More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_R0023 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_R0006  23S ribosomal RNA  83.53 
 
 		 2902 bp  640    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0029  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2902 bp  648    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0205529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0075  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2902 bp  648    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.704928  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0088  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2902 bp  648    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0096  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2902 bp  648    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs23SA  23S ribosomal RNA  87.42 
 
 		 2958 bp  1134    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.287  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs23SB  23S ribosomal RNA  87.42 
 
 		 2958 bp  1134    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SA  23S ribosomal RNA  86.15 
 
 		 2902 bp  900    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145616  hitchhiker  0.000134511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  86.15 
 
 		 2902 bp  900    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SC  23S ribosomal RNA  86.15 
 
 		 2902 bp  900    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.15738  normal  0.0640928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  86.15 
 
 		 2902 bp  900    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  86.15 
 
 		 2902 bp  900    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  86.15 
 
 		 2902 bp  900    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  86.15 
 
 		 2902 bp  900    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SA  23S ribosomal RNA  84.61 
 
 		 2904 bp  777    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.10158  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SB  23S ribosomal RNA  84.61 
 
 		 2904 bp  777    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352152  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0037  23S ribosomal RNA  84.69 
 
 		 2894 bp  662    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0046  23S ribosomal RNA  84.69 
 
 		 2894 bp  662    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0052  23S ribosomal RNA  84.69 
 
 		 2894 bp  662    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0342  23S ribosomal RNA  84.69 
 
 		 2894 bp  662    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0348  23S ribosomal RNA  84.69 
 
 		 2894 bp  662    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0559  23S ribosomal RNA  84.69 
 
 		 2894 bp  662    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.683091  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0565  23S ribosomal RNA  84.69 
 
 		 2894 bp  662    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1611  23S ribosomal RNA  84.69 
 
 		 2894 bp  662    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3904  23S ribosomal RNA  84.69 
 
 		 2894 bp  662    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r02  23S ribosomal RNA  83.94 
 
 		 2908 bp  694    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r05  23S ribosomal RNA  83.94 
 
 		 2908 bp  694    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.346302  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr02  23S ribosomal RNA  83.94 
 
 		 2809 bp  694    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.722824  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r002  23S ribosomal RNA  83.97 
 
 		 2893 bp  654    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r005  23S ribosomal RNA  83.97 
 
 		 2893 bp  654    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r008  23S ribosomal RNA  83.97 
 
 		 2894 bp  654    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r011  23S ribosomal RNA  83.97 
 
 		 2893 bp  654    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r014  23S ribosomal RNA  83.97 
 
 		 2893 bp  654    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r017  23S ribosomal RNA  83.97 
 
 		 2893 bp  654    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r020  23S ribosomal RNA  83.97 
 
 		 2893 bp  654    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r023  23S ribosomal RNA  83.97 
 
 		 2893 bp  654    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r026  23S ribosomal RNA  83.97 
 
 		 2893 bp  654    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r02  23S ribosomal RNA  86.35 
 
 		 2903 bp  916    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r05  23S ribosomal RNA  86.35 
 
 		 2903 bp  916    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r08  23S ribosomal RNA  86.35 
 
 		 2903 bp  916    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r11  23S ribosomal RNA  86.35 
 
 		 2903 bp  916    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r14  23S ribosomal RNA  86.25 
 
 		 2903 bp  908    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.701415  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr02  23S ribosomal RNA  84.88 
 
 		 2783 bp  761    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr05  23S ribosomal RNA  84.88 
 
 		 2783 bp  761    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr08  23S ribosomal RNA  84.88 
 
 		 2861 bp  761    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr02  23S ribosomal RNA  84.88 
 
 		 2861 bp  761    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr05  23S ribosomal RNA  84.88 
 
 		 2861 bp  761    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr08  23S ribosomal RNA  84.88 
 
 		 2861 bp  761    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA16  23S ribosomal RNA  86.35 
 
 		 2903 bp  916    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.048152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA49  23S ribosomal RNA  86.35 
 
 		 2903 bp  916    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832187  normal  0.473588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA7  23S ribosomal RNA  86.35 
 
 		 2903 bp  916    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.685402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA71  23S ribosomal RNA  86.25 
 
 		 2903 bp  908    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0658993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA80  23S ribosomal RNA  86.35 
 
 		 2903 bp  916    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0495778  normal  0.0181156 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0013  23S ribosomal RNA  85.28 
 
 		 2913 bp  777    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0027  23S ribosomal RNA  85.28 
 
 		 2913 bp  777    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R15  23S ribosomal RNA  85.97 
 
 		 2892 bp  870    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R4  23S ribosomal RNA  85.97 
 
 		 2892 bp  870    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.657154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R44  23S ribosomal RNA  85.97 
 
 		 2892 bp  870    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.100661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R57  23S ribosomal RNA  85.97 
 
 		 2892 bp  870    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.344499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R78  23S ribosomal RNA  85.97 
 
 		 2892 bp  870    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0420771  normal  0.0126919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R91  23S ribosomal RNA  85.97 
 
 		 2892 bp  870    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000653016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0049  23S ribosomal RNA  88.88 
 
 		 2956 bp  1116    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0054  23S ribosomal RNA  88.88 
 
 		 2956 bp  1116    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.175608  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0014  23S ribosomal RNA  87.61 
 
 		 2983 bp  1142    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.58284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0043  23S ribosomal RNA  87.44 
 
 		 2983 bp  1126    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.101725  hitchhiker  0.000000749297 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0004  23S ribosomal RNA  99.93 
 
 		 2817 bp  5566    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0023  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2816 bp  5582    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0053  23S ribosomal RNA  99.93 
 
 		 2814 bp  5562    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.652954  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0076  23S ribosomal RNA  99.93 
 
 		 2798 bp  5531    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0014  23S ribosomal RNA  90.68 
 
 		 2985 bp  680    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0035  23S ribosomal RNA  90.68 
 
 		 2985 bp  680    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0048  23S ribosomal RNA  83.65 
 
 		 3384 bp  676    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770601 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0014  23S ribosomal RNA  84.49 
 
 		 2872 bp  749    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0368239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0042  23S ribosomal RNA  84.49 
 
 		 2872 bp  749    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121457 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0121  23S ribosomal RNA  83.66 
 
 		 2905 bp  648    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0004  23S ribosomal RNA  85.08 
 
 		 2897 bp  793    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0014  23S ribosomal RNA  84.99 
 
 		 2897 bp  785    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20297  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0058  23S ribosomal RNA  85.08 
 
 		 2897 bp  793    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0076  23S ribosomal RNA  84.99 
 
 		 2898 bp  785    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.430532  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0084  23S ribosomal RNA  84.99 
 
 		 2897 bp  785    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0004  23S ribosomal RNA  84.74 
 
 		 2885 bp  769    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0961253  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0011  23S ribosomal RNA  84.74 
 
 		 2885 bp  769    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0019  23S ribosomal RNA  84.74 
 
 		 2885 bp  769    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0026  23S ribosomal RNA  84.74 
 
 		 2885 bp  769    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0080  23S ribosomal RNA  84.74 
 
 		 2885 bp  769    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.357348  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0041  23S ribosomal RNA  84.37 
 
 		 2875 bp  718    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0051  23S ribosomal RNA  84.37 
 
 		 2875 bp  718    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0007  23S ribosomal RNA  85.2 
 
 		 2898 bp  783    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0012  23S ribosomal RNA  85.2 
 
 		 2898 bp  783    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31433 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0002  23S ribosomal RNA  84.45 
 
 		 2916 bp  660    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0007  23S ribosomal RNA  84.45 
 
 		 2916 bp  660    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0014  23S ribosomal RNA  84.45 
 
 		 2916 bp  660    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0028  23S ribosomal RNA  84.45 
 
 		 2915 bp  660    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.116759  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0031  23S ribosomal RNA  84.45 
 
 		 2916 bp  660    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.153165  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0064  23S ribosomal RNA  84.45 
 
 		 2916 bp  660    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0120  23S ribosomal RNA  84.45 
 
 		 2916 bp  660    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0125  23S ribosomal RNA  84.45 
 
 		 2916 bp  660    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.362586  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0132  23S ribosomal RNA  84.45 
 
 		 2916 bp  660    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08600  23S ribosomal RNA  85.97 
 
 		 2891 bp  870    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000197684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62060  23S ribosomal RNA  86.06 
 
 		 2891 bp  878    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0546487 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>