923834 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5420  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  43 
 
 
400 aa  304  2.0000000000000002e-81  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2382  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  50.84 
 
 
318 aa  275  1.0000000000000001e-72  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.60479  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3796  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  36.14 
 
 
396 aa  223  6e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0336813  normal  0.0760844 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2384  hypothetical protein  58.06 
 
 
178 aa  112  1.0000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0143  monooxygenase FAD-binding protein  25.67 
 
 
968 aa  76.3  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1544  monooxygenase, FAD-binding protein  27.75 
 
 
478 aa  67.8  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.585572  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1567  monooxygenase, FAD-binding  27.75 
 
 
478 aa  67.8  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2135  monooxygenase FAD-binding  26.28 
 
 
540 aa  66.6  0.0000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.218617  normal  0.0232179 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1515  monooxygenase, FAD-binding  27.46 
 
 
478 aa  65.5  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.497595  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0616  3-(3-hydroxyphenyl)propionate hydroxylase  25.51 
 
 
580 aa  65.5  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1172  monooxygenase, FAD-binding  27.08 
 
 
535 aa  65.5  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.570475 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1655  hypothetical protein  25.72 
 
 
419 aa  64.3  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.151005  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3038  monooxygenase, FAD-binding  26.09 
 
 
409 aa  63.9  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0990  3-(3-hydroxyphenyl)propionate hydroxylase  26.36 
 
 
507 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2189  monooxygenase, FAD-binding  26.77 
 
 
490 aa  63.2  0.000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0791667  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2964  monooxygenase FAD-binding  27.2 
 
 
422 aa  62.8  0.000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000808449 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4254  monooxygenase FAD-binding  27.5 
 
 
392 aa  62.4  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3440  3-(3-hydroxyphenyl)propionate hydroxylase  23.69 
 
 
605 aa  62.8  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.845304  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>