More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0168 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0168  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  100 
 
 
494 aa  958    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0150  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  94.74 
 
 
495 aa  851    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0314  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  64.84 
 
 
493 aa  610  1e-173  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3430  NADH dehydrogenase I, M subunit  64.07 
 
 
496 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0171  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  61.43 
 
 
496 aa  574  1.0000000000000001e-162  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3623  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  40.45 
 
 
497 aa  375  1e-102  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0933316 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3212  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  42.66 
 
 
517 aa  369  1e-101  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3914  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  41.68 
 
 
535 aa  369  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0719914  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1875  NADH dehydrogenase subunit M  40.85 
 
 
502 aa  371  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.123353  normal  0.162516 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4232  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  41.3 
 
 
525 aa  370  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0177133  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0350  NADH dehydrogenase I, M subunit  41.48 
 
 
522 aa  367  1e-100  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2208  NADH dehydrogenase subunit M  41.05 
 
 
502 aa  364  2e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0215  NADH dehydrogenase I chain M  47.11 
 
 
491 aa  363  3e-99  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2873  NADH dehydrogenase subunit M  40.93 
 
 
505 aa  363  3e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.593537  normal  0.190787 
 
 
-
 
NC_004310  BR0814  NADH dehydrogenase subunit M  39.55 
 
 
502 aa  360  3e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.669912  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3998  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  41.68 
 
 
535 aa  359  5e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000144113 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3343  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  40.73 
 
 
519 aa  359  6e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0809  NADH dehydrogenase subunit M  39.55 
 
 
502 aa  359  6e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2930  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  40.96 
 
 
503 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1567  NADH dehydrogenase subunit M  38.29 
 
 
510 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0145309  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2586  NADH dehydrogenase subunit M  39.92 
 
 
505 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.277846  normal  0.933861 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0754  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  41.5 
 
 
501 aa  356  3.9999999999999996e-97  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3286  NADH dehydrogenase subunit M  40.77 
 
 
505 aa  356  5e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.573256  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2411  NADH dehydrogenase subunit M  38.95 
 
 
502 aa  356  6.999999999999999e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0139684  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2416  NADH dehydrogenase subunit M  41.53 
 
 
506 aa  355  1e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185861  hitchhiker  0.00201163 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6082  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  46.54 
 
 
519 aa  354  2e-96  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.596347  normal  0.0617522 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2386  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  39.64 
 
 
507 aa  354  2e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0446554  normal  0.771852 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3126  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  42.15 
 
 
535 aa  354  2e-96  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1656  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  43.29 
 
 
495 aa  353  4e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.750988  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4138  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  41.59 
 
 
506 aa  353  4e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.68162  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2819  NADH dehydrogenase subunit M  39.96 
 
 
502 aa  352  8e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0252  NADH dehydrogenase subunit M  41.55 
 
 
501 aa  352  1e-95  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1034  NADH dehydrogenase subunit M  38.63 
 
 
501 aa  352  1e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4549  NADH dehydrogenase subunit M  39.31 
 
 
502 aa  350  2e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.899725  normal  0.177769 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4402  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  41.12 
 
 
506 aa  350  3e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.807836 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0281  NADH dehydrogenase subunit M  41.35 
 
 
501 aa  350  3e-95  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.540456  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3814  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  44.27 
 
 
490 aa  350  4e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1010  NADH dehydrogenase subunit M  46.88 
 
 
514 aa  348  1e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1503  NADH dehydrogenase subunit M  39.96 
 
 
511 aa  346  4e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1805  NADH dehydrogenase subunit M  39.13 
 
 
510 aa  345  1e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.168858 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1571  NADH dehydrogenase subunit M  39.13 
 
 
510 aa  345  1e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3121  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  42.51 
 
 
513 aa  345  1e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0441802  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01299  NADH dehydrogenase subunit M  40.36 
 
 
491 aa  344  2e-93  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.648189  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1465  NADH dehydrogenase subunit M  39.13 
 
 
510 aa  344  2e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3297  NADH dehydrogenase subunit M  39.67 
 
 
509 aa  343  2.9999999999999997e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.416453 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1024  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  43.06 
 
 
500 aa  343  2.9999999999999997e-93  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.272198  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2820  NADH dehydrogenase subunit M  40.04 
 
 
494 aa  343  5e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.22208 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28550  NADH dehydrogenase subunit M  45.67 
 
 
509 aa  343  5.999999999999999e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.101547  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3214  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  39.13 
 
 
514 aa  342  7e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3625  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  41.36 
 
 
491 aa  342  8e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0790  NADH dehydrogenase subunit M  36.72 
 
 
489 aa  342  9e-93  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0146664  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0829  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  38.14 
 
 
504 aa  341  2e-92  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2761  NADH dehydrogenase subunit M  39.96 
 
 
511 aa  341  2e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02202  NADH dehydrogenase subunit M  42.38 
 
 
509 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.786903  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1380  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  42.38 
 
 
509 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2426  NADH dehydrogenase subunit M  42.38 
 
 
509 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2431  NADH dehydrogenase subunit M  42.38 
 
 
509 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02162  hypothetical protein  42.38 
 
 
509 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.58394  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1375  NADH dehydrogenase subunit M  42.38 
 
 
509 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.905412 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2570  NADH dehydrogenase subunit M  42.38 
 
 
509 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3416  NADH dehydrogenase subunit M  42.38 
 
 
509 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2423  NADH dehydrogenase subunit M  46.39 
 
 
509 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.200315 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2653  NADH dehydrogenase subunit M  42.38 
 
 
509 aa  340  4e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1304  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  43.33 
 
 
521 aa  340  5e-92  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.278041  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4621  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  37.99 
 
 
503 aa  339  5.9999999999999996e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0225414 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2539  NADH dehydrogenase subunit M  39.96 
 
 
511 aa  339  5.9999999999999996e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1728  NADH dehydrogenase subunit M  38.95 
 
 
512 aa  338  9.999999999999999e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.694351  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2821  NADH dehydrogenase subunit M  42.24 
 
 
509 aa  338  9.999999999999999e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.43  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1195  NADH dehydrogenase subunit M  38.61 
 
 
514 aa  338  9.999999999999999e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0442  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  42.74 
 
 
542 aa  337  2.9999999999999997e-91  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.990094  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0443  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  42.74 
 
 
542 aa  337  2.9999999999999997e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1037  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  42.2 
 
 
525 aa  336  5e-91  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.260264  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29860  NADH dehydrogenase subunit M  45.43 
 
 
509 aa  336  5e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000573313  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1952  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  38.55 
 
 
507 aa  336  5.999999999999999e-91  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0417902  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0414  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  42.74 
 
 
542 aa  336  5.999999999999999e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2558  NADH dehydrogenase subunit M  45.43 
 
 
509 aa  336  5.999999999999999e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2529  NADH dehydrogenase subunit M  38.84 
 
 
513 aa  336  7e-91  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0432269  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0902  NADH dehydrogenase subunit M  40.52 
 
 
503 aa  336  7e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.485511  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1007  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  38.82 
 
 
527 aa  335  7.999999999999999e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.244989  normal  0.172272 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1190  NADH dehydrogenase subunit M  38.84 
 
 
513 aa  335  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.602239  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1202  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  38.51 
 
 
527 aa  335  1e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1073  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  38.3 
 
 
527 aa  335  1e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.397792  normal  0.614174 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1073  NADH dehydrogenase subunit M  39.43 
 
 
496 aa  335  1e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2556  NADH dehydrogenase subunit M  41.53 
 
 
509 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0998  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  38.11 
 
 
504 aa  335  1e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1365  NADH dehydrogenase subunit M  39.24 
 
 
503 aa  334  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.288443  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2545  NADH dehydrogenase subunit M  41.53 
 
 
509 aa  334  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1405  NADH dehydrogenase subunit M  42.07 
 
 
532 aa  334  2e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0707014  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2663  NADH dehydrogenase subunit M  41.53 
 
 
509 aa  334  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1116  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  44.44 
 
 
493 aa  335  2e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2501  NADH dehydrogenase subunit M  41.53 
 
 
509 aa  334  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2261  NADH dehydrogenase subunit M  39.71 
 
 
496 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.796685  normal  0.444802 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0720  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  38.7 
 
 
504 aa  333  3e-90  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.362005  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1625  NADH dehydrogenase subunit M  39.71 
 
 
496 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.209377  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1992  NADH dehydrogenase subunit M  39.36 
 
 
513 aa  333  3e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2237  NADH dehydrogenase subunit M  39.71 
 
 
496 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.759454  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5565  NADH dehydrogenase subunit M  39.51 
 
 
496 aa  333  4e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0400022  normal  0.331028 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2154  NADH dehydrogenase subunit M  39.51 
 
 
496 aa  333  4e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.575239  normal  0.457666 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0725  NADH dehydrogenase subunit M  39.43 
 
 
496 aa  333  5e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.10971  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1311  NADH dehydrogenase subunit M  39.43 
 
 
496 aa  333  5e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>