More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_R0024 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  Gs23SA  23S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 2958 bp  880    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.287  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs23SB  23S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 2958 bp  880    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SA  23S ribosomal RNA  84.92 
 
 		 2902 bp  767    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145616  hitchhiker  0.000134511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  84.92 
 
 		 2902 bp  767    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SC  23S ribosomal RNA  84.92 
 
 		 2902 bp  767    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.15738  normal  0.0640928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  84.92 
 
 		 2902 bp  767    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  84.92 
 
 		 2902 bp  767    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  84.92 
 
 		 2902 bp  767    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  84.92 
 
 		 2902 bp  767    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SA  23S ribosomal RNA  84.14 
 
 		 2904 bp  720    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.10158  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SB  23S ribosomal RNA  84.14 
 
 		 2904 bp  720    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352152  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r02  23S ribosomal RNA  89.65 
 
 		 2908 bp  2746    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r05  23S ribosomal RNA  89.65 
 
 		 2908 bp  2746    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.346302  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr02  23S ribosomal RNA  89.65 
 
 		 2809 bp  2631    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.722824  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r02  23S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 2903 bp  743    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r05  23S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 2903 bp  743    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r08  23S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 2903 bp  743    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r11  23S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 2903 bp  743    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r14  23S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 2903 bp  743    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.701415  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr02  23S ribosomal RNA  84.5 
 
 		 2783 bp  708    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr05  23S ribosomal RNA  84.5 
 
 		 2783 bp  708    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr08  23S ribosomal RNA  84.21 
 
 		 2861 bp  735    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr02  23S ribosomal RNA  84.21 
 
 		 2861 bp  735    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr05  23S ribosomal RNA  84.21 
 
 		 2861 bp  735    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr08  23S ribosomal RNA  84.21 
 
 		 2861 bp  735    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA16  23S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 2903 bp  743    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.048152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA49  23S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 2903 bp  743    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832187  normal  0.473588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA7  23S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 2903 bp  743    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.685402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA71  23S ribosomal RNA  84.52 
 
 		 2903 bp  735    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0658993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA80  23S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 2903 bp  743    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0495778  normal  0.0181156 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0039  23S ribosomal RNA  84.65 
 
 		 2799 bp  835    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0016  23S ribosomal RNA  88.79 
 
 		 2829 bp  2587    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.144056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0013  23S ribosomal RNA  85.59 
 
 		 2913 bp  835    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0027  23S ribosomal RNA  85.59 
 
 		 2913 bp  835    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R15  23S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 2892 bp  743    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R4  23S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 2892 bp  743    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.657154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R44  23S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 2892 bp  743    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.100661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R57  23S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 2892 bp  743    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.344499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R78  23S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 2892 bp  743    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0420771  normal  0.0126919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R91  23S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 2892 bp  743    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000653016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4295  23S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 2883 bp  1330    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4350  23S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 2883 bp  1330    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.196782  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4355  23S ribosomal RNA  86.2 
 
 		 2882 bp  1314    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0049  23S ribosomal RNA  87.17 
 
 		 2956 bp  952    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0054  23S ribosomal RNA  87.17 
 
 		 2956 bp  952    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.175608  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0014  23S ribosomal RNA  86.01 
 
 		 2983 bp  864    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.58284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0043  23S ribosomal RNA  86.11 
 
 		 2983 bp  872    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.101725  hitchhiker  0.000000749297 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0015  23S ribosomal RNA  84.53 
 
 		 2889 bp  714    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0007  23S ribosomal RNA  90.67 
 
 		 2758 bp  1532    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0021  23S ribosomal RNA  90.67 
 
 		 2758 bp  1532    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0043  23S ribosomal RNA  90.67 
 
 		 2758 bp  1532    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0061  23S ribosomal RNA  90.67 
 
 		 2758 bp  1532    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0014  23S ribosomal RNA  83.17 
 
 		 2985 bp  666    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0035  23S ribosomal RNA  83.17 
 
 		 2985 bp  666    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0052  23S ribosomal RNA  88.36 
 
 		 2830 bp  2684    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.121613 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0050  23S ribosomal RNA  85.02 
 
 		 2783 bp  1903    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0056  23S ribosomal RNA  85.02 
 
 		 2783 bp  1903    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0062  23S ribosomal RNA  85.02 
 
 		 2783 bp  1903    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0048  23S ribosomal RNA  87.12 
 
 		 3384 bp  1356    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770601 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0021  23S ribosomal RNA  88.41 
 
 		 2847 bp  2692    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.727365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0062  23S ribosomal RNA  88.45 
 
 		 2847 bp  2700    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.451716  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0005  23S ribosomal RNA  85.07 
 
 		 2884 bp  759    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.133084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0054  23S ribosomal RNA  85.07 
 
 		 2884 bp  759    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.879203  normal  0.943233 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0009  23S ribosomal RNA  88.66 
 
 		 2832 bp  2746    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0412667 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0067  23S ribosomal RNA  88.66 
 
 		 2832 bp  2746    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0016  23S ribosomal RNA  88.09 
 
 		 2863 bp  2605    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0083  23S ribosomal RNA  87.28 
 
 		 2844 bp  1376    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0056  23S ribosomal RNA  87.28 
 
 		 2844 bp  1376    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0066  23S ribosomal RNA  87.28 
 
 		 2844 bp  1376    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.47421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0074  23S ribosomal RNA  87.28 
 
 		 2844 bp  1376    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.164783  normal  0.170444 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0005  23S ribosomal RNA  87.28 
 
 		 2844 bp  1376    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0571128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0045  23S ribosomal RNA  84.74 
 
 		 2784 bp  1818    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.724852  normal  0.204125 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0003  23S ribosomal RNA  83.96 
 
 		 2881 bp  672    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0037  23S ribosomal RNA  83.96 
 
 		 2881 bp  672    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0169917  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0052  23S ribosomal RNA  83.96 
 
 		 2882 bp  672    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0063  23S ribosomal RNA  83.96 
 
 		 2881 bp  672    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0822866  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0041  23S ribosomal RNA  88.96 
 
 		 2875 bp  2831    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0051  23S ribosomal RNA  88.96 
 
 		 2875 bp  2831    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0007  23S ribosomal RNA  84.88 
 
 		 2898 bp  779    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0012  23S ribosomal RNA  84.88 
 
 		 2898 bp  779    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31433 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0020  23S ribosomal RNA  87.41 
 
 		 2747 bp  2593    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.730998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0040  23S ribosomal RNA  87.41 
 
 		 2747 bp  2593    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0010  23S ribosomal RNA  83.85 
 
 		 2882 bp  664    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0131744  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0020  23S ribosomal RNA  83.85 
 
 		 2882 bp  664    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00244053  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_R0081  23S ribosomal RNA  83.85 
 
 		 2882 bp  664    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0232071  normal  0.0354875 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_R0087  23S ribosomal RNA  83.96 
 
 		 2882 bp  672    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00689972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08600  23S ribosomal RNA  84.48 
 
 		 2891 bp  733    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000197684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62060  23S ribosomal RNA  84.58 
 
 		 2891 bp  741    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0546487 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70880  23S ribosomal RNA  84.48 
 
 		 2891 bp  733    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.560692 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0002  23S ribosomal RNA  83.96 
 
 		 2882 bp  672    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.522132  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0010  23S ribosomal RNA  83.96 
 
 		 2882 bp  672    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0290682  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0019  23S ribosomal RNA  83.96 
 
 		 2882 bp  672    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0801725  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0062  23S ribosomal RNA  83.85 
 
 		 2882 bp  664    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.604931  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_R0078  23S ribosomal RNA  83.96 
 
 		 2881 bp  672    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.215501  normal  0.0353755 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_R0085  23S ribosomal RNA  83.85 
 
 		 2881 bp  664    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.271207  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0016  23S ribosomal RNA  88.21 
 
 		 2811 bp  1043    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629398  normal  0.58938 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0048  23S ribosomal RNA  88.21 
 
 		 2811 bp  1043    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0004  23S ribosomal RNA  88.58 
 
 		 2774 bp  1076    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.174681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0037  23S ribosomal RNA  88.58 
 
 		 2774 bp  1076    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0041  23S ribosomal RNA  88.58 
 
 		 2774 bp  1076    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>