More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_4355 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_23SA  23S ribosomal RNA  85.21 
 
 		 2902 bp  688    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145616  hitchhiker  0.000134511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  85.21 
 
 		 2902 bp  688    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SC  23S ribosomal RNA  85.21 
 
 		 2902 bp  688    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.15738  normal  0.0640928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  85.21 
 
 		 2902 bp  688    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  85.21 
 
 		 2902 bp  688    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  85.21 
 
 		 2902 bp  688    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  85.21 
 
 		 2902 bp  688    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SA  23S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 2904 bp  743    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.10158  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SB  23S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 2904 bp  743    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352152  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0020  23S ribosomal RNA  86.76 
 
 		 2747 bp  1376    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.730998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_r2  23S ribosomal RNA  94.9 
 
 		 2818 bp  2434    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00999234  normal  0.528087 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0012  23S ribosomal RNA  85.33 
 
 		 2898 bp  680    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31433 
 
 
-
 
NC_004310  BR_r02  23S ribosomal RNA  86.16 
 
 		 2908 bp  1310    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r05  23S ribosomal RNA  86.16 
 
 		 2908 bp  1310    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.346302  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr02  23S ribosomal RNA  86.89 
 
 		 2809 bp  1292    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.722824  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r02  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2903 bp  696    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r05  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2903 bp  696    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r08  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2903 bp  696    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r11  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2903 bp  696    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r14  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2903 bp  696    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.701415  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA16  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2903 bp  696    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.048152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA49  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2903 bp  696    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832187  normal  0.473588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA7  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2903 bp  696    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.685402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA71  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2903 bp  696    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0658993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA80  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2903 bp  696    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0495778  normal  0.0181156 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA23S1  23S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 2859 bp  922    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0804967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0045  23S ribosomal RNA  84.65 
 
 		 2736 bp  1116    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.351747  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1018  23S ribosomal RNA  86.22 
 
 		 2931 bp  1318    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0043  23S ribosomal RNA  83.94 
 
 		 2620 bp  924    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.980916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1790  23S ribosomal RNA  86.22 
 
 		 2931 bp  1318    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0829238  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0028  23S ribosomal RNA  83.94 
 
 		 2620 bp  924    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.781404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0016  23S ribosomal RNA  89.53 
 
 		 2829 bp  674    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.144056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0013  23S ribosomal RNA  85.08 
 
 		 2913 bp  656    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0027  23S ribosomal RNA  85.08 
 
 		 2913 bp  656    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R15  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2892 bp  696    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R4  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2892 bp  696    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.657154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R44  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2892 bp  696    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.100661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R57  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2892 bp  696    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.344499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R78  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2892 bp  696    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0420771  normal  0.0126919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R91  23S ribosomal RNA  85.32 
 
 		 2892 bp  696    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000653016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4295  23S ribosomal RNA  99.97 
 
 		 2883 bp  5699    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4350  23S ribosomal RNA  99.97 
 
 		 2883 bp  5699    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.196782  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4355  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2882 bp  5713    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0005  23S ribosomal RNA  94.9 
 
 		 2843 bp  2434    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0037  23S ribosomal RNA  84.76 
 
 		 2774 bp  704    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0037  23S ribosomal RNA  85.34 
 
 		 2903 bp  682    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.235964 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0041  23S ribosomal RNA  84.76 
 
 		 2774 bp  704    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0012  23S ribosomal RNA  85.21 
 
 		 2903 bp  688    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0971476  normal  0.0146095 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0002  23S ribosomal RNA  85.21 
 
 		 2903 bp  688    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411736  normal  0.431091 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0007  23S ribosomal RNA  87.17 
 
 		 2758 bp  1187    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0021  23S ribosomal RNA  87.17 
 
 		 2758 bp  1187    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0043  23S ribosomal RNA  87.17 
 
 		 2758 bp  1187    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0061  23S ribosomal RNA  87.17 
 
 		 2758 bp  1187    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0052  23S ribosomal RNA  84.79 
 
 		 2830 bp  1067    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.121613 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0050  23S ribosomal RNA  85.01 
 
 		 2783 bp  1041    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0056  23S ribosomal RNA  85.01 
 
 		 2783 bp  1041    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0062  23S ribosomal RNA  85.01 
 
 		 2783 bp  1041    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0048  23S ribosomal RNA  90.08 
 
 		 3384 bp  1832    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770601 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0021  23S ribosomal RNA  85.98 
 
 		 2847 bp  1017    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.727365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0062  23S ribosomal RNA  84.79 
 
 		 2847 bp  1067    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.451716  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1582  23S ribosomal RNA  86.22 
 
 		 2931 bp  1318    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA23S2  23S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 2859 bp  922    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143049  normal  0.544061 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0028  23S ribosomal RNA  83.9 
 
 		 2882 bp  642    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00010656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0071  23S ribosomal RNA  83.9 
 
 		 2882 bp  642    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.211942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0081  23S ribosomal RNA  83.9 
 
 		 2882 bp  642    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000431618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0004  23S ribosomal RNA  83.9 
 
 		 2882 bp  642    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0248312  normal  0.602742 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0010  23S ribosomal RNA  83.9 
 
 		 2882 bp  642    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0412285  normal  0.41273 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0015  23S ribosomal RNA  83.9 
 
 		 2882 bp  642    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000144049  normal  0.0465606 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0009  23S ribosomal RNA  85.27 
 
 		 2832 bp  1122    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0412667 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0067  23S ribosomal RNA  85.27 
 
 		 2832 bp  1122    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0033  23S ribosomal RNA  84.65 
 
 		 2736 bp  1116    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0071  23S ribosomal RNA  85.34 
 
 		 2905 bp  682    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70880  23S ribosomal RNA  85.02 
 
 		 2891 bp  654    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.560692 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62060  23S ribosomal RNA  85.13 
 
 		 2891 bp  662    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0546487 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08600  23S ribosomal RNA  85.02 
 
 		 2891 bp  654    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000197684 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0016  23S ribosomal RNA  88.85 
 
 		 2863 bp  642    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0066  23S ribosomal RNA  99.89 
 
 		 2918 bp  5335    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.349554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0060  23S ribosomal RNA  99.89 
 
 		 2918 bp  5335    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0005  23S ribosomal RNA  99.89 
 
 		 2918 bp  5335    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0051  23S ribosomal RNA  96.47 
 
 		 2921 bp  4651    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.424531 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0083  23S ribosomal RNA  91.96 
 
 		 2844 bp  2040    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0056  23S ribosomal RNA  91.96 
 
 		 2844 bp  2040    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0066  23S ribosomal RNA  91.96 
 
 		 2844 bp  2040    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.47421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0074  23S ribosomal RNA  91.96 
 
 		 2844 bp  2040    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.164783  normal  0.170444 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0005  23S ribosomal RNA  91.96 
 
 		 2844 bp  2040    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0571128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0045  23S ribosomal RNA  84.29 
 
 		 2784 bp  975    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.724852  normal  0.204125 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0039  23S ribosomal RNA  96.47 
 
 		 2921 bp  4651    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.409149 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0058  23S ribosomal RNA  96.47 
 
 		 2921 bp  4651    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0011  23S ribosomal RNA  85.34 
 
 		 2903 bp  682    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0138586 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0066  23S ribosomal RNA  96.47 
 
 		 2921 bp  4651    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.324524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0004  23S ribosomal RNA  84.76 
 
 		 2774 bp  704    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.174681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0079  23S ribosomal RNA  85.34 
 
 		 2905 bp  682    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.175282  normal  0.43862 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0041  23S ribosomal RNA  86.54 
 
 		 2875 bp  1356    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0051  23S ribosomal RNA  86.54 
 
 		 2875 bp  1356    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0010  23S ribosomal RNA  84.89 
 
 		 2878 bp  650    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0250239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0053  23S ribosomal RNA  99.89 
 
 		 2918 bp  5335    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0040  23S ribosomal RNA  94.9 
 
 		 2843 bp  2434    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.702557  normal  0.26513 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0261  23S ribosomal RNA  85 
 
 		 2820 bp  1128    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1083  23S ribosomal RNA  85 
 
 		 2820 bp  1128    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.494767  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0040  23S ribosomal RNA  86.76 
 
 		 2747 bp  1376    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>