More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpet_R0027 on replicon NC_009486
Organism: Thermotoga petrophila RKU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_R0033  23S ribosomal RNA  85.79 
 
 		 2940 bp  1421    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0017  23S ribosomal RNA  87.92 
 
 		 3993 bp  1003    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0503032  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0027  23S ribosomal RNA  99.12 
 
 		 3023 bp  3921    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.26037  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0028  23S ribosomal RNA  85.79 
 
 		 2940 bp  1421    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.973163  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0049  23S ribosomal RNA  84.31 
 
 		 2911 bp  1130    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.147813  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0020  23S ribosomal RNA  85.79 
 
 		 2940 bp  1421    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0015  23S ribosomal RNA  85.79 
 
 		 2940 bp  1421    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0746  homing endonuclease, LAGLIDADG/HNH  100 
 
 		 498 bp  987    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0027  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 3718 bp  7370    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0025  23S ribosomal RNA  84.14 
 
 		 3027 bp  601  1e-169  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337062  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0041  23S ribosomal RNA  84.14 
 
 		 3027 bp  601  1e-169  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0513089  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0002  23S ribosomal RNA  81.7 
 
 		 2944 bp  452  1.0000000000000001e-124  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0115093  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0010  23S ribosomal RNA  81.7 
 
 		 2944 bp  452  1.0000000000000001e-124  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.142358  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0050  23S ribosomal RNA  81.7 
 
 		 2946 bp  452  1.0000000000000001e-124  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.074771  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0059  23S ribosomal RNA  81.9 
 
 		 2943 bp  450  1e-123  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.12329  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0015  23S ribosomal RNA  87.7 
 
 		 2902 bp  450  1e-123  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.770252  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0029  23S ribosomal RNA  83.24 
 
 		 3009 bp  448  1e-123  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.795841  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0003  23S ribosomal RNA  83.24 
 
 		 3009 bp  448  1e-123  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.168115  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0054  23S ribosomal RNA  87.7 
 
 		 2902 bp  450  1e-123  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.439504  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0015  23S ribosomal RNA  81.88 
 
 		 2972 bp  444  9.999999999999999e-123  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.544354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0028  23S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 2946 bp  418  1e-114  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.393562  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0031  23S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 2946 bp  418  1e-114  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.196747  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0009  23S ribosomal RNA  84.21 
 
 		 2961 bp  408  1e-111  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.609775  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0062  23S ribosomal RNA  81.16 
 
 		 2932 bp  410  1e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0016  23S ribosomal RNA  81.16 
 
 		 2933 bp  410  1e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0203947  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0004  23S ribosomal RNA  81.18 
 
 		 2933 bp  406  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0027  23S ribosomal RNA  81.18 
 
 		 2933 bp  406  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.373876  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0011  23S ribosomal RNA  81.18 
 
 		 2933 bp  406  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0118  23S ribosomal RNA  81.18 
 
 		 2933 bp  406  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0014745  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0030  23S ribosomal RNA  81.18 
 
 		 2933 bp  406  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0059  23S ribosomal RNA  81.18 
 
 		 2935 bp  406  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0054  23S ribosomal RNA  81.18 
 
 		 2933 bp  406  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0035  23S ribosomal RNA  82.76 
 
 		 2969 bp  402  1e-109  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0027  23S ribosomal RNA  86.22 
 
 		 3129 bp  400  1e-108  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.344785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0055  23S ribosomal RNA  86.22 
 
 		 3129 bp  400  1e-108  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0639179  decreased coverage  0.00060371 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0017  23S ribosomal RNA  86.22 
 
 		 3129 bp  400  1e-108  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.78829 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0004  23S ribosomal RNA  86.22 
 
 		 3129 bp  400  1e-108  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0054  23S ribosomal RNA  82.62 
 
 		 2969 bp  394  1e-107  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0006  23S ribosomal RNA  82.62 
 
 		 2969 bp  394  1e-107  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0037  23S ribosomal RNA  81.21 
 
 		 2927 bp  389  1e-105  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0099  23S ribosomal RNA  80.95 
 
 		 2933 bp  391  1e-105  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00331289  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0066  23S ribosomal RNA  81.07 
 
 		 2927 bp  385  1e-104  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0113  23S ribosomal RNA  81.07 
 
 		 2927 bp  385  1e-104  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0004  23S ribosomal RNA  81.07 
 
 		 2928 bp  385  1e-104  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0024  23S ribosomal RNA  81.07 
 
 		 2927 bp  385  1e-104  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0032  23S ribosomal RNA  84.31 
 
 		 2739 bp  383  1e-103  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0012  23S ribosomal RNA  84.31 
 
 		 2739 bp  383  1e-103  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.130205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0067  23S ribosomal RNA  84.31 
 
 		 2739 bp  383  1e-103  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  decreased coverage  0.0050619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0026  23S ribosomal RNA  84.31 
 
 		 2739 bp  383  1e-103  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.926914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0002  23S ribosomal RNA  81.54 
 
 		 2609 bp  379  1e-102  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000051832  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0069  23S ribosomal RNA  81.54 
 
 		 2609 bp  379  1e-102  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0021  23S ribosomal RNA  81.54 
 
 		 2609 bp  379  1e-102  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0027  23S ribosomal RNA  80.95 
 
 		 2927 bp  377  1e-101  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0070  23S ribosomal RNA  80.95 
 
 		 2927 bp  377  1e-101  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0078  23S ribosomal RNA  86.55 
 
 		 2925 bp  375  1e-101  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0025  23S ribosomal RNA  86.55 
 
 		 2925 bp  375  1e-101  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.610781  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0010  23S ribosomal RNA  80.95 
 
 		 2927 bp  377  1e-101  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0063  23S ribosomal RNA  86.55 
 
 		 2924 bp  375  1e-101  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00771367  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0049  23S ribosomal RNA  86.55 
 
 		 2925 bp  375  1e-101  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0010  23S ribosomal RNA  86.55 
 
 		 2925 bp  375  1e-101  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0004  23S ribosomal RNA  86.55 
 
 		 2925 bp  375  1e-101  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000545462  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0041  23S ribosomal RNA  81.4 
 
 		 2618 bp  371  1e-99  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0588399  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0005  23S ribosomal RNA  83.52 
 
 		 2878 bp  369  4e-99  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00100489  normal  0.226788 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0051  23S ribosomal RNA  83.52 
 
 		 2878 bp  369  4e-99  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00795869  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0022  23S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 2873 bp  367  2e-98  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0043  23S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 2873 bp  367  2e-98  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0044  23S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 2873 bp  367  2e-98  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.223039  normal  0.259444 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0021  23S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 2873 bp  367  2e-98  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.380861  normal  0.0691187 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0030  23S ribosomal RNA  84.96 
 
 		 2942 bp  365  6e-98  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0025  23S ribosomal RNA  84.96 
 
 		 2942 bp  365  6e-98  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0014  23S ribosomal RNA  84.96 
 
 		 2942 bp  365  6e-98  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000648594  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0049  23S ribosomal RNA  81.7 
 
 		 2956 bp  363  1.9999999999999998e-97  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0054  23S ribosomal RNA  81.7 
 
 		 2956 bp  363  1.9999999999999998e-97  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.175608  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0024  23S ribosomal RNA  83.49 
 
 		 2740 bp  351  8.999999999999999e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.335638 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0028  23S ribosomal RNA  86.26 
 
 		 2925 bp  351  8.999999999999999e-94  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0156904  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0016  23S ribosomal RNA  83.49 
 
 		 2829 bp  351  8.999999999999999e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.144056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0055  23S ribosomal RNA  86.26 
 
 		 2925 bp  351  8.999999999999999e-94  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.125103  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0004  23S ribosomal RNA  86.26 
 
 		 2925 bp  351  8.999999999999999e-94  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.180219  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0023  23S ribosomal RNA  86.26 
 
 		 2925 bp  351  8.999999999999999e-94  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0220545  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0059  23S ribosomal RNA  83.58 
 
 		 2935 bp  349  4e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0882856  normal  0.887302 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0042  23S ribosomal RNA  83.58 
 
 		 2936 bp  349  4e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000650821 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0010  23S ribosomal RNA  83.58 
 
 		 2934 bp  349  4e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.625717 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0079  23S ribosomal RNA  83.58 
 
 		 2935 bp  349  4e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0063  23S ribosomal RNA  83.58 
 
 		 2976 bp  349  4e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0050  23S ribosomal RNA  83.58 
 
 		 2935 bp  349  4e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.617817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0068  23S ribosomal RNA  83.58 
 
 		 2935 bp  349  4e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.502369 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0045  23S ribosomal RNA  83.58 
 
 		 2976 bp  349  4e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.570059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_R0066  23S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 2885 bp  349  4e-93  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0043  23S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 2890 bp  349  4e-93  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0363579  decreased coverage  0.0035918 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0013  23S ribosomal RNA  83.85 
 
 		 2913 bp  347  1e-92  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0027  23S ribosomal RNA  83.85 
 
 		 2913 bp  347  1e-92  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0007  23S ribosomal RNA  83.36 
 
 		 2758 bp  347  1e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0021  23S ribosomal RNA  83.36 
 
 		 2758 bp  347  1e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0043  23S ribosomal RNA  83.36 
 
 		 2758 bp  347  1e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0061  23S ribosomal RNA  83.36 
 
 		 2758 bp  347  1e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0023  23S ribosomal RNA  82.76 
 
 		 2997 bp  345  5.9999999999999996e-92  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.426182  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0031  23S ribosomal RNA  82.86 
 
 		 2939 bp  345  5.9999999999999996e-92  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0294525  normal  0.894877 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0051  23S ribosomal RNA  82.86 
 
 		 2939 bp  345  5.9999999999999996e-92  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.923943 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_rrlVIMSS1365779  23S ribosomal RNA  82.97 
 
 		 2875 bp  345  5.9999999999999996e-92  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.069762 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0033  23S ribosomal RNA  83.3 
 
 		 2736 bp  343  1.9999999999999998e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>