More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3583 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1983  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  87.18 
 
 
390 aa  702    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.334759  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3583  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  100 
 
 
389 aa  795    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.114816  normal  0.502455 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1884  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  86.92 
 
 
390 aa  702    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.316632  normal  0.150769 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5020  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  72.82 
 
 
389 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2382  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  72.24 
 
 
393 aa  579  1e-164  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.123624  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0441  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  70.99 
 
 
399 aa  574  1.0000000000000001e-163  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4358  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  70.69 
 
 
391 aa  569  1e-161  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119328  normal  0.266581 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2992  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  71.98 
 
 
389 aa  564  1e-160  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.287088  normal  0.461236 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3474  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  70.26 
 
 
390 aa  564  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.119469 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03050  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  70.77 
 
 
394 aa  565  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00335247  hitchhiker  0.0000264439 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2684  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  70 
 
 
390 aa  563  1.0000000000000001e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.256405 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1901  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  67.61 
 
 
394 aa  558  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.213246 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6123  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  72.05 
 
 
390 aa  556  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.66418  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0332  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  69.74 
 
 
394 aa  556  1e-157  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3182  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  69.23 
 
 
390 aa  551  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.62254 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0641  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  68.21 
 
 
389 aa  549  1e-155  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0339  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  69.15 
 
 
401 aa  548  1e-155  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.972507  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4202  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  66.67 
 
 
390 aa  545  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3723  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  66.15 
 
 
389 aa  545  1e-154  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0603  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  67.95 
 
 
389 aa  545  1e-154  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.862767  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4018  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  69.25 
 
 
398 aa  544  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2573  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  67.78 
 
 
389 aa  535  1e-151  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3500  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  68.21 
 
 
394 aa  530  1e-149  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1907  p-hydroxybenzoate hydroxylase  68.46 
 
 
394 aa  527  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0133295  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4478  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  66.15 
 
 
397 aa  525  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.238672 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1946  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  64.71 
 
 
395 aa  518  1e-146  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0857423  hitchhiker  0.00135918 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14390  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  65.9 
 
 
394 aa  519  1e-146  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4161  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  64.1 
 
 
389 aa  515  1.0000000000000001e-145  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.314904 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3537  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  63.43 
 
 
395 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2387  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  63.68 
 
 
395 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.665407 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2237  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  63.17 
 
 
421 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0347  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  66.67 
 
 
395 aa  508  1e-143  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3846  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  64.27 
 
 
391 aa  506  9.999999999999999e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.536675  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0561  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  62.05 
 
 
389 aa  496  1e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.061935  normal  0.130471 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7086  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  63.75 
 
 
391 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.335822  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3479  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  62.05 
 
 
389 aa  491  9.999999999999999e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0707  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  61.87 
 
 
400 aa  489  1e-137  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.531901  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2710  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  61.54 
 
 
390 aa  481  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3893  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  62.56 
 
 
404 aa  481  1e-135  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6220  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  62.98 
 
 
390 aa  483  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.315018  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2447  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  58.46 
 
 
408 aa  475  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2436  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  60.41 
 
 
389 aa  477  1e-133  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.873151  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2054  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  58.72 
 
 
408 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.541897  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3490  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  61.54 
 
 
389 aa  465  9.999999999999999e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.329756  normal  0.378344 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2242  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  58.21 
 
 
410 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.123171  normal  0.990614 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4006  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  57.69 
 
 
395 aa  450  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.187739  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2573  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  59.49 
 
 
390 aa  450  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.526509  normal  0.0118004 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2230  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  55.67 
 
 
392 aa  422  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.633224  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4014  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  55.81 
 
 
390 aa  424  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2040  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  55.15 
 
 
394 aa  421  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.256118 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2506  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.31 
 
 
392 aa  416  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1564  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  55.9 
 
 
391 aa  417  9.999999999999999e-116  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0892208  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5289  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.73 
 
 
410 aa  414  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3157  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.22 
 
 
410 aa  414  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.65281  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5016  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.22 
 
 
410 aa  413  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3130  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  53.2 
 
 
410 aa  409  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0045  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.69 
 
 
407 aa  410  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5114  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  53.45 
 
 
410 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.223132  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5745  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  53.45 
 
 
410 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.758891  normal  0.0555876 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4478  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.94 
 
 
410 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2458  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.36 
 
 
400 aa  404  1e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00152384  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4456  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.82 
 
 
392 aa  403  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.459357 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5490  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  53.09 
 
 
392 aa  404  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0066  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  53.2 
 
 
413 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.469601  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0053  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  53.2 
 
 
413 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.267189  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0045  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.94 
 
 
407 aa  395  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1551  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.94 
 
 
407 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7610  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  53.47 
 
 
392 aa  395  1e-109  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1199  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.94 
 
 
413 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0055  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.94 
 
 
413 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.245205  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1482  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.94 
 
 
413 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2831  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  50.26 
 
 
391 aa  387  1e-106  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.543631  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1534  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.04 
 
 
405 aa  381  1e-104  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.792413  normal  0.0830995 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1625  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  50.9 
 
 
395 aa  377  1e-103  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26690  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  50.26 
 
 
391 aa  372  1e-102  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140669  normal  0.205259 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4886  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  49.62 
 
 
407 aa  372  1e-102  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.879694  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2184  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.56 
 
 
389 aa  368  1e-100  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1850  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.67 
 
 
396 aa  363  2e-99  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4043  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  45.38 
 
 
396 aa  324  2e-87  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3838  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  44.62 
 
 
395 aa  315  7e-85  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3851  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  41.69 
 
 
397 aa  311  1e-83  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000154299  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5420  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  43.12 
 
 
400 aa  306  3e-82  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2682  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  43.19 
 
 
402 aa  301  2e-80  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0923834 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2382  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  50.34 
 
 
318 aa  287  2e-76  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.60479  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3796  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  34.87 
 
 
396 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0336813  normal  0.0760844 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2384  hypothetical protein  56.99 
 
 
178 aa  111  2.0000000000000002e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5585  putative FAD-binding monooxygenase  26.27 
 
 
514 aa  72.4  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.396725  normal  0.187805 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5384  monooxygenase FAD-binding  25.5 
 
 
506 aa  71.2  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.297257  normal  0.119449 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5808  3-(3-hydroxyphenyl)propionate hydroxylase  24.67 
 
 
552 aa  70.9  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2964  monooxygenase FAD-binding  27.39 
 
 
422 aa  70.5  0.00000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000808449 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3038  monooxygenase, FAD-binding  23.85 
 
 
409 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3440  3-(3-hydroxyphenyl)propionate hydroxylase  24.57 
 
 
605 aa  67.4  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.845304  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4320  monooxygenase FAD-binding  26.77 
 
 
522 aa  67.4  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3281  pentachlorophenol-4-monooxygenase  25.62 
 
 
414 aa  67  0.0000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0724  monooxygenase, FAD-binding  27.86 
 
 
461 aa  67  0.0000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.127725  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1172  monooxygenase, FAD-binding  26.38 
 
 
535 aa  65.9  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.570475 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1655  hypothetical protein  24.81 
 
 
419 aa  65.5  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.151005  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3485  2-polyprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase and related FAD-dependent oxidoreductases-like  23.92 
 
 
557 aa  65.1  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.108496 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4133  pentachlorophenol monooxygenase  27.95 
 
 
479 aa  65.1  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.636421 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1498  monooxygenase, FAD-binding  26.53 
 
 
477 aa  63.9  0.000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.106253  normal  0.474209 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>