More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_R0005 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_23SA  23S ribosomal RNA  84.05 
 
 
2902 bp  708    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145616  hitchhiker  0.000134511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  84.05 
 
 
2902 bp  708    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SC  23S ribosomal RNA  84.05 
 
 
2902 bp  708    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.15738  normal  0.0640928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  84.05 
 
 
2902 bp  708    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  84.05 
 
 
2902 bp  708    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  84.05 
 
 
2902 bp  708    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  84.05 
 
 
2902 bp  708    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SA  23S ribosomal RNA  84.92 
 
 
2904 bp  795    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.10158  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SB  23S ribosomal RNA  84.92 
 
 
2904 bp  795    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352152  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r02  23S ribosomal RNA  87.63 
 
 
2908 bp  1063    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r05  23S ribosomal RNA  87.63 
 
 
2908 bp  1063    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.346302  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr02  23S ribosomal RNA  88.03 
 
 
2809 bp  1053    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.722824  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r002  23S ribosomal RNA  84.82 
 
 
2893 bp  650    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r005  23S ribosomal RNA  84.82 
 
 
2893 bp  650    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r008  23S ribosomal RNA  84.82 
 
 
2894 bp  650    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r011  23S ribosomal RNA  84.82 
 
 
2893 bp  650    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r014  23S ribosomal RNA  84.82 
 
 
2893 bp  650    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r017  23S ribosomal RNA  84.82 
 
 
2893 bp  650    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r020  23S ribosomal RNA  84.82 
 
 
2893 bp  650    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r023  23S ribosomal RNA  84.82 
 
 
2893 bp  650    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r026  23S ribosomal RNA  84.82 
 
 
2893 bp  650    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r02  23S ribosomal RNA  84.15 
 
 
2903 bp  716    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r05  23S ribosomal RNA  84.15 
 
 
2903 bp  716    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r08  23S ribosomal RNA  84.15 
 
 
2903 bp  716    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r11  23S ribosomal RNA  84.15 
 
 
2903 bp  716    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r14  23S ribosomal RNA  84.15 
 
 
2903 bp  716    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.701415  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA16  23S ribosomal RNA  84.15 
 
 
2903 bp  716    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.048152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA49  23S ribosomal RNA  84.15 
 
 
2903 bp  716    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832187  normal  0.473588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA7  23S ribosomal RNA  84.15 
 
 
2903 bp  716    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.685402  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA71  23S ribosomal RNA  84.15 
 
 
2903 bp  716    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0658993  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA80  23S ribosomal RNA  84.15 
 
 
2903 bp  716    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0495778  normal  0.0181156 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0016  23S ribosomal RNA  88.66 
 
 
2829 bp  690    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.144056  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0013  23S ribosomal RNA  85.62 
 
 
2913 bp  712    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0027  23S ribosomal RNA  85.62 
 
 
2913 bp  712    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R15  23S ribosomal RNA  84.35 
 
 
2892 bp  731    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28387  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R4  23S ribosomal RNA  84.35 
 
 
2892 bp  731    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.657154  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R44  23S ribosomal RNA  84.35 
 
 
2892 bp  731    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.100661  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R57  23S ribosomal RNA  84.35 
 
 
2892 bp  731    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.344499  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R78  23S ribosomal RNA  84.35 
 
 
2892 bp  731    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0420771  normal  0.0126919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R91  23S ribosomal RNA  84.35 
 
 
2892 bp  731    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000653016  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4295  23S ribosomal RNA  92.02 
 
 
2883 bp  2056    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4350  23S ribosomal RNA  92.02 
 
 
2883 bp  2056    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.196782  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4355  23S ribosomal RNA  91.96 
 
 
2882 bp  2040    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_CR0087  23S ribosomal RNA  83.5 
 
 
2882 bp  650    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0564636  normal  0.192988 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0010  23S ribosomal RNA  83.5 
 
 
2882 bp  650    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0501541  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0018  23S ribosomal RNA  83.5 
 
 
2882 bp  650    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000431257  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0028  23S ribosomal RNA  83.5 
 
 
2882 bp  650    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0640603  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0072  23S ribosomal RNA  83.5 
 
 
2882 bp  650    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560975  normal  0.612563 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0004  23S ribosomal RNA  83.5 
 
 
2882 bp  650    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0923304  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0007  23S ribosomal RNA  87.64 
 
 
2758 bp  1259    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0021  23S ribosomal RNA  87.64 
 
 
2758 bp  1259    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0043  23S ribosomal RNA  87.64 
 
 
2758 bp  1259    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0061  23S ribosomal RNA  87.64 
 
 
2758 bp  1259    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0052  23S ribosomal RNA  87.54 
 
 
2830 bp  678    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.121613 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0050  23S ribosomal RNA  85.36 
 
 
2783 bp  1104    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0056  23S ribosomal RNA  85.36 
 
 
2783 bp  1104    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0062  23S ribosomal RNA  85.36 
 
 
2783 bp  1104    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0048  23S ribosomal RNA  93.18 
 
 
3384 bp  2232    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.770601 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0021  23S ribosomal RNA  88.2 
 
 
2847 bp  666    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.727365  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0062  23S ribosomal RNA  88.2 
 
 
2847 bp  666    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.451716  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0002  23S ribosomal RNA  83.95 
 
 
2905 bp  674    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.905525  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0010  23S ribosomal RNA  83.95 
 
 
2905 bp  674    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0016  23S ribosomal RNA  83.95 
 
 
2905 bp  674    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.427778  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0047  23S ribosomal RNA  83.95 
 
 
2905 bp  674    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0106  23S ribosomal RNA  83.95 
 
 
2905 bp  674    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.492781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0116  23S ribosomal RNA  83.95 
 
 
2905 bp  674    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0121  23S ribosomal RNA  83.95 
 
 
2905 bp  674    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0126  23S ribosomal RNA  83.95 
 
 
2905 bp  674    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0009  23S ribosomal RNA  86.12 
 
 
2832 bp  1273    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0412667 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0067  23S ribosomal RNA  86.12 
 
 
2832 bp  1273    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0016  23S ribosomal RNA  87.57 
 
 
2863 bp  658    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0083  23S ribosomal RNA  100 
 
 
2844 bp  5638    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0056  23S ribosomal RNA  100 
 
 
2844 bp  5638    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0066  23S ribosomal RNA  100 
 
 
2844 bp  5638    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.47421  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0074  23S ribosomal RNA  100 
 
 
2844 bp  5638    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.164783  normal  0.170444 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0005  23S ribosomal RNA  100 
 
 
2844 bp  5638    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0571128  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0045  23S ribosomal RNA  84.82 
 
 
2784 bp  1055    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.724852  normal  0.204125 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0003  23S ribosomal RNA  83.6 
 
 
2881 bp  658    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0037  23S ribosomal RNA  83.6 
 
 
2881 bp  658    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0169917  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0052  23S ribosomal RNA  83.6 
 
 
2882 bp  658    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0063  23S ribosomal RNA  83.6 
 
 
2881 bp  658    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0822866  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0074  23S ribosomal RNA  83.5 
 
 
2881 bp  650    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.407345  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0086  23S ribosomal RNA  83.5 
 
 
2881 bp  650    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0041  23S ribosomal RNA  88.27 
 
 
2875 bp  1168    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0051  23S ribosomal RNA  88.27 
 
 
2875 bp  1168    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0002  23S ribosomal RNA  84.27 
 
 
2893 bp  694    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.492003  hitchhiker  0.00473622 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0010  23S ribosomal RNA  84.27 
 
 
2893 bp  694    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00150973  normal  0.511936 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0017  23S ribosomal RNA  84.07 
 
 
2893 bp  678    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000288824 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0074  23S ribosomal RNA  84.07 
 
 
2893 bp  678    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0122  23S ribosomal RNA  84.07 
 
 
2893 bp  678    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.750631 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0131  23S ribosomal RNA  84.07 
 
 
2893 bp  678    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.595604 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0135  23S ribosomal RNA  84.27 
 
 
2893 bp  694    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  hitchhiker  0.00197416 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0139  23S ribosomal RNA  84.07 
 
 
2893 bp  678    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.746885 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0142  23S ribosomal RNA  84.27 
 
 
2893 bp  694    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.080759 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0002  23S ribosomal RNA  84.27 
 
 
2893 bp  694    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00475711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0010  23S ribosomal RNA  84.27 
 
 
2893 bp  694    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0173103 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0017  23S ribosomal RNA  84.27 
 
 
2893 bp  694    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.553114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0023  23S ribosomal RNA  84.27 
 
 
2893 bp  694    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00167736  normal  0.0882974 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0027  23S ribosomal RNA  84.27 
 
 
2893 bp  694    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.206108 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0074  23S ribosomal RNA  84.07 
 
 
2893 bp  678    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.186245 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>