More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_4350 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_23SA  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2902 bp  704    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145616  hitchhiker  0.000134511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2902 bp  704    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SC  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2902 bp  704    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.15738  normal  0.0640928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2902 bp  704    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2902 bp  704    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2902 bp  704    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2902 bp  704    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SA  23S ribosomal RNA  85.84 
 
 		 2904 bp  759    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.10158  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SB  23S ribosomal RNA  85.84 
 
 		 2904 bp  759    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352152  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0020  23S ribosomal RNA  86.82 
 
 		 2747 bp  1392    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.730998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_r2  23S ribosomal RNA  94.96 
 
 		 2818 bp  2450    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00999234  normal  0.528087 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0012  23S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 2898 bp  696    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31433 
 
 
-
 
NC_004310  BR_r02  23S ribosomal RNA  86.22 
 
 		 2908 bp  1326    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r05  23S ribosomal RNA  86.22 
 
 		 2908 bp  1326    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.346302  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr02  23S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 2809 bp  1308    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.722824  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r02  23S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 2903 bp  712    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r05  23S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 2903 bp  712    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r08  23S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 2903 bp  712    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r11  23S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 2903 bp  712    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r14  23S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 2903 bp  712    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.701415  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA16  23S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 2903 bp  712    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.048152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA49  23S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 2903 bp  712    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832187  normal  0.473588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA7  23S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 2903 bp  712    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.685402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA71  23S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 2903 bp  712    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0658993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA80  23S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 2903 bp  712    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0495778  normal  0.0181156 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0019  23S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 2820 bp  644    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.931319  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0050  23S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 2820 bp  644    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0060  23S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 2820 bp  644    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.996715  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0073  23S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 2820 bp  644    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0081  23S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 2820 bp  644    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0084  23S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 2820 bp  644    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0016  23S ribosomal RNA  89.7 
 
 		 2829 bp  690    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.144056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0013  23S ribosomal RNA  85.2 
 
 		 2913 bp  672    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0027  23S ribosomal RNA  85.2 
 
 		 2913 bp  672    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R15  23S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 2892 bp  712    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R4  23S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 2892 bp  712    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.657154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R44  23S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 2892 bp  712    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.100661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R57  23S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 2892 bp  712    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.344499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R78  23S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 2892 bp  712    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0420771  normal  0.0126919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R91  23S ribosomal RNA  85.44 
 
 		 2892 bp  712    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000653016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4295  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2883 bp  5715    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4350  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2883 bp  5715    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.196782  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4355  23S ribosomal RNA  99.97 
 
 		 2882 bp  5699    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0005  23S ribosomal RNA  94.96 
 
 		 2843 bp  2450    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0037  23S ribosomal RNA  84.86 
 
 		 2774 bp  720    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_R0078  23S ribosomal RNA  83.79 
 
 		 2881 bp  642    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.215501  normal  0.0353755 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0041  23S ribosomal RNA  84.86 
 
 		 2774 bp  720    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0019  23S ribosomal RNA  84.67 
 
 		 2900 bp  646    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00407691  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0056  23S ribosomal RNA  84.67 
 
 		 2900 bp  646    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.239322  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0007  23S ribosomal RNA  87.25 
 
 		 2758 bp  1203    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0021  23S ribosomal RNA  87.25 
 
 		 2758 bp  1203    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0043  23S ribosomal RNA  87.25 
 
 		 2758 bp  1203    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0061  23S ribosomal RNA  87.25 
 
 		 2758 bp  1203    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0052  23S ribosomal RNA  84.85 
 
 		 2830 bp  1082    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.121613 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0050  23S ribosomal RNA  85.09 
 
 		 2783 bp  1057    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0056  23S ribosomal RNA  85.09 
 
 		 2783 bp  1057    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0062  23S ribosomal RNA  85.09 
 
 		 2783 bp  1057    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0048  23S ribosomal RNA  90.14 
 
 		 3384 bp  1848    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770601 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0021  23S ribosomal RNA  86.06 
 
 		 2847 bp  1033    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.727365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0062  23S ribosomal RNA  84.85 
 
 		 2847 bp  1082    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.451716  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0005  23S ribosomal RNA  83.85 
 
 		 2884 bp  644    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.133084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0054  23S ribosomal RNA  83.85 
 
 		 2884 bp  644    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.879203  normal  0.943233 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0028  23S ribosomal RNA  84 
 
 		 2882 bp  658    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00010656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0071  23S ribosomal RNA  84 
 
 		 2882 bp  658    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.211942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0081  23S ribosomal RNA  84 
 
 		 2882 bp  658    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000431618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0004  23S ribosomal RNA  84 
 
 		 2882 bp  658    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0248312  normal  0.602742 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0010  23S ribosomal RNA  84 
 
 		 2882 bp  658    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0412285  normal  0.41273 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0015  23S ribosomal RNA  84 
 
 		 2882 bp  658    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000144049  normal  0.0465606 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0009  23S ribosomal RNA  85.34 
 
 		 2832 bp  1138    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0412667 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0067  23S ribosomal RNA  85.34 
 
 		 2832 bp  1138    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0010  23S ribosomal RNA  83.79 
 
 		 2882 bp  642    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0290682  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0002  23S ribosomal RNA  83.79 
 
 		 2882 bp  642    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.522132  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70880  23S ribosomal RNA  85.13 
 
 		 2891 bp  670    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.560692 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62060  23S ribosomal RNA  85.24 
 
 		 2891 bp  678    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0546487 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08600  23S ribosomal RNA  85.13 
 
 		 2891 bp  670    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000197684 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0016  23S ribosomal RNA  89.02 
 
 		 2863 bp  658    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0051  23S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 2818 bp  644    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0061  23S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 2818 bp  644    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0010  23S ribosomal RNA  85 
 
 		 2878 bp  666    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0250239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0078  23S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 2818 bp  644    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.255899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0083  23S ribosomal RNA  92.02 
 
 		 2844 bp  2056    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0056  23S ribosomal RNA  92.02 
 
 		 2844 bp  2056    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0066  23S ribosomal RNA  92.02 
 
 		 2844 bp  2056    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.47421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0074  23S ribosomal RNA  92.02 
 
 		 2844 bp  2056    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.164783  normal  0.170444 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0005  23S ribosomal RNA  92.02 
 
 		 2844 bp  2056    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0571128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0045  23S ribosomal RNA  84.36 
 
 		 2784 bp  991    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.724852  normal  0.204125 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0003  23S ribosomal RNA  83.79 
 
 		 2881 bp  642    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0037  23S ribosomal RNA  83.79 
 
 		 2881 bp  642    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0169917  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0052  23S ribosomal RNA  83.79 
 
 		 2882 bp  642    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0063  23S ribosomal RNA  83.79 
 
 		 2881 bp  642    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0822866  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0004  23S ribosomal RNA  84.86 
 
 		 2774 bp  720    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.174681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0019  23S ribosomal RNA  83.79 
 
 		 2882 bp  642    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0801725  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0041  23S ribosomal RNA  86.61 
 
 		 2875 bp  1372    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0051  23S ribosomal RNA  86.61 
 
 		 2875 bp  1372    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0009  23S ribosomal RNA  84.67 
 
 		 2900 bp  646    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.517564  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_R0087  23S ribosomal RNA  83.79 
 
 		 2882 bp  642    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00689972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0040  23S ribosomal RNA  94.96 
 
 		 2843 bp  2450    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.702557  normal  0.26513 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0261  23S ribosomal RNA  85.07 
 
 		 2820 bp  1144    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1083  23S ribosomal RNA  85.07 
 
 		 2820 bp  1144    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.494767  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0040  23S ribosomal RNA  86.82 
 
 		 2747 bp  1392    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>