More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4138 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_4138  2-nitropropane dioxygenase, NPD  100 
 
 
324 aa  637    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4142  2-nitropropane dioxygenase, NPD  65.92 
 
 
332 aa  443  1e-123  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.480237  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4067  2-nitropropane dioxygenase, NPD  65.92 
 
 
332 aa  443  1e-123  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4296  2-nitropropane dioxygenase, NPD  65.92 
 
 
332 aa  443  1e-123  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.458916  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4367  2-nitropropane dioxygenase NPD  71.74 
 
 
325 aa  435  1e-121  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2151  2-nitropropane dioxygenase NPD  65.27 
 
 
332 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3433  2-nitropropane dioxygenase, NPD  65.7 
 
 
331 aa  434  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.0477625 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4576  2-nitropropane dioxygenase, NPD  64.65 
 
 
330 aa  429  1e-119  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.403113  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2021  2-nitropropane dioxygenase, NPD  64.08 
 
 
331 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.01256  normal  0.586253 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0826  2-nitropropane dioxygenase NPD  62.94 
 
 
332 aa  421  1e-117  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.289165  normal  0.500407 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28800  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  66.03 
 
 
324 aa  418  1e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.135482 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0738  2-nitropropane dioxygenase NPD  63.49 
 
 
325 aa  409  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.11052  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2031  2-nitropropane dioxygenase, NPD  64.74 
 
 
342 aa  408  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  64.33 
 
 
330 aa  405  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.259631  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4359  2-nitropropane dioxygenase, NPD  63.64 
 
 
328 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255712  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51080  putative dioxygenase  63.95 
 
 
328 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000609604 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4186  2-nitropropane dioxygenase NPD  59.94 
 
 
329 aa  385  1e-106  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.330981  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6828  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.73 
 
 
325 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.670939  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3609  2-nitropropane dioxygenase, NPD  58.97 
 
 
323 aa  377  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3732  2-nitropropane dioxygenase, NPD  57.14 
 
 
324 aa  365  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3013  2-nitropropane dioxygenase NPD  56.83 
 
 
324 aa  363  2e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.95223  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5434  2-nitropropane dioxygenase NPD  59.32 
 
 
323 aa  362  4e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.295794  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1008  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.29 
 
 
323 aa  362  6e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1638  2-nitropropane dioxygenase, NPD  57.28 
 
 
326 aa  359  4e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.397206  normal  0.560122 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1248  2-nitropropane dioxygenase, NPD  57.05 
 
 
326 aa  358  6e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.955135  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3833  2-nitropropane dioxygenase, NPD  57.85 
 
 
324 aa  358  7e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3599  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.55 
 
 
334 aa  358  9.999999999999999e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.465464 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1401  2-nitropropane dioxygenase NPD  56.19 
 
 
324 aa  356  2.9999999999999997e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0363  2-nitropropane dioxygenase NPD  53.23 
 
 
325 aa  354  1e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5355  2-nitropropane dioxygenase NPD  55.56 
 
 
328 aa  352  5e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.660089  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0800  2-nitropropane dioxygenase NPD  56.69 
 
 
325 aa  352  5.9999999999999994e-96  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3001  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.51 
 
 
328 aa  349  4e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.152083  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5534  2-nitropropane dioxygenase NPD  57.37 
 
 
323 aa  348  7e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6053  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.56 
 
 
335 aa  348  8e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.483236  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.87 
 
 
324 aa  345  6e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510846  normal  0.493902 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1075  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.4 
 
 
328 aa  343  2e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.192705  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3073  2-nitropropane dioxygenase, NPD  54.11 
 
 
327 aa  341  1e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.479839  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1855  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.01 
 
 
327 aa  335  5.999999999999999e-91  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.798128  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5146  putative 2-nitropropane dioxygenase  54.92 
 
 
334 aa  322  7e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199752  normal  0.0588296 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4180  2-nitropropane dioxygenase, NPD  55.56 
 
 
339 aa  321  9.000000000000001e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.25904 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6901  2-nitropropane dioxygenase NPD  51.43 
 
 
328 aa  321  9.000000000000001e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_29975  predicted protein  52.24 
 
 
346 aa  275  6e-73  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.448266  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG03300  2-nitropropane dioxygenase, putative  47.27 
 
 
340 aa  250  2e-65  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08801  2-nitropropane dioxygenase family oxidoreductase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G09600)  49.81 
 
 
269 aa  246  4.9999999999999997e-64  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.196554  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1182  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.82 
 
 
322 aa  233  2.0000000000000002e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0964  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.31 
 
 
319 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0729206  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1839  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.19 
 
 
319 aa  225  7e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04811  conserved hypothetical protein  42.14 
 
 
278 aa  213  2.9999999999999995e-54  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.336266  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0098  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.68 
 
 
313 aa  206  3e-52  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.718222  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00985  putative dioxygenase  36.57 
 
 
314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  39.44 
 
 
326 aa  195  9e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2074  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.42 
 
 
315 aa  191  1e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000655776  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.98 
 
 
319 aa  189  4e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1587  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.28 
 
 
309 aa  186  5e-46  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000431839  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1725  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.56 
 
 
313 aa  182  7e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000021316  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1178  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  35.42 
 
 
316 aa  181  2e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000736816  hitchhiker  0.00901561 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7295  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.39 
 
 
311 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1852  2-nitropropane dioxygenase-like protein  36.59 
 
 
317 aa  176  5e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00272263  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0126  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  38.39 
 
 
314 aa  176  6e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0317277  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.39 
 
 
314 aa  176  6e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0565011  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1358  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  34.84 
 
 
316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000252963  normal  0.0405419 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2356  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.34 
 
 
386 aa  174  2.9999999999999996e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0726815 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0612  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.25 
 
 
323 aa  174  2.9999999999999996e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000694328  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2390  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.57 
 
 
314 aa  174  2.9999999999999996e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0521943  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3819  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  35.9 
 
 
315 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000661973  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3672  2-nitropropane dioxygenase  34.94 
 
 
311 aa  172  9e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1035  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.85 
 
 
317 aa  171  1e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0997484  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2734  putative 2-nitropropane dioxygenase  39.12 
 
 
319 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2605  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.63 
 
 
342 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152274  normal  0.24366 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0580  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.34 
 
 
312 aa  165  1.0000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0311  dioxygenase  35.83 
 
 
321 aa  164  1.0000000000000001e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1989  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.47 
 
 
325 aa  164  3e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.563999 
 
 
-
 
NC_002950  PG1416  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  36.66 
 
 
313 aa  157  2e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.578712 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0431  trans-2-enoyl-ACP reductase II  34.38 
 
 
321 aa  156  4e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0346  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  34.07 
 
 
319 aa  155  7e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.182837  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0640  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.34 
 
 
316 aa  155  7e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000697959  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1222  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.02 
 
 
305 aa  154  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.925622 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1591  dioxygenase  35.37 
 
 
318 aa  154  2e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.600793  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10270  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  37.77 
 
 
320 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0212117  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0946  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.54 
 
 
313 aa  154  2.9999999999999998e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00349563  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5586  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.34 
 
 
305 aa  152  8.999999999999999e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.658342  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1526  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.11 
 
 
355 aa  151  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.172251  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2858  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.46 
 
 
316 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3064  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.38 
 
 
311 aa  150  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3873  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.31 
 
 
336 aa  146  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.154933 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3829  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.56 
 
 
351 aa  145  7.0000000000000006e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.609391  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43560  predicted protein  32.37 
 
 
361 aa  144  1e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6837  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.25 
 
 
330 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.670939  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11150  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  34.58 
 
 
323 aa  144  3e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0758  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.64 
 
 
331 aa  140  3.9999999999999997e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2965  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.74 
 
 
338 aa  139  7e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.752049  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.93 
 
 
334 aa  139  7.999999999999999e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01050  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  32.9 
 
 
314 aa  139  7.999999999999999e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.250641 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3924  nitropropane dioxygenase  35.21 
 
 
363 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1419  nitropropane dioxygenase  35.96 
 
 
363 aa  136  4e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4772  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.29 
 
 
356 aa  136  5e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.829067  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5071  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.29 
 
 
356 aa  136  5e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.615847  normal  0.587247 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4686  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.29 
 
 
356 aa  136  5e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3844  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.19 
 
 
315 aa  135  7.000000000000001e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13586  oxidoreductase  34.57 
 
 
355 aa  135  7.000000000000001e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00804869  normal  0.19405 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>