More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4002 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_4002  ribosomal protein L2  100 
 
 
275 aa  556  1e-157  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.101165  normal  0.712064 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0704  50S ribosomal protein L2  67.28 
 
 
273 aa  358  7e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000350454  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01200  50S ribosomal protein L2  63.24 
 
 
277 aa  353  1e-96  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0770167  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0936  50S ribosomal protein L2  65.33 
 
 
274 aa  352  2.9999999999999997e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000014248  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3325  50S ribosomal protein L2  65.33 
 
 
274 aa  351  5.9999999999999994e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000129312 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2854  50S ribosomal protein L2  65.33 
 
 
274 aa  349  3e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.16125  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0629  50S ribosomal protein L2  64.6 
 
 
274 aa  348  7e-95  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000833663  hitchhiker  0.00000000000856838 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1349  50S ribosomal protein L2  64.6 
 
 
274 aa  346  2e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0683  50S ribosomal protein L2  64.96 
 
 
274 aa  345  5e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.660032  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1182  50S ribosomal protein L2  63.74 
 
 
275 aa  343  2e-93  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.566503 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1070  50S ribosomal protein L2  64.23 
 
 
274 aa  343  2e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000147453  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2175  ribosomal protein L2  62.68 
 
 
276 aa  342  2.9999999999999997e-93  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2321  50S ribosomal protein L2  63.27 
 
 
274 aa  341  8e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.0000099496  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4918  50S ribosomal protein L2  62.55 
 
 
275 aa  341  8e-93  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.113284  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0425  50S ribosomal protein L2  61.59 
 
 
276 aa  338  5e-92  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000111287  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4023  50S ribosomal protein L2  61.9 
 
 
275 aa  337  9.999999999999999e-92  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.796821  hitchhiker  0.00000688583 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09970  LSU ribosomal protein L2P  61.23 
 
 
276 aa  337  9.999999999999999e-92  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.7223  hitchhiker  0.00000165173 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0787  50S ribosomal protein L2  59.27 
 
 
274 aa  337  1.9999999999999998e-91  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.469967  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23440  LSU ribosomal protein L2P  60.51 
 
 
276 aa  336  2.9999999999999997e-91  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000561637  decreased coverage  0.0000000103379 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1181  ribosomal protein L2  61.31 
 
 
274 aa  335  7e-91  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000178958  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0718  ribosomal protein L2  62.13 
 
 
273 aa  333  2e-90  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2906  50S ribosomal protein L2  61.31 
 
 
275 aa  332  5e-90  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0172805  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0711  50S ribosomal protein L2  62.91 
 
 
275 aa  331  9e-90  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.876488  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2457  50S ribosomal protein L2  62.68 
 
 
276 aa  331  1e-89  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0871736 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0218  50S ribosomal protein L2  61.45 
 
 
275 aa  330  2e-89  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00127498  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1343  ribosomal protein L2  62.96 
 
 
279 aa  330  2e-89  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0630  ribosomal protein L2  63.37 
 
 
278 aa  329  2e-89  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1558  50S ribosomal protein L2  65.44 
 
 
273 aa  330  2e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.49018  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0845  ribosomal protein L2  60.81 
 
 
276 aa  330  2e-89  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3181  50S ribosomal protein L2  62.18 
 
 
278 aa  328  5.0000000000000004e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0963  50S ribosomal protein L2  62.91 
 
 
275 aa  328  6e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00625904  hitchhiker  0.00000161737 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2708  ribosomal protein L2  61.59 
 
 
276 aa  328  8e-89  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000275562  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2166  ribosomal protein L2  60.95 
 
 
273 aa  326  2.0000000000000001e-88  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000491264  normal  0.227842 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3450  50S ribosomal protein L2  57.45 
 
 
275 aa  325  3e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000764843  decreased coverage  0.00435128 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0279  50S ribosomal protein L2  57.45 
 
 
275 aa  325  3e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000000000585498  normal  0.0839884 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0330  50S ribosomal protein L2  57.45 
 
 
275 aa  325  3e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000414315  normal  0.021485 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2756  50S ribosomal protein L2  57.45 
 
 
275 aa  325  3e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000162377  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0270  50S ribosomal protein L2  57.45 
 
 
275 aa  325  3e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00297501  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0351  50S ribosomal protein L2  57.09 
 
 
275 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000123883  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3664  50S ribosomal protein L2  61.45 
 
 
278 aa  325  4.0000000000000003e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1521  ribosomal protein L2  59.34 
 
 
275 aa  325  5e-88  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1762  50S ribosomal protein L2  61.96 
 
 
276 aa  325  5e-88  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00807764  normal  0.409688 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03168  50S ribosomal protein L2  62.04 
 
 
273 aa  325  6e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00146365  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0396  ribosomal protein L2  62.04 
 
 
273 aa  325  6e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000401214  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03119  hypothetical protein  62.04 
 
 
273 aa  325  6e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3612  50S ribosomal protein L2  62.04 
 
 
273 aa  325  6e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000120655  hitchhiker  0.00428222 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4640  50S ribosomal protein L2  62.04 
 
 
273 aa  325  6e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0685659  normal  0.0584567 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3511  50S ribosomal protein L2  62.04 
 
 
273 aa  325  6e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112597  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0396  50S ribosomal protein L2  62.04 
 
 
273 aa  325  6e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000072222  hitchhiker  0.000353424 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3800  50S ribosomal protein L2  62.04 
 
 
273 aa  325  6e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000757775  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3702  50S ribosomal protein L2  62.04 
 
 
273 aa  325  6e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237187  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1295  50S ribosomal protein L2  61.59 
 
 
276 aa  324  1e-87  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000122183  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0408  50S ribosomal protein L2  59.56 
 
 
275 aa  324  1e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000019918  normal  0.14889 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29710  LSU ribosomal protein L2P  62.64 
 
 
279 aa  323  1e-87  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.560922 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0408  50S ribosomal protein L2  61.68 
 
 
273 aa  324  1e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1391  50S ribosomal protein L2  61.59 
 
 
276 aa  324  1e-87  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000232502  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3140  50S ribosomal protein L2  64.1 
 
 
278 aa  324  1e-87  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.524365  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0870  50S ribosomal protein L2  63.5 
 
 
274 aa  323  2e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5067  50S ribosomal protein L2  60.73 
 
 
277 aa  323  2e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.828543  normal  0.381768 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0289  50S ribosomal protein L2  60.73 
 
 
275 aa  323  2e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0283371  normal  0.0481443 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0436  50S ribosomal protein L2  61.09 
 
 
275 aa  323  2e-87  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00110098  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2837  50S ribosomal protein L2  57.09 
 
 
275 aa  323  2e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000326026  normal  0.198819 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0497  50S ribosomal protein L2  61.09 
 
 
275 aa  323  2e-87  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00000398645  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2293  50S ribosomal protein L2  59.14 
 
 
279 aa  323  2e-87  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0106582  normal  0.012024 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3912  50S ribosomal protein L2  61.82 
 
 
274 aa  322  3e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.5044e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0587  50S ribosomal protein L2  61.82 
 
 
274 aa  322  3e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000050829  normal  0.227169 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2656  ribosomal protein L2  62.64 
 
 
278 aa  322  3e-87  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2298  50S ribosomal protein L2  61.82 
 
 
278 aa  322  3e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.749096  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0286  50S ribosomal protein L2  61.82 
 
 
274 aa  322  3e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000315964  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0282  50S ribosomal protein L2  57.72 
 
 
277 aa  322  4e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000161647  hitchhiker  0.00000193986 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0590  50S ribosomal protein L2  62.23 
 
 
278 aa  322  4e-87  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.274558  normal  0.886345 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2904  ribosomal protein L2  58.76 
 
 
275 aa  322  5e-87  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0082  50S ribosomal protein L2  62.32 
 
 
276 aa  321  6e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.173583 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0984  50S ribosomal protein L2  57.76 
 
 
280 aa  322  6e-87  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.619761  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3748  50S ribosomal protein L2  61.31 
 
 
273 aa  321  7e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000108731  hitchhiker  0.00494792 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0326  50S ribosomal protein L2  61.68 
 
 
273 aa  321  7e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000291678  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0216  50S ribosomal protein L2  62.41 
 
 
274 aa  321  8e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000116204  unclonable  0.00000865154 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3633  50S ribosomal protein L2  61.31 
 
 
273 aa  321  9.000000000000001e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0350833  normal  0.361481 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3741  50S ribosomal protein L2  61.31 
 
 
273 aa  321  9.000000000000001e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69026  normal  0.0152471 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3804  50S ribosomal protein L2  61.31 
 
 
273 aa  321  9.000000000000001e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3633  50S ribosomal protein L2  61.31 
 
 
273 aa  321  9.000000000000001e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000993877  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3706  50S ribosomal protein L2  61.31 
 
 
273 aa  321  9.000000000000001e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00279259  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3294  50S ribosomal protein L2  58.7 
 
 
276 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000000105073  hitchhiker  0.00000920299 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3335  50S ribosomal protein L2  57.82 
 
 
275 aa  320  9.999999999999999e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000000645842  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1367  50S ribosomal protein L2  60.73 
 
 
277 aa  320  9.999999999999999e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.266089  normal  0.580974 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3819  50S ribosomal protein L2  61.31 
 
 
273 aa  320  9.999999999999999e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000104624  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0113  50S ribosomal protein L2  60.51 
 
 
276 aa  319  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000200839  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0113  50S ribosomal protein L2  60.51 
 
 
276 aa  319  1.9999999999999998e-86  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000138046  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0109  50S ribosomal protein L2  60.51 
 
 
276 aa  319  1.9999999999999998e-86  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.27306e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0107  50S ribosomal protein L2  60.51 
 
 
276 aa  319  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000901221  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0113  50S ribosomal protein L2  60.51 
 
 
276 aa  319  1.9999999999999998e-86  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000512601  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0144  50S ribosomal protein L2  60.51 
 
 
276 aa  319  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000100516  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0125  50S ribosomal protein L2  60.51 
 
 
276 aa  319  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.14187e-61 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2947  50S ribosomal protein L2  58.7 
 
 
276 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0126826  decreased coverage  0.00000017325 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2739  50S ribosomal protein L2  60.36 
 
 
278 aa  320  1.9999999999999998e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.236416  normal  0.312063 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0840  50S ribosomal protein L2  59.56 
 
 
273 aa  319  3e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.419692  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3641  50S ribosomal protein L2  56.36 
 
 
275 aa  319  3e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000585895  hitchhiker  0.0000000000261127 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0759  50S ribosomal protein L2  61.54 
 
 
275 aa  319  3e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000275273  normal  0.0208169 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0429  50S ribosomal protein L2  59.93 
 
 
276 aa  319  3e-86  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000081496  decreased coverage  0.00000678891 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08880  50S ribosomal protein L2  59.56 
 
 
273 aa  319  3e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0116261 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>