More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_R0043 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  Gs23SA  23S ribosomal RNA  97.05 
 
 		 2958 bp  4964    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.287  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs23SB  23S ribosomal RNA  97.05 
 
 		 2958 bp  4964    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SA  23S ribosomal RNA  86.47 
 
 		 2902 bp  884    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145616  hitchhiker  0.000134511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  86.47 
 
 		 2902 bp  884    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SC  23S ribosomal RNA  86.47 
 
 		 2902 bp  884    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.15738  normal  0.0640928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  86.47 
 
 		 2902 bp  884    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  86.47 
 
 		 2902 bp  884    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  86.47 
 
 		 2902 bp  884    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  86.47 
 
 		 2902 bp  884    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SA  23S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 2904 bp  896    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.10158  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SB  23S ribosomal RNA  84.51 
 
 		 2904 bp  896    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352152  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r02  23S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 2908 bp  793    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r05  23S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 2908 bp  793    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.346302  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr02  23S ribosomal RNA  85.11 
 
 		 2809 bp  793    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.722824  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r02  23S ribosomal RNA  86.76 
 
 		 2903 bp  922    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r05  23S ribosomal RNA  86.76 
 
 		 2903 bp  922    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r08  23S ribosomal RNA  86.76 
 
 		 2903 bp  922    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r11  23S ribosomal RNA  86.76 
 
 		 2903 bp  922    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r14  23S ribosomal RNA  86.66 
 
 		 2903 bp  914    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.701415  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflr02  23S ribosomal RNA  85.21 
 
 		 2736 bp  749    Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflr05  23S ribosomal RNA  85.21 
 
 		 2736 bp  749    Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA16  23S ribosomal RNA  86.76 
 
 		 2903 bp  922    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.048152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA49  23S ribosomal RNA  86.76 
 
 		 2903 bp  922    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832187  normal  0.473588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA7  23S ribosomal RNA  86.76 
 
 		 2903 bp  922    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.685402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA71  23S ribosomal RNA  86.86 
 
 		 2903 bp  930    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0658993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA80  23S ribosomal RNA  86.76 
 
 		 2903 bp  922    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0495778  normal  0.0181156 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0005  23S ribosomal RNA  83.91 
 
 		 2883 bp  761    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00123677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0021  23S ribosomal RNA  83.91 
 
 		 2883 bp  761    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000170466  normal  0.809374 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0030  23S ribosomal RNA  83.91 
 
 		 2883 bp  761    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00125735  unclonable  0.000000161154 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0042  23S ribosomal RNA  83.91 
 
 		 2883 bp  761    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00870096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0013  23S ribosomal RNA  84.74 
 
 		 2913 bp  813    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0027  23S ribosomal RNA  84.74 
 
 		 2913 bp  813    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R15  23S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 2892 bp  868    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R4  23S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 2892 bp  868    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.657154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R44  23S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 2892 bp  868    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.100661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R57  23S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 2892 bp  868    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.344499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R78  23S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 2892 bp  868    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0420771  normal  0.0126919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R91  23S ribosomal RNA  86.27 
 
 		 2892 bp  868    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000653016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0049  23S ribosomal RNA  90.33 
 
 		 2956 bp  3400    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0054  23S ribosomal RNA  90.33 
 
 		 2956 bp  3400    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.175608  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0014  23S ribosomal RNA  99.89 
 
 		 2983 bp  5497    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.58284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0043  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2983 bp  5913    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.101725  hitchhiker  0.000000749297 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0004  23S ribosomal RNA  87.44 
 
 		 2817 bp  1126    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0023  23S ribosomal RNA  87.44 
 
 		 2816 bp  1126    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0053  23S ribosomal RNA  87.44 
 
 		 2814 bp  1126    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.652954  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0076  23S ribosomal RNA  87.5 
 
 		 2798 bp  1122    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0015  23S ribosomal RNA  83.29 
 
 		 2889 bp  751    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0379  23S ribosomal RNA  84.42 
 
 		 2894 bp  745    Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0832  23S ribosomal RNA  84.62 
 
 		 2894 bp  761    Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0007  23S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 2758 bp  819    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0021  23S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 2758 bp  819    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0043  23S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 2758 bp  819    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0061  23S ribosomal RNA  85.23 
 
 		 2758 bp  819    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0014  23S ribosomal RNA  87.85 
 
 		 2985 bp  1140    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0035  23S ribosomal RNA  87.85 
 
 		 2985 bp  1140    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0039  23S ribosomal RNA  85.48 
 
 		 3105 bp  835    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0522575  normal  0.211989 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0047  23S ribosomal RNA  85.48 
 
 		 3105 bp  835    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.137502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0050  23S ribosomal RNA  85.15 
 
 		 2783 bp  769    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0056  23S ribosomal RNA  85.15 
 
 		 2783 bp  769    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0062  23S ribosomal RNA  85.15 
 
 		 2783 bp  769    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0048  23S ribosomal RNA  84.36 
 
 		 3384 bp  749    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770601 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0014  23S ribosomal RNA  85.69 
 
 		 2872 bp  831    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0368239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0042  23S ribosomal RNA  85.69 
 
 		 2872 bp  831    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121457 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0121  23S ribosomal RNA  84.75 
 
 		 2905 bp  747    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0004  23S ribosomal RNA  86.22 
 
 		 2897 bp  874    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0014  23S ribosomal RNA  86.12 
 
 		 2897 bp  866    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20297  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0058  23S ribosomal RNA  86.22 
 
 		 2897 bp  874    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0076  23S ribosomal RNA  86.12 
 
 		 2898 bp  866    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.430532  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0084  23S ribosomal RNA  86.12 
 
 		 2897 bp  866    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0004  23S ribosomal RNA  85.37 
 
 		 2885 bp  797    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0961253  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0011  23S ribosomal RNA  85.37 
 
 		 2885 bp  797    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0019  23S ribosomal RNA  85.37 
 
 		 2885 bp  797    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0026  23S ribosomal RNA  85.37 
 
 		 2885 bp  797    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0080  23S ribosomal RNA  85.37 
 
 		 2885 bp  797    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.357348  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0041  23S ribosomal RNA  85.61 
 
 		 2875 bp  833    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0051  23S ribosomal RNA  85.61 
 
 		 2875 bp  833    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0122  23S ribosomal RNA  84.85 
 
 		 2893 bp  755    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.969635 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0020  23S ribosomal RNA  85.51 
 
 		 2747 bp  827    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.730998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0040  23S ribosomal RNA  85.51 
 
 		 2747 bp  827    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08600  23S ribosomal RNA  86.4 
 
 		 2891 bp  848    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000197684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55631  23S ribosomal RNA  85.5 
 
 		 2884 bp  753    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.363025 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62060  23S ribosomal RNA  86.5 
 
 		 2891 bp  856    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0546487 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70880  23S ribosomal RNA  86.4 
 
 		 2891 bp  848    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.560692 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0016  23S ribosomal RNA  84.82 
 
 		 2811 bp  1788    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629398  normal  0.58938 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0048  23S ribosomal RNA  84.9 
 
 		 2811 bp  1804    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0004  23S ribosomal RNA  86.71 
 
 		 2774 bp  880    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.174681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0037  23S ribosomal RNA  86.71 
 
 		 2774 bp  880    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0041  23S ribosomal RNA  86.71 
 
 		 2774 bp  880    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0035  23S ribosomal RNA  84.72 
 
 		 3116 bp  767    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.192227 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0024  23S ribosomal RNA  93.93 
 
 		 2556 bp  3614    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0314547  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0035  23S ribosomal RNA  93.93 
 
 		 2556 bp  3614    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.381491  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0051  23S ribosomal RNA  93.93 
 
 		 2556 bp  3614    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0486976  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0061  23S ribosomal RNA  93.93 
 
 		 2556 bp  3614    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0009  23S ribosomal RNA  85.66 
 
 		 2900 bp  803    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.517564  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0019  23S ribosomal RNA  85.56 
 
 		 2900 bp  795    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00407691  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0056  23S ribosomal RNA  85.56 
 
 		 2900 bp  795    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.239322  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0008  23S ribosomal RNA  86.88 
 
 		 2940 bp  961    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.608951  hitchhiker  0.00128582 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0024  23S ribosomal RNA  86.88 
 
 		 2940 bp  961    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0031  23S ribosomal RNA  86.88 
 
 		 2940 bp  961    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0075  23S ribosomal RNA  86.88 
 
 		 2940 bp  961    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.60998 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>