299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_R0062 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009505  BOV_1790  23S ribosomal RNA  87.58 
 
 		 2931 bp  2355    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0829238  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0058  23S ribosomal RNA  85.35 
 
 		 2921 bp  1124    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0024  23S ribosomal RNA  88.45 
 
 		 2740 bp  2700    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.335638 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0069  23S ribosomal RNA  87.46 
 
 		 2605 bp  2321    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r02  23S ribosomal RNA  87.54 
 
 		 2908 bp  2347    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r05  23S ribosomal RNA  87.54 
 
 		 2908 bp  2347    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.346302  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr02  23S ribosomal RNA  87.4 
 
 		 2809 bp  2232    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.722824  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r02  23S ribosomal RNA  83.53 
 
 		 2903 bp  654    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r05  23S ribosomal RNA  83.53 
 
 		 2903 bp  654    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r08  23S ribosomal RNA  83.53 
 
 		 2903 bp  654    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r11  23S ribosomal RNA  83.53 
 
 		 2903 bp  654    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r14  23S ribosomal RNA  83.53 
 
 		 2903 bp  654    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.701415  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA16  23S ribosomal RNA  83.53 
 
 		 2903 bp  654    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.048152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA49  23S ribosomal RNA  83.53 
 
 		 2903 bp  654    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832187  normal  0.473588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA7  23S ribosomal RNA  83.53 
 
 		 2903 bp  654    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.685402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA71  23S ribosomal RNA  83.43 
 
 		 2903 bp  646    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0658993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA80  23S ribosomal RNA  83.53 
 
 		 2903 bp  654    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0495778  normal  0.0181156 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0033  23S ribosomal RNA  84.58 
 
 		 2736 bp  1703    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0045  23S ribosomal RNA  83.45 
 
 		 2984 bp  654    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0045  23S ribosomal RNA  84.58 
 
 		 2736 bp  1703    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.351747  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1018  23S ribosomal RNA  87.58 
 
 		 2931 bp  2355    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA23S2  23S ribosomal RNA  95.73 
 
 		 2859 bp  4329    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143049  normal  0.544061 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA23S1  23S ribosomal RNA  95.73 
 
 		 2859 bp  4327    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0804967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0016  23S ribosomal RNA  95.09 
 
 		 2829 bp  4189    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.144056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0013  23S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 2913 bp  642    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0027  23S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 2913 bp  642    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4295  23S ribosomal RNA  84.85 
 
 		 2883 bp  1082    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4350  23S ribosomal RNA  84.85 
 
 		 2883 bp  1082    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.196782  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4355  23S ribosomal RNA  84.79 
 
 		 2882 bp  1067    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0057  23S ribosomal RNA  87.46 
 
 		 2605 bp  2321    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0021  23S ribosomal RNA  87.46 
 
 		 2605 bp  2321    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0013  23S ribosomal RNA  87.46 
 
 		 2605 bp  2321    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0028  23S ribosomal RNA  84.98 
 
 		 2620 bp  1683    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.781404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0007  23S ribosomal RNA  87.35 
 
 		 2758 bp  1223    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0021  23S ribosomal RNA  87.35 
 
 		 2758 bp  1223    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0043  23S ribosomal RNA  87.35 
 
 		 2758 bp  1223    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0061  23S ribosomal RNA  87.35 
 
 		 2758 bp  1223    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0053  23S ribosomal RNA  84.85 
 
 		 2918 bp  1082    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0005  23S ribosomal RNA  84.85 
 
 		 2918 bp  1082    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0052  23S ribosomal RNA  96.24 
 
 		 2830 bp  4815    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.121613 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0050  23S ribosomal RNA  85.09 
 
 		 2783 bp  1794    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0056  23S ribosomal RNA  85.09 
 
 		 2783 bp  1794    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0062  23S ribosomal RNA  85.09 
 
 		 2783 bp  1794    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0051  23S ribosomal RNA  85.35 
 
 		 2921 bp  1124    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.424531 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0048  23S ribosomal RNA  86.84 
 
 		 3384 bp  1096    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770601 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0014  23S ribosomal RNA  84.37 
 
 		 2872 bp  698    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0368239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0042  23S ribosomal RNA  84.37 
 
 		 2872 bp  698    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121457 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0021  23S ribosomal RNA  99.96 
 
 		 2847 bp  5636    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.727365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0062  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2847 bp  5644    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.451716  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0066  23S ribosomal RNA  84.85 
 
 		 2918 bp  1082    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.349554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0060  23S ribosomal RNA  84.85 
 
 		 2918 bp  1082    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0021  23S ribosomal RNA  89.32 
 
 		 2830 bp  2922    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6016  23SrRNA  89.3 
 
 		 2917 bp  724    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6009  23SrRNA  89.3 
 
 		 2916 bp  724    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.597843 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0009  23S ribosomal RNA  89.28 
 
 		 2830 bp  2914    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.836008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0018  23S ribosomal RNA  89.5 
 
 		 2825 bp  2708    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0010  23S ribosomal RNA  83.93 
 
 		 2878 bp  700    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0250239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0121  23S ribosomal RNA  83.25 
 
 		 2905 bp  642    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0010  23S ribosomal RNA  89.5 
 
 		 2825 bp  2708    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.654352 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0009  23S ribosomal RNA  97.02 
 
 		 2832 bp  4603    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0412667 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0067  23S ribosomal RNA  97.02 
 
 		 2832 bp  4603    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0016  23S ribosomal RNA  94.99 
 
 		 2863 bp  4175    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1582  23S ribosomal RNA  87.58 
 
 		 2931 bp  2355    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0018  23S ribosomal RNA  83.45 
 
 		 2984 bp  654    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.390452  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0039  23S ribosomal RNA  85.35 
 
 		 2921 bp  1124    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.409149 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0066  23S ribosomal RNA  85.35 
 
 		 2921 bp  1124    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.324524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0083  23S ribosomal RNA  88.2 
 
 		 2844 bp  666    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0056  23S ribosomal RNA  88.2 
 
 		 2844 bp  666    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0066  23S ribosomal RNA  88.2 
 
 		 2844 bp  666    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.47421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0074  23S ribosomal RNA  88.2 
 
 		 2844 bp  666    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.164783  normal  0.170444 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0005  23S ribosomal RNA  88.2 
 
 		 2844 bp  666    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0571128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0045  23S ribosomal RNA  84.25 
 
 		 2784 bp  1647    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.724852  normal  0.204125 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0041  23S ribosomal RNA  87.37 
 
 		 2875 bp  2492    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0051  23S ribosomal RNA  87.37 
 
 		 2875 bp  2492    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0007  23S ribosomal RNA  85.03 
 
 		 2898 bp  666    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0012  23S ribosomal RNA  85.03 
 
 		 2898 bp  666    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31433 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0002  23S ribosomal RNA  83.15 
 
 		 2916 bp  644    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0007  23S ribosomal RNA  83.15 
 
 		 2916 bp  644    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0014  23S ribosomal RNA  83.15 
 
 		 2916 bp  644    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0028  23S ribosomal RNA  83.15 
 
 		 2915 bp  644    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.116759  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0031  23S ribosomal RNA  83.15 
 
 		 2916 bp  644    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.153165  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0064  23S ribosomal RNA  83.15 
 
 		 2916 bp  644    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0120  23S ribosomal RNA  83.15 
 
 		 2916 bp  644    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0125  23S ribosomal RNA  83.15 
 
 		 2916 bp  644    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.362586  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0132  23S ribosomal RNA  83.15 
 
 		 2916 bp  644    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0020  23S ribosomal RNA  85.48 
 
 		 2747 bp  2032    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.730998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0040  23S ribosomal RNA  85.48 
 
 		 2747 bp  2032    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0016  23S ribosomal RNA  84.63 
 
 		 2811 bp  739    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629398  normal  0.58938 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0048  23S ribosomal RNA  84.63 
 
 		 2811 bp  739    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0004  23S ribosomal RNA  85.86 
 
 		 2774 bp  842    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.174681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0037  23S ribosomal RNA  85.86 
 
 		 2774 bp  842    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0041  23S ribosomal RNA  85.86 
 
 		 2774 bp  842    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0043  23S ribosomal RNA  84.98 
 
 		 2620 bp  1683    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.980916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0047  23S ribosomal RNA  86.87 
 
 		 2640 bp  2236    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0038  23S ribosomal RNA  86.87 
 
 		 2640 bp  2236    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.100102 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0057  23S ribosomal RNA  86.87 
 
 		 2640 bp  2236    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0005  23S ribosomal RNA  89 
 
 		 2843 bp  767    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0040  23S ribosomal RNA  89 
 
 		 2843 bp  767    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.702557  normal  0.26513 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_r2  23S ribosomal RNA  88.99 
 
 		 2818 bp  765    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00999234  normal  0.528087 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0261  23S ribosomal RNA  88.74 
 
 		 2820 bp  1382    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>