More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_R0009 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_23SA  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2902 bp  672    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145616  hitchhiker  0.000134511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2902 bp  672    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SC  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2902 bp  672    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.15738  normal  0.0640928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2902 bp  672    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2902 bp  672    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2902 bp  672    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2902 bp  672    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SA  23S ribosomal RNA  83.55 
 
 		 2904 bp  658    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.10158  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SB  23S ribosomal RNA  83.55 
 
 		 2904 bp  658    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352152  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS00482  23S ribosomal RNA  83.7 
 
 		 2818 bp  666    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0128279  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05581  23S ribosomal RNA  83.7 
 
 		 2879 bp  666    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0577053  normal  0.256398 
 
 
-
 
NC_003295  RS05738  23S ribosomal RNA  83.6 
 
 		 2818 bp  658    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00792768  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05423  ribosomal RNA-23S  83.7 
 
 		 2880 bp  666    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.191828 
 
 
-
 
NC_004310  BR_r02  23S ribosomal RNA  87.48 
 
 		 2908 bp  2343    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r05  23S ribosomal RNA  87.48 
 
 		 2908 bp  2343    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.346302  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr02  23S ribosomal RNA  87.39 
 
 		 2809 bp  2236    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.722824  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r02  23S ribosomal RNA  83.55 
 
 		 2903 bp  650    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r05  23S ribosomal RNA  83.55 
 
 		 2903 bp  650    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r08  23S ribosomal RNA  83.55 
 
 		 2903 bp  650    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r11  23S ribosomal RNA  83.55 
 
 		 2903 bp  650    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r14  23S ribosomal RNA  83.55 
 
 		 2903 bp  650    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.701415  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA16  23S ribosomal RNA  83.55 
 
 		 2903 bp  650    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.048152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA49  23S ribosomal RNA  83.55 
 
 		 2903 bp  650    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832187  normal  0.473588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA7  23S ribosomal RNA  83.55 
 
 		 2903 bp  650    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.685402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA71  23S ribosomal RNA  83.45 
 
 		 2903 bp  642    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0658993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA80  23S ribosomal RNA  83.55 
 
 		 2903 bp  650    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0495778  normal  0.0181156 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0019  23S ribosomal RNA  83.5 
 
 		 2820 bp  650    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.931319  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0050  23S ribosomal RNA  83.5 
 
 		 2820 bp  650    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0060  23S ribosomal RNA  83.5 
 
 		 2820 bp  650    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.996715  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0073  23S ribosomal RNA  83.5 
 
 		 2820 bp  650    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0081  23S ribosomal RNA  83.5 
 
 		 2820 bp  650    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0084  23S ribosomal RNA  83.5 
 
 		 2820 bp  650    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0016  23S ribosomal RNA  95.37 
 
 		 2829 bp  4548    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.144056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0013  23S ribosomal RNA  84.66 
 
 		 2913 bp  650    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0027  23S ribosomal RNA  84.66 
 
 		 2913 bp  650    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R15  23S ribosomal RNA  83.23 
 
 		 2892 bp  640    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R4  23S ribosomal RNA  83.23 
 
 		 2892 bp  640    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.657154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R44  23S ribosomal RNA  83.23 
 
 		 2892 bp  640    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.100661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R57  23S ribosomal RNA  83.23 
 
 		 2892 bp  640    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.344499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R78  23S ribosomal RNA  83.23 
 
 		 2892 bp  640    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0420771  normal  0.0126919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R91  23S ribosomal RNA  83.23 
 
 		 2892 bp  640    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000653016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4295  23S ribosomal RNA  85.34 
 
 		 2883 bp  1138    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4350  23S ribosomal RNA  85.34 
 
 		 2883 bp  1138    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.196782  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4355  23S ribosomal RNA  85.27 
 
 		 2882 bp  1122    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0122  23S ribosomal RNA  83.45 
 
 		 2893 bp  658    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.969635 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0020  23S ribosomal RNA  85.74 
 
 		 2747 bp  2123    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.730998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0018  23S ribosomal RNA  83.28 
 
 		 2882 bp  640    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000431257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0012  23S ribosomal RNA  84.57 
 
 		 2898 bp  749    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31433 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0007  23S ribosomal RNA  84.57 
 
 		 2898 bp  749    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0074  23S ribosomal RNA  83.45 
 
 		 2893 bp  658    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.186245 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0007  23S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 2758 bp  1191    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0021  23S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 2758 bp  1191    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0043  23S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 2758 bp  1191    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0061  23S ribosomal RNA  87.04 
 
 		 2758 bp  1191    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0052  23S ribosomal RNA  97.24 
 
 		 2830 bp  4990    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.121613 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0050  23S ribosomal RNA  84.58 
 
 		 2783 bp  1838    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0056  23S ribosomal RNA  84.58 
 
 		 2783 bp  1838    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0062  23S ribosomal RNA  84.58 
 
 		 2783 bp  1838    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0048  23S ribosomal RNA  85.79 
 
 		 3384 bp  1209    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770601 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0014  23S ribosomal RNA  84.16 
 
 		 2872 bp  682    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0368239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0042  23S ribosomal RNA  84.16 
 
 		 2872 bp  682    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121457 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0021  23S ribosomal RNA  96.98 
 
 		 2847 bp  4595    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.727365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0062  23S ribosomal RNA  97.02 
 
 		 2847 bp  4603    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.451716  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0005  23S ribosomal RNA  83.28 
 
 		 2884 bp  640    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.133084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0054  23S ribosomal RNA  83.28 
 
 		 2884 bp  640    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.879203  normal  0.943233 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0027  23S ribosomal RNA  83.45 
 
 		 2893 bp  658    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.206108 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0023  23S ribosomal RNA  83.45 
 
 		 2893 bp  658    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00167736  normal  0.0882974 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0017  23S ribosomal RNA  83.45 
 
 		 2893 bp  658    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.553114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0010  23S ribosomal RNA  83.45 
 
 		 2893 bp  658    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0173103 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0010  23S ribosomal RNA  83.95 
 
 		 2878 bp  686    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0250239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0009  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2832 bp  5614    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0412667 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0067  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2832 bp  5614    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0016  23S ribosomal RNA  95.67 
 
 		 2863 bp  4343    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0051  23S ribosomal RNA  83.5 
 
 		 2818 bp  650    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0061  23S ribosomal RNA  83.5 
 
 		 2818 bp  650    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0073  23S ribosomal RNA  83.4 
 
 		 2818 bp  642    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0078  23S ribosomal RNA  83.5 
 
 		 2818 bp  650    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.255899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0083  23S ribosomal RNA  86.12 
 
 		 2844 bp  1273    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0056  23S ribosomal RNA  86.12 
 
 		 2844 bp  1273    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0066  23S ribosomal RNA  86.12 
 
 		 2844 bp  1273    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.47421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0074  23S ribosomal RNA  86.12 
 
 		 2844 bp  1273    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.164783  normal  0.170444 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0005  23S ribosomal RNA  86.12 
 
 		 2844 bp  1273    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0571128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0045  23S ribosomal RNA  84.67 
 
 		 2784 bp  1737    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.724852  normal  0.204125 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0003  23S ribosomal RNA  83.28 
 
 		 2881 bp  640    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0037  23S ribosomal RNA  83.28 
 
 		 2881 bp  640    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0169917  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0052  23S ribosomal RNA  83.28 
 
 		 2882 bp  640    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0063  23S ribosomal RNA  83.28 
 
 		 2881 bp  640    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0822866  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0143  23S ribosomal RNA  83.45 
 
 		 2894 bp  658    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0140  23S ribosomal RNA  83.45 
 
 		 2893 bp  658    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0041  23S ribosomal RNA  87.84 
 
 		 2875 bp  2587    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0051  23S ribosomal RNA  87.84 
 
 		 2875 bp  2587    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0002  23S ribosomal RNA  83.45 
 
 		 2893 bp  658    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.492003  hitchhiker  0.00473622 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0010  23S ribosomal RNA  83.55 
 
 		 2893 bp  666    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00150973  normal  0.511936 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0017  23S ribosomal RNA  83.45 
 
 		 2893 bp  658    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000288824 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0074  23S ribosomal RNA  83.45 
 
 		 2893 bp  658    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0122  23S ribosomal RNA  83.45 
 
 		 2893 bp  658    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.750631 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0131  23S ribosomal RNA  83.45 
 
 		 2893 bp  658    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.595604 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0135  23S ribosomal RNA  83.55 
 
 		 2893 bp  666    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  hitchhiker  0.00197416 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0139  23S ribosomal RNA  83.45 
 
 		 2893 bp  658    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.746885 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0142  23S ribosomal RNA  83.55 
 
 		 2893 bp  666    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.080759 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>