More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3325 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0936  50S ribosomal protein L2  99.64 
 
 
274 aa  560  1.0000000000000001e-159  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000014248  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3325  50S ribosomal protein L2  100 
 
 
274 aa  561  1.0000000000000001e-159  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000129312 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1070  50S ribosomal protein L2  85.77 
 
 
274 aa  464  9.999999999999999e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000147453  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2854  50S ribosomal protein L2  83.21 
 
 
274 aa  455  1e-127  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.16125  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0683  50S ribosomal protein L2  83.21 
 
 
274 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.660032  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0629  50S ribosomal protein L2  82.12 
 
 
274 aa  450  1e-125  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000833663  hitchhiker  0.00000000000856838 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1349  50S ribosomal protein L2  83.21 
 
 
274 aa  447  1e-125  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0704  50S ribosomal protein L2  76.84 
 
 
273 aa  418  1e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000350454  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01200  50S ribosomal protein L2  72.06 
 
 
277 aa  407  1e-113  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0770167  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2906  50S ribosomal protein L2  71.53 
 
 
275 aa  389  1e-107  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0172805  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0289  50S ribosomal protein L2  68.61 
 
 
275 aa  389  1e-107  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0283371  normal  0.0481443 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2708  ribosomal protein L2  68.84 
 
 
276 aa  380  1e-104  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000275562  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2457  50S ribosomal protein L2  68.12 
 
 
276 aa  379  1e-104  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0871736 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0218  50S ribosomal protein L2  67.88 
 
 
275 aa  380  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00127498  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0870  50S ribosomal protein L2  68.61 
 
 
275 aa  375  1e-103  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000015035  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0228  50S ribosomal protein L2  66.91 
 
 
275 aa  375  1e-103  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.728905  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1521  ribosomal protein L2  67.4 
 
 
275 aa  377  1e-103  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0425  50S ribosomal protein L2  66.55 
 
 
276 aa  375  1e-103  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000111287  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09970  LSU ribosomal protein L2P  64.86 
 
 
276 aa  375  1e-103  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.7223  hitchhiker  0.00000165173 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1182  50S ribosomal protein L2  65.45 
 
 
275 aa  372  1e-102  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.566503 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23440  LSU ribosomal protein L2P  64.49 
 
 
276 aa  372  1e-102  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000561637  decreased coverage  0.0000000103379 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1762  50S ribosomal protein L2  69.6 
 
 
276 aa  369  1e-101  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00807764  normal  0.409688 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2175  ribosomal protein L2  63.77 
 
 
276 aa  368  1e-101  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0711  50S ribosomal protein L2  68 
 
 
275 aa  370  1e-101  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.876488  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0082  50S ribosomal protein L2  69.23 
 
 
276 aa  365  1e-100  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.173583 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4918  50S ribosomal protein L2  65.33 
 
 
275 aa  367  1e-100  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.113284  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2021  50S ribosomal protein L2  64.47 
 
 
282 aa  366  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2254  50S ribosomal protein L2  68.5 
 
 
276 aa  366  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000201463  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1936  50S ribosomal protein L2  64.47 
 
 
282 aa  366  1e-100  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1943  50S ribosomal protein L2  64.47 
 
 
282 aa  367  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1914  50S ribosomal protein L2  65.2 
 
 
282 aa  365  1e-100  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.253672 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1558  50S ribosomal protein L2  67.28 
 
 
273 aa  365  1e-100  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.49018  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4023  50S ribosomal protein L2  65.45 
 
 
275 aa  366  1e-100  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.796821  hitchhiker  0.00000688583 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1181  ribosomal protein L2  62.41 
 
 
274 aa  362  3e-99  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000178958  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0197  50S ribosomal protein L2  64.49 
 
 
283 aa  362  4e-99  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00345154  normal  0.0626583 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0761  50S ribosomal protein L2  63.41 
 
 
277 aa  362  5.0000000000000005e-99  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000295488  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0110  50S ribosomal protein L2  65.22 
 
 
276 aa  360  2e-98  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2771  50S ribosomal protein L2  68.13 
 
 
276 aa  358  4e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00347741  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2711  50S ribosomal protein L2  64.6 
 
 
277 aa  358  5e-98  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2396  50S ribosomal protein L2  64.6 
 
 
277 aa  358  5e-98  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.445207  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1742  50S ribosomal protein L2  66.55 
 
 
276 aa  357  9.999999999999999e-98  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000110614  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3021  50S ribosomal protein L2  67.94 
 
 
274 aa  356  1.9999999999999998e-97  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0478203  hitchhiker  0.00883263 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0787  50S ribosomal protein L2  63.27 
 
 
274 aa  357  1.9999999999999998e-97  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.469967  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0114  50S ribosomal protein L2  64.49 
 
 
276 aa  355  3.9999999999999996e-97  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000290971  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0107  50S ribosomal protein L2  64.49 
 
 
276 aa  355  5e-97  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000204251  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2062  50S ribosomal protein L2  66.18 
 
 
275 aa  354  6.999999999999999e-97  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000000331539  normal  0.228916 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0984  50S ribosomal protein L2  63.74 
 
 
280 aa  354  7.999999999999999e-97  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.619761  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0718  ribosomal protein L2  63.6 
 
 
273 aa  354  7.999999999999999e-97  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0850  50S ribosomal protein L2  62.82 
 
 
277 aa  354  7.999999999999999e-97  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00104266  decreased coverage  0.0000130499 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2330  50S ribosomal protein L2  63.37 
 
 
275 aa  353  1e-96  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000156043  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5192  50S ribosomal protein L2  64.13 
 
 
276 aa  352  5e-96  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000180933  unclonable  2.65522e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0134  50S ribosomal protein L2  64.13 
 
 
276 aa  352  5e-96  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000249417  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1229  50S ribosomal protein L2  66.06 
 
 
275 aa  351  8e-96  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.624705  unclonable  0.0000121783 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0144  50S ribosomal protein L2  63.41 
 
 
276 aa  351  8.999999999999999e-96  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000100516  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0113  50S ribosomal protein L2  63.41 
 
 
276 aa  351  8.999999999999999e-96  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000200839  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0113  50S ribosomal protein L2  63.41 
 
 
276 aa  351  8.999999999999999e-96  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000138046  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0109  50S ribosomal protein L2  63.41 
 
 
276 aa  351  8.999999999999999e-96  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.27306e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0107  50S ribosomal protein L2  63.41 
 
 
276 aa  351  8.999999999999999e-96  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000901221  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0125  50S ribosomal protein L2  63.41 
 
 
276 aa  351  8.999999999999999e-96  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.14187e-61 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0113  50S ribosomal protein L2  63.41 
 
 
276 aa  351  8.999999999999999e-96  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000512601  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2293  50S ribosomal protein L2  62.32 
 
 
279 aa  350  1e-95  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0106582  normal  0.012024 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1343  ribosomal protein L2  65.56 
 
 
279 aa  350  1e-95  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0108  50S ribosomal protein L2  63.41 
 
 
276 aa  349  3e-95  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000187869  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0663  50S ribosomal protein L2  67.03 
 
 
282 aa  348  5e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000112808  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0288  50S ribosomal protein L2  62.18 
 
 
274 aa  347  1e-94  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.101113  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4002  ribosomal protein L2  65.33 
 
 
275 aa  346  2e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.101165  normal  0.712064 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1571  ribosomal protein L2  62.32 
 
 
277 aa  345  5e-94  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000641133  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1158  ribosomal protein L2  60.51 
 
 
278 aa  341  5.999999999999999e-93  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000162145  hitchhiker  0.000000663071 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3450  50S ribosomal protein L2  60.58 
 
 
275 aa  340  1e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000764843  decreased coverage  0.00435128 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0330  50S ribosomal protein L2  60.58 
 
 
275 aa  340  1e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000414315  normal  0.021485 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2756  50S ribosomal protein L2  60.58 
 
 
275 aa  340  1e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000162377  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0279  50S ribosomal protein L2  60.58 
 
 
275 aa  340  1e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000000000585498  normal  0.0839884 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0270  50S ribosomal protein L2  60.58 
 
 
275 aa  340  1e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00297501  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0351  50S ribosomal protein L2  60.22 
 
 
275 aa  340  2e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000123883  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0870  50S ribosomal protein L2  64.23 
 
 
274 aa  338  5.9999999999999996e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1828  50S ribosomal protein L2  62.68 
 
 
277 aa  338  8e-92  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.256739  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2837  50S ribosomal protein L2  59.85 
 
 
275 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000326026  normal  0.198819 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2904  ribosomal protein L2  61.68 
 
 
275 aa  337  1.9999999999999998e-91  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0845  ribosomal protein L2  62.04 
 
 
276 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0840  50S ribosomal protein L2  60.29 
 
 
273 aa  335  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.419692  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0282  50S ribosomal protein L2  60.66 
 
 
277 aa  335  2.9999999999999997e-91  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000161647  hitchhiker  0.00000193986 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08880  50S ribosomal protein L2  60.29 
 
 
273 aa  335  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0116261 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0408  50S ribosomal protein L2  59.85 
 
 
273 aa  335  5e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03168  50S ribosomal protein L2  59.85 
 
 
273 aa  334  7.999999999999999e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00146365  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0396  ribosomal protein L2  59.85 
 
 
273 aa  334  7.999999999999999e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000401214  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3702  50S ribosomal protein L2  59.85 
 
 
273 aa  334  7.999999999999999e-91  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237187  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4640  50S ribosomal protein L2  59.85 
 
 
273 aa  334  7.999999999999999e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0685659  normal  0.0584567 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3511  50S ribosomal protein L2  59.85 
 
 
273 aa  334  7.999999999999999e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112597  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03119  hypothetical protein  59.85 
 
 
273 aa  334  7.999999999999999e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3800  50S ribosomal protein L2  59.85 
 
 
273 aa  334  7.999999999999999e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000757775  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0396  50S ribosomal protein L2  59.85 
 
 
273 aa  334  7.999999999999999e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000072222  hitchhiker  0.000353424 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3335  50S ribosomal protein L2  60.22 
 
 
275 aa  334  7.999999999999999e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000000645842  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3612  50S ribosomal protein L2  59.85 
 
 
273 aa  334  7.999999999999999e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000120655  hitchhiker  0.00428222 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2274  50S ribosomal protein L2  61.59 
 
 
277 aa  334  1e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000299614  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3912  50S ribosomal protein L2  59.49 
 
 
274 aa  334  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.5044e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2315  50S ribosomal protein L2  61.59 
 
 
277 aa  334  1e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000290927  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0587  50S ribosomal protein L2  59.49 
 
 
274 aa  334  1e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000050829  normal  0.227169 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0286  50S ribosomal protein L2  59.49 
 
 
274 aa  334  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000315964  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3641  50S ribosomal protein L2  59.12 
 
 
275 aa  333  1e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000585895  hitchhiker  0.0000000000261127 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0317  50S ribosomal protein L2  59.12 
 
 
275 aa  333  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000380441  decreased coverage  0.00287275 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>