More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0024 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_r00015  23S ribosomal RNA  85.28 
 
 		 2904 bp  698    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.373454  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs23SA  23S ribosomal RNA  87.56 
 
 		 2958 bp  1017    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.287  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs23SB  23S ribosomal RNA  87.56 
 
 		 2958 bp  1017    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SA  23S ribosomal RNA  85.45 
 
 		 2902 bp  837    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145616  hitchhiker  0.000134511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  85.45 
 
 		 2902 bp  837    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SC  23S ribosomal RNA  85.45 
 
 		 2902 bp  837    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.15738  normal  0.0640928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  85.45 
 
 		 2902 bp  837    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  85.45 
 
 		 2902 bp  837    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  85.45 
 
 		 2902 bp  837    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  85.45 
 
 		 2902 bp  837    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_004310  BR_r02  23S ribosomal RNA  84.04 
 
 		 2908 bp  702    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r05  23S ribosomal RNA  84.04 
 
 		 2908 bp  702    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.346302  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr02  23S ribosomal RNA  84.04 
 
 		 2809 bp  702    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.722824  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r02  23S ribosomal RNA  85.74 
 
 		 2903 bp  860    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r05  23S ribosomal RNA  85.74 
 
 		 2903 bp  860    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r08  23S ribosomal RNA  85.74 
 
 		 2903 bp  860    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r11  23S ribosomal RNA  85.74 
 
 		 2903 bp  860    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r14  23S ribosomal RNA  85.64 
 
 		 2903 bp  852    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.701415  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA16  23S ribosomal RNA  85.74 
 
 		 2903 bp  860    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.048152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA49  23S ribosomal RNA  85.74 
 
 		 2903 bp  860    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832187  normal  0.473588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA7  23S ribosomal RNA  85.74 
 
 		 2903 bp  860    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.685402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA71  23S ribosomal RNA  85.64 
 
 		 2903 bp  852    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0658993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA80  23S ribosomal RNA  85.74 
 
 		 2903 bp  860    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0495778  normal  0.0181156 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0013  23S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 2913 bp  839    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0027  23S ribosomal RNA  85.73 
 
 		 2913 bp  839    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R15  23S ribosomal RNA  85.35 
 
 		 2892 bp  829    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R4  23S ribosomal RNA  85.35 
 
 		 2892 bp  829    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.657154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R44  23S ribosomal RNA  85.35 
 
 		 2892 bp  829    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.100661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R57  23S ribosomal RNA  85.35 
 
 		 2892 bp  829    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.344499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R78  23S ribosomal RNA  85.35 
 
 		 2892 bp  829    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0420771  normal  0.0126919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R91  23S ribosomal RNA  85.35 
 
 		 2892 bp  829    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000653016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0049  23S ribosomal RNA  87.06 
 
 		 2956 bp  975    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0054  23S ribosomal RNA  87.06 
 
 		 2956 bp  975    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.175608  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0014  23S ribosomal RNA  87.17 
 
 		 2983 bp  985    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.58284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0043  23S ribosomal RNA  86.88 
 
 		 2983 bp  961    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.101725  hitchhiker  0.000000749297 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0004  23S ribosomal RNA  90.25 
 
 		 2817 bp  3344    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0023  23S ribosomal RNA  90.22 
 
 		 2816 bp  3336    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0053  23S ribosomal RNA  90.25 
 
 		 2814 bp  3340    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.652954  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0076  23S ribosomal RNA  90.23 
 
 		 2798 bp  3316    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0035  23S ribosomal RNA  83.79 
 
 		 2861 bp  702    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.249297  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0042  23S ribosomal RNA  83.79 
 
 		 2861 bp  702    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0050  23S ribosomal RNA  83.79 
 
 		 2861 bp  702    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0007  23S ribosomal RNA  84.09 
 
 		 2758 bp  712    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0021  23S ribosomal RNA  84.09 
 
 		 2758 bp  712    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0043  23S ribosomal RNA  84.09 
 
 		 2758 bp  712    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0061  23S ribosomal RNA  84.09 
 
 		 2758 bp  712    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0014  23S ribosomal RNA  85.17 
 
 		 2985 bp  813    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0035  23S ribosomal RNA  85.17 
 
 		 2985 bp  813    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0014  23S ribosomal RNA  84.16 
 
 		 2872 bp  733    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0368239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0042  23S ribosomal RNA  84.16 
 
 		 2872 bp  733    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121457 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0004  23S ribosomal RNA  85.1 
 
 		 2897 bp  805    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0014  23S ribosomal RNA  85 
 
 		 2897 bp  797    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20297  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0058  23S ribosomal RNA  85.1 
 
 		 2897 bp  805    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0076  23S ribosomal RNA  85 
 
 		 2898 bp  797    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.430532  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0084  23S ribosomal RNA  85 
 
 		 2897 bp  797    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0004  23S ribosomal RNA  84.09 
 
 		 2885 bp  733    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0961253  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0011  23S ribosomal RNA  84.09 
 
 		 2885 bp  733    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0019  23S ribosomal RNA  84.09 
 
 		 2885 bp  733    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0026  23S ribosomal RNA  84.09 
 
 		 2885 bp  733    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0080  23S ribosomal RNA  84.09 
 
 		 2885 bp  733    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.357348  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0041  23S ribosomal RNA  85.14 
 
 		 2875 bp  799    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0051  23S ribosomal RNA  85.14 
 
 		 2875 bp  799    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0007  23S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 2898 bp  831    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0012  23S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 2898 bp  831    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31433 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08600  23S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 2891 bp  844    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000197684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62060  23S ribosomal RNA  85.64 
 
 		 2891 bp  852    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0546487 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70880  23S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 2891 bp  844    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.560692 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0016  23S ribosomal RNA  86.65 
 
 		 2811 bp  920    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629398  normal  0.58938 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0048  23S ribosomal RNA  86.65 
 
 		 2811 bp  920    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0024  23S ribosomal RNA  85.55 
 
 		 2556 bp  965    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0314547  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0035  23S ribosomal RNA  85.55 
 
 		 2556 bp  965    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.381491  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0051  23S ribosomal RNA  85.55 
 
 		 2556 bp  965    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0486976  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0061  23S ribosomal RNA  85.55 
 
 		 2556 bp  965    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0009  23S ribosomal RNA  84.02 
 
 		 2900 bp  710    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.517564  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0019  23S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 2900 bp  702    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00407691  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0056  23S ribosomal RNA  83.92 
 
 		 2900 bp  702    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.239322  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0008  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2940 bp  5828    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.608951  hitchhiker  0.00128582 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0024  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2940 bp  5828    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0031  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2940 bp  5828    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0075  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2940 bp  5824    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.60998 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0082  23S ribosomal RNA  100 
 
 		 2940 bp  5824    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0008  23S ribosomal RNA  84.96 
 
 		 2904 bp  807    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0096662  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0030  23S ribosomal RNA  85.06 
 
 		 2904 bp  815    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000445054  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0009  23S ribosomal RNA  85.66 
 
 		 2913 bp  710    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0580735 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0022  23S ribosomal RNA  85.66 
 
 		 2912 bp  710    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.572813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0066  23S ribosomal RNA  85.43 
 
 		 2912 bp  704    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.668568  normal  0.018596 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0086  23S ribosomal RNA  85.43 
 
 		 2912 bp  704    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306837  normal  0.172652 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0090  23S ribosomal RNA  85.43 
 
 		 2912 bp  704    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00318413 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0101  23S ribosomal RNA  85.66 
 
 		 2913 bp  710    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.683549  decreased coverage  0.00714849 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0106  23S ribosomal RNA  85.43 
 
 		 2912 bp  704    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.643349  normal  0.253398 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0011  23S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 2903 bp  844    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0138586 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0037  23S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 2903 bp  844    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.235964 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0071  23S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 2905 bp  844    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0079  23S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 2905 bp  844    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.175282  normal  0.43862 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0018  23S ribosomal RNA  85.57 
 
 		 2984 bp  954    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.390452  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0045  23S ribosomal RNA  85.57 
 
 		 2984 bp  954    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1018  23S ribosomal RNA  84.14 
 
 		 2931 bp  710    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1582  23S ribosomal RNA  84.14 
 
 		 2931 bp  710    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1790  23S ribosomal RNA  84.14 
 
 		 2931 bp  710    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0829238  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0002  23S ribosomal RNA  85.45 
 
 		 2903 bp  837    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.411736  normal  0.431091 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>