92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_R0004 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0044  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.919429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0007  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000441599  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000256328  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0075  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0265874  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0089  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0055  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0102  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0085  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0006  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.286369  normal  0.0478712 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0047  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00104453  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0046  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.574265  normal  0.350655 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0026  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23198  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0018  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0346344 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0021  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.753643 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0059  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.233723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0030  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0059  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00785385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0049  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.53957 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0018  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.836687 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0051  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0325227  normal  0.449297 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0029  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0112304  hitchhiker  0.00398859 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0013  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0131326  normal  0.0455197 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0006  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0006  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0046  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0027  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.113277  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0010  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.841782  normal  0.0490486 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27960  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.251504  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0004  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0054  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 95 bp  44.1  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.6985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0042  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000030299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0023  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.455185 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0033  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1169  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000109978  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0029  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0004  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000551383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11580  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0003  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.642958  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0016  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.59957 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0059  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0013  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0008  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0041  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.833054 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0027  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.614719  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R25  tRNA-Tyr  96.15 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0023  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.309507  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0405  tRNA-Tyr  96.15 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.283193  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0038  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0537085  normal  0.0209317 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0046  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000960989  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0039  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0368673  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0010  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0597346  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0042  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.245676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1946  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0045  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000150485  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2675  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0039    96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0009  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00103518  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0066  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00121253  normal  0.381565 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0114539  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt013  tRNA-Tyr  96.15 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0080367  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04528  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0104134  normal  0.589043 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.110057  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0056  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.124378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0056  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0268608  normal  0.036349 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1783  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 92 bp  44.1  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.762858  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA5  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0419374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA23  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0658425  normal  0.252168 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0038  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0020  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1426  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2590  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2538  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.536937  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3162  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.635575  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0775031  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2153  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0050  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0057  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.701853  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0059  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.102937  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0091  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0220813  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0018  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.648957  normal  0.166576 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0014  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000010946  hitchhiker  0.00318065 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0040  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>