More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2382 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_4358  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  76.92 
 
 
391 aa  639    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119328  normal  0.266581 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2382  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  100 
 
 
393 aa  808    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.123624  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5020  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  73.26 
 
 
389 aa  590  1e-167  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2992  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  73.85 
 
 
389 aa  581  1.0000000000000001e-165  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.287088  normal  0.461236 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1983  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  71.47 
 
 
390 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.334759  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1901  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  68.21 
 
 
394 aa  579  1e-164  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.213246 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3583  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  72.24 
 
 
389 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.114816  normal  0.502455 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0339  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  69.82 
 
 
401 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.972507  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1884  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  70.69 
 
 
390 aa  568  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.316632  normal  0.150769 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4018  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  69.77 
 
 
398 aa  556  1e-157  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03050  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  67.43 
 
 
394 aa  555  1e-157  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00335247  hitchhiker  0.0000264439 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0332  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  67.52 
 
 
394 aa  551  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0441  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  67.85 
 
 
399 aa  552  1e-156  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3723  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  66.41 
 
 
389 aa  545  1e-154  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3474  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  67.95 
 
 
390 aa  541  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.119469 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3182  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  68.72 
 
 
390 aa  542  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.62254 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0641  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  67.18 
 
 
389 aa  538  9.999999999999999e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0603  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  66.92 
 
 
389 aa  538  9.999999999999999e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.862767  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6123  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  68.64 
 
 
390 aa  530  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.66418  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1946  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  65.9 
 
 
395 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0857423  hitchhiker  0.00135918 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2573  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  65.72 
 
 
389 aa  530  1e-149  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2684  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  64.87 
 
 
390 aa  521  1e-147  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.256405 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3500  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  65.22 
 
 
394 aa  518  1e-146  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4202  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  64.1 
 
 
390 aa  520  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0347  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  65.73 
 
 
395 aa  521  1e-146  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3537  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  63.61 
 
 
395 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2387  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  63.36 
 
 
395 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.665407 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14390  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  63.61 
 
 
394 aa  514  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1907  p-hydroxybenzoate hydroxylase  64.45 
 
 
394 aa  513  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0133295  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2237  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  62.85 
 
 
421 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4478  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  62.66 
 
 
397 aa  510  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.238672 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7086  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  62.31 
 
 
391 aa  497  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.335822  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0707  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  57.89 
 
 
400 aa  487  1e-136  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.531901  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6220  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  61.54 
 
 
390 aa  482  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.315018  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3846  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  60.26 
 
 
391 aa  480  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.536675  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2436  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  61.79 
 
 
389 aa  480  1e-134  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.873151  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4161  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  58.87 
 
 
389 aa  475  1e-133  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.314904 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3479  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  58.87 
 
 
389 aa  474  1e-132  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3893  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  58 
 
 
404 aa  473  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0561  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  56.81 
 
 
389 aa  460  9.999999999999999e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.061935  normal  0.130471 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4006  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  57.18 
 
 
395 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.187739  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2447  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.59 
 
 
408 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2054  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  55.1 
 
 
408 aa  441  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.541897  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2710  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.87 
 
 
390 aa  440  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3490  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  57.07 
 
 
389 aa  441  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.329756  normal  0.378344 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2242  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  55.1 
 
 
410 aa  429  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.123171  normal  0.990614 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2458  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  56.01 
 
 
400 aa  425  1e-118  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00152384  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2040  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  53.09 
 
 
394 aa  412  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.256118 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5016  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.93 
 
 
410 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2573  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.1 
 
 
390 aa  411  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.526509  normal  0.0118004 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2230  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  53.61 
 
 
392 aa  409  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.633224  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3157  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.67 
 
 
410 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.65281  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7610  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.94 
 
 
392 aa  409  1e-113  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3130  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.16 
 
 
410 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4014  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.71 
 
 
390 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4478  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.65 
 
 
410 aa  401  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0045  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.15 
 
 
407 aa  403  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2506  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.66 
 
 
392 aa  404  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5289  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.67 
 
 
410 aa  404  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5114  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.91 
 
 
410 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.223132  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1564  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  54.85 
 
 
391 aa  404  1e-111  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0892208  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5745  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.91 
 
 
410 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.758891  normal  0.0555876 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1625  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  52.42 
 
 
395 aa  399  9.999999999999999e-111  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5490  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.55 
 
 
392 aa  399  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4456  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.53 
 
 
392 aa  397  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.459357 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0053  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.15 
 
 
413 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.267189  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0066  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.15 
 
 
413 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.469601  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1482  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  50.89 
 
 
413 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0045  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  50.89 
 
 
407 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1199  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  50.89 
 
 
413 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1551  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  50.89 
 
 
407 aa  385  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0055  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  50.89 
 
 
413 aa  384  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.245205  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4886  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  49.5 
 
 
407 aa  374  1e-102  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.879694  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1534  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  50.26 
 
 
405 aa  373  1e-102  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.792413  normal  0.0830995 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26690  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  50.13 
 
 
391 aa  365  1e-100  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140669  normal  0.205259 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2184  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.28 
 
 
389 aa  365  1e-100  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2831  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  48.97 
 
 
391 aa  367  1e-100  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.543631  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1850  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  51.93 
 
 
396 aa  363  2e-99  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3838  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  45.38 
 
 
395 aa  325  7e-88  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4043  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  44.62 
 
 
396 aa  321  9.999999999999999e-87  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3851  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  43.08 
 
 
397 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000154299  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2682  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  43.85 
 
 
402 aa  300  3e-80  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0923834 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5420  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  41.04 
 
 
400 aa  286  5.999999999999999e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2382  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  49.5 
 
 
318 aa  278  1e-73  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.60479  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3796  4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase  35.13 
 
 
396 aa  216  5.9999999999999996e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0336813  normal  0.0760844 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2384  hypothetical protein  65.26 
 
 
178 aa  131  2.0000000000000002e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3413  monooxygenase, FAD-binding  25.53 
 
 
503 aa  69.3  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0619698  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1172  monooxygenase, FAD-binding  27 
 
 
535 aa  68.6  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.570475 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5808  3-(3-hydroxyphenyl)propionate hydroxylase  24.54 
 
 
552 aa  67.4  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5805  monooxygenase FAD-binding  28.32 
 
 
547 aa  67  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000018754  hitchhiker  0.00132409 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1569  monooxygenase, FAD-binding  25.37 
 
 
525 aa  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0616  3-(3-hydroxyphenyl)propionate hydroxylase  27.91 
 
 
580 aa  65.9  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6396  monooxygenase FAD-binding  26.25 
 
 
511 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.572405 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3718  monooxygenase, FAD-binding  25.66 
 
 
585 aa  65.1  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0918353 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4181  PheA/TfdB family FAD-binding monooxygenase  24.86 
 
 
531 aa  64.7  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.895625  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7425  3-(3-hydroxyphenyl)propionate hydroxylase  24.56 
 
 
503 aa  64.7  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.444357  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3774  monooxygenase, FAD-binding  26.23 
 
 
397 aa  63.9  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.343223  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2111  monooxygenase, FAD-binding  27.06 
 
 
511 aa  63.9  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.0054618  normal  0.499354 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2964  monooxygenase FAD-binding  26.13 
 
 
422 aa  63.5  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000808449 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2386  monooxygenase FAD-binding protein  26.88 
 
 
412 aa  63.2  0.000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.611075  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>