138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0988 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_1530  Acetyl/propionyl-CoA carboxylase alpha subunit  78.73 
 
 		 1849 aa  1217    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2968  Acetyl/propionyl-CoA carboxylase alpha subunit  57.72 
 
 		 1759 aa  847    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0988  carboxyl transferase  100 
 
 		 769 aa  1575    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0466  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  53.97 
 
 		 1862 aa  837    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.140739  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1606  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding protein  72.63 
 
 		 1827 aa  1129    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.439335 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1317  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding protein  68.91 
 
 		 1811 aa  1071    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468055  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2911  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  55.61 
 
 		 1746 aa  834    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.724138  normal  0.237397 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2521  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding protein  72.07 
 
 		 1832 aa  1117    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3056  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  57.72 
 
 		 1759 aa  850    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.981988  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2423  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding protein  60.61 
 
 		 1843 aa  896    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.757589  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2100  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding protein  55.31 
 
 		 1912 aa  833    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3164  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  57.85 
 
 		 1759 aa  853    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.333063  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2170  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding  58.05 
 
 		 1831 aa  891    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.051377  hitchhiker  0.00313522 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5380  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP- binding protein  71.97 
 
 		 1829 aa  1082    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0382396  normal  0.251517 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4238  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding  70.26 
 
 		 1827 aa  1096    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4446  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding  76.62 
 
 		 1816 aa  1202    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6368  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding  74.6 
 
 		 1837 aa  1152    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0689742 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23180  acetyl/propionyl-CoA carboxylase, alpha subunit  70.53 
 
 		 1830 aa  1098    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.97809  normal  0.111796 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06126  Acetyl-CoA carboxylasePutative uncharacterized protein (EC 6.4.1.2); [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:O60033]  25.33 
 
 		 2288 aa  89.4  2e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.353835 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_11  predicted protein  25.9 
 
 		 1994 aa  88.2  5e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0811  propionyl-CoA carboxylase  24.8 
 
 		 555 aa  75.1  0.000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_44400  predicted protein  24.79 
 
 		 2012 aa  72.4  0.00000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.251659  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF02180  acetyl-CoA carboxylase, putative  27.62 
 
 		 2237 aa  70.1  0.0000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_81158  acetyl-coenzyme-A carboxylase  23.17 
 
 		 2224 aa  68.9  0.0000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.783677 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0156  carboxyl transferase  22.59 
 
 		 513 aa  65.1  0.000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.344953  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0796  propionyl-CoA carboxylase, beta subunit  24.29 
 
 		 518 aa  64.7  0.000000007  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011698  PHATRDRAFT_55209  biotin carboxylase  33.11 
 
 		 2282 aa  64.3  0.000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.98645  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4157  carboxyl transferase  26.76 
 
 		 475 aa  63.5  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.491948 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0944  propionyl-CoA carboxylase  23.64 
 
 		 516 aa  63.9  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1612  methylmalonyl-CoA decarboxylase, alpha subunit  23.98 
 
 		 517 aa  60.8  0.00000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1632  acetyl-CoA carboxylase carboxyltransferase component  22.37 
 
 		 540 aa  60.8  0.00000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3541  carboxyl transferase  25.06 
 
 		 514 aa  60.1  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3166  carboxyl transferase  21.9 
 
 		 521 aa  59.7  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0567033  normal  0.702037 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2348  carboxyl transferase  23.48 
 
 		 512 aa  60.1  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.964644 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1198  carboxyl transferase domain protein  22.1 
 
 		 548 aa  58.9  0.0000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000462076 
 
 
-
 
NC_011686  PHATRDRAFT_54926  acetyl-coa carboxylase  22.61 
 
 		 2092 aa  58.2  0.0000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.146026  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0346  carboxyl transferase  23.2 
 
 		 532 aa  57.8  0.0000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.705455 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0797  carboxyl transferase  22.57 
 
 		 516 aa  57.4  0.0000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000527493  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_389  acyl-CoA biotin-dependant carboxyltransferase  23.2 
 
 		 516 aa  57  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.839187  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0447  acyl CoA biotin-dependant carboxyltransferase  23.2 
 
 		 516 aa  55.5  0.000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3382  propionyl-CoA carboxylase  24.55 
 
 		 474 aa  55.1  0.000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.24633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2281  carboxyl transferase  23.36 
 
 		 531 aa  55.5  0.000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0966059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3624  propionyl-CoA carboxylase  23.54 
 
 		 474 aa  54.7  0.000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.203503  hitchhiker  0.000057053 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4697  carboxyl transferase  23.84 
 
 		 528 aa  54.7  0.000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0752  propionyl-CoA carboxylase beta subunit  22.99 
 
 		 542 aa  54.7  0.000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.136494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2266  putative biotin-dependent carboxylase  27.15 
 
 		 538 aa  54.3  0.000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1759  carboxyl transferase  23.15 
 
 		 514 aa  54.3  0.000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1734  propionyl-CoA carboxylase  24.83 
 
 		 535 aa  54.3  0.000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0659014  normal  0.584019 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6502  carboxyl transferase  23.57 
 
 		 529 aa  54.3  0.000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.838117  normal  0.279453 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0489  carboxyl transferase  23.1 
 
 		 520 aa  53.9  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1735  carboxyl transferase  22.18 
 
 		 516 aa  53.9  0.00001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08340  acetyl-CoA carboxylase, carboxyltransferase component (subunits alpha and beta)  23.25 
 
 		 537 aa  53.9  0.00001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0195606  normal  0.225361 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1043  carboxyl transferase  24.8 
 
 		 549 aa  53.5  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.282671  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1489  carboxyl transferase  21.92 
 
 		 518 aa  53.9  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.810044  normal  0.0441726 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0307  carboxyl transferase  22.77 
 
 		 516 aa  53.9  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1612  Methylcrotonoyl-CoA carboxylase  23.36 
 
 		 542 aa  53.9  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.171186  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0582  carboxyl transferase  23.25 
 
 		 447 aa  53.9  0.00001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0424  carboxyl transferase  22.18 
 
 		 516 aa  53.1  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1317  carboxyl transferase  22.28 
 
 		 512 aa  53.1  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0291  carboxyl transferase  23.59 
 
 		 519 aa  53.1  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2284  carboxyl transferase  22.2 
 
 		 522 aa  53.1  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00152526  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1215  methylmalonyl-CoA decarboxylase alpha chain  22.96 
 
 		 519 aa  52.8  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.336846  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2183  Methylcrotonoyl-CoA carboxylase  22.36 
 
 		 553 aa  52.8  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.297828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0553  carboxyl transferase  23.13 
 
 		 518 aa  52.4  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.965666  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26720  putative biotin-dependent carboxylase  30.26 
 
 		 538 aa  52  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1099  propionyl-CoA carboxylase  20.53 
 
 		 535 aa  51.6  0.00005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000378  methylcrotonyl-CoA carboxylase carboxyl transferase subunit  22.25 
 
 		 535 aa  51.2  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.723902  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1632  carboxyl transferase  23.68 
 
 		 522 aa  51.2  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.605341 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1363  carboxyl transferase  22.35 
 
 		 508 aa  50.8  0.0001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00300636  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2361  carboxyl transferase  23.44 
 
 		 513 aa  50.1  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000738755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1593  Propionyl-CoA carboxylase  21.56 
 
 		 525 aa  50.1  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1346  Propionyl-CoA carboxylase  26.77 
 
 		 508 aa  50.4  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1428  propionyl-CoA carboxylase  20.59 
 
 		 572 aa  50.1  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.81705  normal  0.150471 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2123  propionyl-CoA carboxylase  22.03 
 
 		 535 aa  49.7  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2573  carboxyl transferase  21.83 
 
 		 516 aa  49.7  0.0002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.455501 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0212  carboxyl transferase  22.67 
 
 		 515 aa  49.7  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0821  carboxyl transferase  22.4 
 
 		 536 aa  50.1  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.588825  normal  0.102269 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4433  Propionyl-CoA carboxylase  22.82 
 
 		 532 aa  49.7  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0300749 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0268  carboxyl transferase  23.66 
 
 		 523 aa  49.3  0.0003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1156  carboxyl transferase  22.49 
 
 		 517 aa  49.3  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000234749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3695  carboxyl transferase  23.29 
 
 		 538 aa  48.9  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0411544 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0950  carboxyl transferase  22.83 
 
 		 514 aa  49.3  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.216274 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0260  carboxyl transferase  22.53 
 
 		 519 aa  49.3  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0379  carboxyl transferase  29.65 
 
 		 514 aa  49.3  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.184287  normal  0.887348 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3637  Propionyl-CoA carboxylase  21.9 
 
 		 537 aa  48.9  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.232116 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2775  propionyl-CoA carboxylase  23 
 
 		 478 aa  48.9  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.337324  normal  0.954365 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0585  carboxyl transferase  21.41 
 
 		 512 aa  48.9  0.0004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11343  propionlyl-CoA carboxylase  23.35 
 
 		 513 aa  48.5  0.0004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0077  carboxyl transferase  20.25 
 
 		 517 aa  48.5  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.371983  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0271  Propionyl-CoA carboxylase  22.45 
 
 		 519 aa  48.1  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.846145  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4004  carboxyl transferase  22.57 
 
 		 511 aa  48.1  0.0006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0250  carboxyl transferase  22.35 
 
 		 519 aa  48.1  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.135558  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0214  carboxyl transferase  22.27 
 
 		 515 aa  48.1  0.0006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3947  carboxyl transferase  25 
 
 		 538 aa  48.1  0.0007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13309  propionyl-CoA carboxylase beta subunit 5 accD5  21.54 
 
 		 548 aa  48.1  0.0007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2974  carboxyl transferase  23.48 
 
 		 519 aa  47.8  0.0008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0639  carboxyl transferase  22.36 
 
 		 513 aa  47.8  0.0008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.629685 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3248  carboxyl transferase  21.8 
 
 		 574 aa  47  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000151577 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3025  carboxyl transferase  23.43 
 
 		 532 aa  47  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.432014 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0651  propionyl-CoA carboxylase  21.94 
 
 		 574 aa  47  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>