294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_R0017 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010003  Pmob_R0054  23S ribosomal RNA  85.22 
 
 		 2902 bp  704    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.439504  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0015  23S ribosomal RNA  85.22 
 
 		 2902 bp  704    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.770252  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0027  23S ribosomal RNA  85.38 
 
 		 3023 bp  1536    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.26037  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0033  23S ribosomal RNA  90.64 
 
 		 2940 bp  2361    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0017  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 3993 bp  7916    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0503032  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0049  23S ribosomal RNA  99.89 
 
 		 2911 bp  3739    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.147813  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0028  23S ribosomal RNA  90.64 
 
 		 2940 bp  2361    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.973163  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0020  23S ribosomal RNA  90.64 
 
 		 2940 bp  2361    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0015  23S ribosomal RNA  90.64 
 
 		 2940 bp  2361    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0027  23S ribosomal RNA  87.92 
 
 		 3718 bp  1003    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0025  23S ribosomal RNA  82.3 
 
 		 3027 bp  535  1e-149  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337062  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0041  23S ribosomal RNA  82.3 
 
 		 3027 bp  535  1e-149  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0513089  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0008  23S ribosomal RNA  81.79 
 
 		 3357 bp  470  1e-129  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.651179  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0031  23S ribosomal RNA  81.79 
 
 		 3357 bp  470  1e-129  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0002  23S ribosomal RNA  81.59 
 
 		 2944 bp  458  1.0000000000000001e-126  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0115093  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0059  23S ribosomal RNA  81.59 
 
 		 2943 bp  458  1.0000000000000001e-126  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.12329  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0010  23S ribosomal RNA  81.59 
 
 		 2944 bp  458  1.0000000000000001e-126  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.142358  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0029  23S ribosomal RNA  81.47 
 
 		 3009 bp  452  1.0000000000000001e-124  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.795841  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0003  23S ribosomal RNA  81.47 
 
 		 3009 bp  452  1.0000000000000001e-124  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.168115  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0050  23S ribosomal RNA  81.41 
 
 		 2946 bp  450  1e-123  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.074771  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0028  23S ribosomal RNA  81.41 
 
 		 2946 bp  450  1e-123  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.393562  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0031  23S ribosomal RNA  81.41 
 
 		 2946 bp  450  1e-123  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.196747  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0069  23S ribosomal RNA  81.41 
 
 		 2609 bp  416  1e-113  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0021  23S ribosomal RNA  81.41 
 
 		 2609 bp  416  1e-113  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0002  23S ribosomal RNA  81.41 
 
 		 2609 bp  416  1e-113  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000051832  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0041  23S ribosomal RNA  81.29 
 
 		 2618 bp  408  1e-111  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0588399  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0054  23S ribosomal RNA  81.39 
 
 		 2969 bp  406  9.999999999999999e-111  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0006  23S ribosomal RNA  81.39 
 
 		 2969 bp  406  9.999999999999999e-111  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0035  23S ribosomal RNA  81.28 
 
 		 2969 bp  398  1e-108  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0009  23S ribosomal RNA  83.86 
 
 		 2961 bp  361  1e-96  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.609775  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0048  23S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 3384 bp  341  1e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770601 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0027  23S ribosomal RNA  83.42 
 
 		 3129 bp  327  9.999999999999999e-87  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.344785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0055  23S ribosomal RNA  83.42 
 
 		 3129 bp  327  9.999999999999999e-87  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0639179  decreased coverage  0.00060371 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0017  23S ribosomal RNA  83.42 
 
 		 3129 bp  327  9.999999999999999e-87  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.78829 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0004  23S ribosomal RNA  83.42 
 
 		 3129 bp  327  9.999999999999999e-87  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0004  23S ribosomal RNA  84.98 
 
 		 2774 bp  321  9e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.174681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0037  23S ribosomal RNA  84.98 
 
 		 2774 bp  321  9e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0041  23S ribosomal RNA  84.98 
 
 		 2774 bp  321  9e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0049  23S ribosomal RNA  82.7 
 
 		 2956 bp  319  2.9999999999999996e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0054  23S ribosomal RNA  82.7 
 
 		 2956 bp  319  2.9999999999999996e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.175608  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6009  23SrRNA  82.77 
 
 		 2916 bp  317  1e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.597843 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6016  23SrRNA  82.77 
 
 		 2917 bp  317  1e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0083  23S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 2844 bp  317  1e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0056  23S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 2844 bp  317  1e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0066  23S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 2844 bp  317  1e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.47421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0074  23S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 2844 bp  317  1e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.164783  normal  0.170444 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0005  23S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 2844 bp  317  1e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0571128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0033  23S ribosomal RNA  84.77 
 
 		 2736 bp  315  5e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0024  23S ribosomal RNA  84.96 
 
 		 2740 bp  315  5e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.335638 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0020  23S ribosomal RNA  82.62 
 
 		 2884 bp  315  5e-83  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0024  23S ribosomal RNA  82.62 
 
 		 2885 bp  315  5e-83  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0033  23S ribosomal RNA  82.62 
 
 		 2884 bp  315  5e-83  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0057  23S ribosomal RNA  82.62 
 
 		 2884 bp  315  5e-83  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.389269  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0015  23S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 2972 bp  315  5e-83  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.544354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0045  23S ribosomal RNA  84.77 
 
 		 2736 bp  315  5e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.351747  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0008  23S ribosomal RNA  83.66 
 
 		 2669 bp  311  9.000000000000001e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0025  23S ribosomal RNA  82.7 
 
 		 2942 bp  311  9.000000000000001e-82  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0060  23S ribosomal RNA  83.66 
 
 		 2669 bp  311  9.000000000000001e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.531271  normal  0.371135 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0050  23S ribosomal RNA  83.66 
 
 		 2818 bp  311  9.000000000000001e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.502675  normal  0.618699 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0030  23S ribosomal RNA  82.7 
 
 		 2942 bp  311  9.000000000000001e-82  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0014  23S ribosomal RNA  82.7 
 
 		 2942 bp  311  9.000000000000001e-82  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000648594  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0007  23S ribosomal RNA  85.16 
 
 		 2758 bp  309  3.0000000000000004e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0021  23S ribosomal RNA  85.16 
 
 		 2758 bp  309  3.0000000000000004e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0043  23S ribosomal RNA  85.16 
 
 		 2758 bp  309  3.0000000000000004e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0061  23S ribosomal RNA  85.16 
 
 		 2758 bp  309  3.0000000000000004e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0021  23S ribosomal RNA  84.94 
 
 		 2873 bp  303  2e-79  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.380861  normal  0.0691187 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0043  23S ribosomal RNA  84.94 
 
 		 2873 bp  303  2e-79  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0029  23S ribosomal RNA  81.9 
 
 		 3109 bp  303  2e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.655069  decreased coverage  0.000196644 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0022  23S ribosomal RNA  84.94 
 
 		 2873 bp  303  2e-79  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0044  23S ribosomal RNA  84.94 
 
 		 2873 bp  303  2e-79  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.223039  normal  0.259444 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0023  23S ribosomal RNA  81.9 
 
 		 3109 bp  303  2e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00102273 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0016  23S ribosomal RNA  81.9 
 
 		 3109 bp  303  2e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.244086 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0045  23S ribosomal RNA  85.09 
 
 		 2784 bp  303  2e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.724852  normal  0.204125 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0023  23S ribosomal RNA  86.85 
 
 		 2997 bp  301  8e-79  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.426182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0032  23S ribosomal RNA  84.28 
 
 		 2739 bp  299  3e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0012  23S ribosomal RNA  84.28 
 
 		 2739 bp  299  3e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.130205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0039  23S ribosomal RNA  82.24 
 
 		 2921 bp  299  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.409149 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0067  23S ribosomal RNA  84.28 
 
 		 2739 bp  299  3e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  decreased coverage  0.0050619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0026  23S ribosomal RNA  84.28 
 
 		 2739 bp  299  3e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.926914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4295  23S ribosomal RNA  82.24 
 
 		 2883 bp  299  3e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4350  23S ribosomal RNA  82.24 
 
 		 2883 bp  299  3e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.196782  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0066  23S ribosomal RNA  82.24 
 
 		 2918 bp  299  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.349554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0051  23S ribosomal RNA  82.24 
 
 		 2921 bp  299  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.424531 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0066  23S ribosomal RNA  82.24 
 
 		 2921 bp  299  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.324524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0058  23S ribosomal RNA  82.24 
 
 		 2921 bp  299  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0060  23S ribosomal RNA  82.24 
 
 		 2918 bp  299  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0005  23S ribosomal RNA  82.24 
 
 		 2918 bp  299  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0053  23S ribosomal RNA  82.24 
 
 		 2918 bp  299  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0071  23S ribosomal RNA  81.99 
 
 		 2850 bp  295  5.0000000000000004e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.764689  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0060  23S ribosomal RNA  81.99 
 
 		 2954 bp  295  5.0000000000000004e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08950  23S ribosomal RNA  83.66 
 
 		 3022 bp  295  5.0000000000000004e-77  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0040  23S ribosomal RNA  83.45 
 
 		 2871 bp  295  5.0000000000000004e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0036  23S ribosomal RNA  81.99 
 
 		 2850 bp  295  5.0000000000000004e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0055  23S ribosomal RNA  81.99 
 
 		 2954 bp  295  5.0000000000000004e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0031  23S ribosomal RNA  81.99 
 
 		 2850 bp  295  5.0000000000000004e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0030  23S ribosomal RNA  83.45 
 
 		 2871 bp  295  5.0000000000000004e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0070  23S ribosomal RNA  81.99 
 
 		 2954 bp  295  5.0000000000000004e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0021  23S ribosomal RNA  81.99 
 
 		 2954 bp  295  5.0000000000000004e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02360  23S ribosomal RNA  83.66 
 
 		 3022 bp  295  5.0000000000000004e-77  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00130  23S ribosomal RNA  83.66 
 
 		 3022 bp  295  5.0000000000000004e-77  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>