More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_R0055 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  Gs23SA  23S ribosomal RNA  91.93 
 
 		 2958 bp  3905    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.287  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs23SB  23S ribosomal RNA  91.93 
 
 		 2958 bp  3905    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SA  23S ribosomal RNA  85.07 
 
 		 2902 bp  866    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145616  hitchhiker  0.000134511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  85.07 
 
 		 2902 bp  866    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SC  23S ribosomal RNA  85.07 
 
 		 2902 bp  866    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.15738  normal  0.0640928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  85.07 
 
 		 2902 bp  866    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  85.07 
 
 		 2902 bp  866    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  85.07 
 
 		 2902 bp  866    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  85.07 
 
 		 2902 bp  866    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SA  23S ribosomal RNA  83.87 
 
 		 2904 bp  904    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.10158  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc23SB  23S ribosomal RNA  83.87 
 
 		 2904 bp  904    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352152  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r02  23S ribosomal RNA  84.8 
 
 		 2903 bp  856    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r05  23S ribosomal RNA  84.8 
 
 		 2903 bp  856    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r08  23S ribosomal RNA  84.8 
 
 		 2903 bp  856    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r11  23S ribosomal RNA  84.8 
 
 		 2903 bp  856    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r14  23S ribosomal RNA  84.71 
 
 		 2903 bp  848    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.701415  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr02  23S ribosomal RNA  83.94 
 
 		 2783 bp  751    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr05  23S ribosomal RNA  83.94 
 
 		 2783 bp  751    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr08  23S ribosomal RNA  83.94 
 
 		 2861 bp  751    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr02  23S ribosomal RNA  84.03 
 
 		 2861 bp  759    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr05  23S ribosomal RNA  84.03 
 
 		 2861 bp  759    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr08  23S ribosomal RNA  84.03 
 
 		 2861 bp  759    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA16  23S ribosomal RNA  84.89 
 
 		 2903 bp  864    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.048152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA49  23S ribosomal RNA  84.8 
 
 		 2903 bp  856    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832187  normal  0.473588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA7  23S ribosomal RNA  84.8 
 
 		 2903 bp  856    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.685402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA71  23S ribosomal RNA  84.97 
 
 		 2903 bp  872    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0658993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA80  23S ribosomal RNA  84.8 
 
 		 2903 bp  856    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0495778  normal  0.0181156 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0013  23S ribosomal RNA  83.87 
 
 		 2913 bp  763    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0027  23S ribosomal RNA  83.87 
 
 		 2913 bp  763    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R15  23S ribosomal RNA  84.46 
 
 		 2892 bp  821    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R4  23S ribosomal RNA  84.46 
 
 		 2892 bp  821    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.657154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R44  23S ribosomal RNA  84.46 
 
 		 2892 bp  821    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.100661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R57  23S ribosomal RNA  84.46 
 
 		 2892 bp  821    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.344499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R78  23S ribosomal RNA  84.46 
 
 		 2892 bp  821    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0420771  normal  0.0126919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R91  23S ribosomal RNA  84.46 
 
 		 2892 bp  821    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000653016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0049  23S ribosomal RNA  87.75 
 
 		 2956 bp  2750    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0054  23S ribosomal RNA  87.75 
 
 		 2956 bp  2750    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.175608  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0014  23S ribosomal RNA  93.63 
 
 		 2983 bp  4058    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.58284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0043  23S ribosomal RNA  93.16 
 
 		 2983 bp  4052    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.101725  hitchhiker  0.000000749297 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0004  23S ribosomal RNA  86.58 
 
 		 2817 bp  1049    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0023  23S ribosomal RNA  86.58 
 
 		 2816 bp  1049    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0053  23S ribosomal RNA  86.58 
 
 		 2814 bp  1049    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.652954  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0076  23S ribosomal RNA  86.64 
 
 		 2798 bp  1045    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0007  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2758 bp  769    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0021  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2758 bp  769    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0043  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2758 bp  769    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0061  23S ribosomal RNA  83.63 
 
 		 2758 bp  769    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0014  23S ribosomal RNA  86.31 
 
 		 2985 bp  999    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0035  23S ribosomal RNA  86.31 
 
 		 2985 bp  999    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0050  23S ribosomal RNA  84.87 
 
 		 2783 bp  767    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0056  23S ribosomal RNA  84.87 
 
 		 2783 bp  767    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0062  23S ribosomal RNA  84.87 
 
 		 2783 bp  767    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0048  23S ribosomal RNA  84.31 
 
 		 3384 bp  755    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770601 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0014  23S ribosomal RNA  81.39 
 
 		 2872 bp  1057    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0368239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0042  23S ribosomal RNA  81.39 
 
 		 2872 bp  1057    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121457 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0004  23S ribosomal RNA  84.77 
 
 		 2897 bp  753    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0014  23S ribosomal RNA  84.67 
 
 		 2897 bp  745    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20297  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0058  23S ribosomal RNA  84.77 
 
 		 2897 bp  753    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0076  23S ribosomal RNA  84.77 
 
 		 2898 bp  753    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.430532  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0084  23S ribosomal RNA  84.67 
 
 		 2897 bp  745    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0004  23S ribosomal RNA  84.29 
 
 		 2885 bp  779    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0961253  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0011  23S ribosomal RNA  84.29 
 
 		 2885 bp  779    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0019  23S ribosomal RNA  84.29 
 
 		 2885 bp  779    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0026  23S ribosomal RNA  84.29 
 
 		 2885 bp  779    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0080  23S ribosomal RNA  84.29 
 
 		 2885 bp  779    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.357348  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0002  23S ribosomal RNA  79.92 
 
 		 2893 bp  797    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.492003  hitchhiker  0.00473622 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0010  23S ribosomal RNA  80.02 
 
 		 2893 bp  799    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00150973  normal  0.511936 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0017  23S ribosomal RNA  79.92 
 
 		 2893 bp  797    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000288824 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0074  23S ribosomal RNA  80.75 
 
 		 2893 bp  743    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0122  23S ribosomal RNA  80.75 
 
 		 2893 bp  743    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.750631 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0131  23S ribosomal RNA  79.92 
 
 		 2893 bp  797    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.595604 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0135  23S ribosomal RNA  80.02 
 
 		 2893 bp  799    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  hitchhiker  0.00197416 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0139  23S ribosomal RNA  79.92 
 
 		 2893 bp  797    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.746885 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0142  23S ribosomal RNA  80.02 
 
 		 2893 bp  799    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.080759 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0010  23S ribosomal RNA  80.75 
 
 		 2893 bp  743    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0173103 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0023  23S ribosomal RNA  79.92 
 
 		 2893 bp  797    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00167736  normal  0.0882974 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0027  23S ribosomal RNA  80.87 
 
 		 2893 bp  745    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.206108 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0074  23S ribosomal RNA  80.75 
 
 		 2893 bp  743    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.186245 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0143  23S ribosomal RNA  80.8 
 
 		 2894 bp  751    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0020  23S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 2747 bp  763    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.730998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0040  23S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 2747 bp  763    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08600  23S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 2891 bp  819    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000197684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55631  23S ribosomal RNA  83.85 
 
 		 2884 bp  731    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.363025 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62060  23S ribosomal RNA  84.64 
 
 		 2891 bp  827    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0546487 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70880  23S ribosomal RNA  84.55 
 
 		 2891 bp  819    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.560692 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0017  23S ribosomal RNA  84.13 
 
 		 3138 bp  710    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.421867  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0030  23S ribosomal RNA  84.13 
 
 		 3138 bp  710    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.207274  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0063  23S ribosomal RNA  84.13 
 
 		 3138 bp  710    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0016  23S ribosomal RNA  87.48 
 
 		 2811 bp  1237    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629398  normal  0.58938 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0048  23S ribosomal RNA  87.48 
 
 		 2811 bp  1237    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0004  23S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 2774 bp  793    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.174681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0037  23S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 2774 bp  793    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0041  23S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 2774 bp  793    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0017  23S ribosomal RNA  80.87 
 
 		 2895 bp  745    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000617374 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0024  23S ribosomal RNA  91.8 
 
 		 2556 bp  3336    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0314547  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0035  23S ribosomal RNA  91.8 
 
 		 2556 bp  3336    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.381491  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0051  23S ribosomal RNA  91.8 
 
 		 2556 bp  3336    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0486976  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0061  23S ribosomal RNA  91.8 
 
 		 2556 bp  3336    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0004  23S ribosomal RNA  81.29 
 
 		 2892 bp  729    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.09917 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0008  23S ribosomal RNA  81.29 
 
 		 2892 bp  729    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>