More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1370 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1370  lipoprotein, YaeC family  100 
 
 		 271 aa  555  1e-157  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0640926  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1776  lipoprotein, YaeC family  93.36 
 
 		 271 aa  523  1e-147  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1359  YaeC family lipoprotein  77.12 
 
 		 270 aa  430  1e-119  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0046  cytoplasmic membrane lipoprotein-28  77.51 
 
 		 266 aa  411  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.256696  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0044  lipoprotein, YaeC family  77.91 
 
 		 272 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4016  cytoplasmic membrane lipoprotein-28  77.91 
 
 		 272 aa  404  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.651354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4168  cytoplasmic membrane lipoprotein-28  77.91 
 
 		 272 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0039  cytoplasmic membrane lipoprotein-28  77.91 
 
 		 272 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3873  cytoplasmic membrane lipoprotein-28  77.91 
 
 		 272 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03544  cytoplasmic membrane lipoprotein-28  77.51 
 
 		 272 aa  402  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5086  cytoplasmic membrane lipoprotein-28  77.11 
 
 		 272 aa  401  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.121383 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03486  hypothetical protein  77.51 
 
 		 272 aa  402  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4116  cytoplasmic membrane lipoprotein-28  76.71 
 
 		 272 aa  397  1e-109  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0742418  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00196  DL-methionine transporter subunit  64.94 
 
 		 271 aa  378  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00228683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3405  lipoprotein, YaeC family  65.31 
 
 		 271 aa  380  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000434725  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3462  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  65.31 
 
 		 271 aa  380  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000417542  normal  0.876119 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0204  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  64.94 
 
 		 271 aa  378  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000208912  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0201  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  64.94 
 
 		 271 aa  378  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.002525  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0191  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  64.94 
 
 		 271 aa  378  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0075131  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00195  hypothetical protein  64.94 
 
 		 271 aa  378  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00217092  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0209  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  65.31 
 
 		 271 aa  380  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.127497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0267  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  64.94 
 
 		 271 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0381792  normal  0.291732 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0272  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  64.94 
 
 		 271 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.922304  normal  0.0250228 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0283  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  64.94 
 
 		 271 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.188868  normal  0.293421 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0286  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  64.94 
 
 		 271 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00047573  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0267  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  64.94 
 
 		 271 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.217766  normal  0.700442 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0208  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  64.58 
 
 		 271 aa  376  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0183748  normal  0.50615 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0876  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  63.84 
 
 		 271 aa  369  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00171435  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0735  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  63.1 
 
 		 271 aa  367  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.005469  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3344  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  63.1 
 
 		 271 aa  370  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3501  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  63.1 
 
 		 271 aa  370  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000464416  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3755  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  63.1 
 
 		 271 aa  370  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000728433  normal  0.0858323 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1041  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  63.33 
 
 		 271 aa  364  1e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000114817  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0845  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  62.36 
 
 		 271 aa  363  2e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000174258  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3407  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  62.96 
 
 		 271 aa  362  3e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0430128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1094  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  62.96 
 
 		 271 aa  362  3e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.174386  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1966  YaeC family lipoprotein  58.53 
 
 		 271 aa  320  1.9999999999999998e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00914469 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3984  YaeC family lipoprotein  57.62 
 
 		 270 aa  305  5.0000000000000004e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.22307  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004240  methionine ABC transporter substrate-binding protein  55.51 
 
 		 269 aa  297  1e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0888  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  55.26 
 
 		 269 aa  292  4e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01200  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  55.51 
 
 		 269 aa  285  8e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3536  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  55 
 
 		 271 aa  283  3.0000000000000004e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.784209  normal  0.0236747 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0427  DL-methionine transporter substrate-binding subunit  56.65 
 
 		 275 aa  267  1e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1535  outer membrane lipoprotein 1 precursor  50.94 
 
 		 276 aa  265  5e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1999  methionine-binding protein  44.28 
 
 		 267 aa  228  8e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.344493  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0197  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  44.28 
 
 		 267 aa  228  8e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1905  lipoprotein, YaeC family  45.68 
 
 		 286 aa  223  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.279671  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2102  lipoprotein YaeC  44.58 
 
 		 275 aa  223  3e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000812987  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2750  YaeC family lipoprotein  43.96 
 
 		 271 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2890  YaeC family lipoprotein  43.96 
 
 		 271 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.065227  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0761  YaeC family lipoprotein  44.81 
 
 		 266 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6163  lipoprotein YaeC  43.96 
 
 		 271 aa  219  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.99192 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2844  YaeC family lipoprotein  43.96 
 
 		 271 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.568886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2220  lipoprotein YaeC  43.96 
 
 		 271 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2833  YaeC family lipoprotein  43.96 
 
 		 271 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1799  hypothetical protein  43.31 
 
 		 259 aa  219  3.9999999999999997e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1798  hypothetical protein  43.31 
 
 		 259 aa  219  5e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0470  YaeC family lipoprotein  43.96 
 
 		 271 aa  219  5e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.970361 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4308  YaeC family lipoprotein  43.63 
 
 		 264 aa  218  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0521  YaeC family lipoprotein  45.87 
 
 		 281 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31183  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3183  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  45.87 
 
 		 272 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0686  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  45.87 
 
 		 272 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2864  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  45.87 
 
 		 272 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0155  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  45.87 
 
 		 272 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.176646  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1437  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  45.87 
 
 		 272 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.39891  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0737  YaeC family lipoprotein  42.47 
 
 		 259 aa  212  7e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1770  lipoprotein YaeC  44.35 
 
 		 264 aa  212  7e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5369  YaeC family lipoprotein  48.73 
 
 		 260 aa  211  9e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0173047 
 
 
-
 
NC_004310  BR2175  YaeC family lipoprotein  42.86 
 
 		 259 aa  211  1e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0504  YaeC family lipoprotein  45.45 
 
 		 272 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1945  lipoprotein YaeC  43.4 
 
 		 271 aa  210  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.283148  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2417  lipoprotein YaeC  49.78 
 
 		 262 aa  210  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.875733  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0439  D-methionine ABC transporter, periplasmic D-methionine-binding protein  45.45 
 
 		 272 aa  210  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.292201  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4789  DL-methionine ABC transporter periplasmic-binding protein  43.59 
 
 		 270 aa  209  3e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.67321 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2087  YaeC family lipoprotein  42.47 
 
 		 259 aa  209  4e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3792  YaeC family lipoprotein  42.48 
 
 		 265 aa  206  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.293535  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1485  lipoprotein, YaeC family  40.28 
 
 		 281 aa  206  4e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000129064  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0290  YaeC family lipoprotein  45.04 
 
 		 270 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2191  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  43.13 
 
 		 268 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.654196 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3174  YaeC family lipoprotein  43.33 
 
 		 269 aa  203  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0987485  hitchhiker  0.00336429 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2243  YaeC family lipoprotein  46.86 
 
 		 265 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.567581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2551  lipoprotein YaeC  43.23 
 
 		 265 aa  202  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4158  ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.66 
 
 		 270 aa  202  6e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471961  normal  0.945504 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2539  YaeC family lipoprotein  43.73 
 
 		 281 aa  201  7e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00124943  normal  0.0921723 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0558  lipoprotein, YaeC family  41.03 
 
 		 270 aa  201  9e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.357264 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4605  YaeC family lipoprotein  45.61 
 
 		 272 aa  201  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0162892  normal  0.447885 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3593  lipoprotein, YaeC family  46.22 
 
 		 268 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000081124  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3271  lipoprotein, YaeC family  45.8 
 
 		 268 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.0000895864  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3386  putative outermembrane signal peptide protein  46.19 
 
 		 529 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000211663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2783  YaeC family lipoprotein  43.51 
 
 		 258 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0132  ABC D-methionine uptake transporter, substrate-binding protein  42.08 
 
 		 258 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.597472  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1768  YaeC family lipoprotein  42.08 
 
 		 258 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.111673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0937  YaeC family lipoprotein  45.75 
 
 		 264 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2603  lipoprotein, YaeC family  44.21 
 
 		 260 aa  199  3e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.946899  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5162  lipoprotein, YaeC family  42.32 
 
 		 257 aa  199  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0712142  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3301  D-methionine ABC transporter protein, periplasmic binding protein  43.51 
 
 		 259 aa  198  6e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.462058  normal  0.569217 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0941  YaeC family lipoprotein  45.87 
 
 		 264 aa  198  7e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80176  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3789  lipoprotein, YaeC family  41.51 
 
 		 274 aa  198  7.999999999999999e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4843  YaeC family lipoprotein  45.27 
 
 		 268 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5426  YaeC family lipoprotein  45.27 
 
 		 268 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.263894  normal  0.429699 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>