62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2342 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2342  hypothetical protein  100 
 
 		 317 aa  645    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.488163  normal  0.194568 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0879  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system small permease component-like  58.58 
 
 		 315 aa  379  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.214091 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1900  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system small permease component-like  58.53 
 
 		 298 aa  355  7.999999999999999e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  0.528488 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2881  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.9 
 
 		 179 aa  60.5  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.901818  hitchhiker  0.000150044 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2812  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.84 
 
 		 185 aa  59.3  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3149  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.96 
 
 		 201 aa  56.2  0.0000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0190342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2544  TRAP-type transport system, small permease component  29.55 
 
 		 168 aa  54.7  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.809029 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2293  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.2 
 
 		 176 aa  53.5  0.000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3640  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.87 
 
 		 165 aa  52.8  0.000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.6832  normal  0.687836 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3769  hypothetical protein  29.1 
 
 		 179 aa  52.4  0.000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0190  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.04 
 
 		 176 aa  52  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1415  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.59 
 
 		 168 aa  51.2  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0130  C4-dicarboxylate transporter family protein, DctQ subunit  29.2 
 
 		 173 aa  51.2  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1205  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.69 
 
 		 161 aa  50.4  0.00004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1218  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  31.93 
 
 		 179 aa  50.4  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2072  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.19 
 
 		 198 aa  50.1  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.490973 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3364  hypothetical protein  25.52 
 
 		 206 aa  49.7  0.00006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.306175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4424  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.52 
 
 		 178 aa  49.7  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0672  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.4 
 
 		 179 aa  49.3  0.00008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0453  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  43.14 
 
 		 198 aa  49.3  0.00009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0983838  normal  0.382149 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4834  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.88 
 
 		 188 aa  48.5  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.389567  normal  0.0357026 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2752  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  41.07 
 
 		 180 aa  48.9  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2190  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.95 
 
 		 198 aa  48.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.592644  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1556  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.56 
 
 		 198 aa  47.8  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1553  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  45.45 
 
 		 200 aa  47.8  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2051  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.72 
 
 		 197 aa  47.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.117082 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1561  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.87 
 
 		 259 aa  47.4  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.497351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0885  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.27 
 
 		 184 aa  47.8  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000127189 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0392  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  38.98 
 
 		 190 aa  47.8  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000784844  hitchhiker  0.00380366 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1202  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  41.07 
 
 		 183 aa  47  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00964001  normal  0.857795 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1506  triosephosphate isomerase (TIM; Triose-phosphateisomerase)  22.28 
 
 		 169 aa  47  0.0004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2006  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.97 
 
 		 192 aa  47  0.0004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.404305  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0654  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  43.4 
 
 		 183 aa  47  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.197985  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0961  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  25.95 
 
 		 168 aa  47.4  0.0004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.093725  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4765  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.2 
 
 		 212 aa  47  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010311 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0601  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.73 
 
 		 197 aa  47  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.452096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0694  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  41.07 
 
 		 180 aa  46.6  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.617853  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0343  hypothetical protein  23.53 
 
 		 182 aa  46.2  0.0007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.292372  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3474  putative TRAP C4-dicarboxylate transport system, DctQ subunit (small permease component)  32.39 
 
 		 179 aa  46.2  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0359  hypothetical protein  23.53 
 
 		 182 aa  46.2  0.0007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.537959  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1476  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  40 
 
 		 179 aa  45.4  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.661481  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0086  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.14 
 
 		 180 aa  45.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2649  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.63 
 
 		 184 aa  45.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.531292  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3390  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.66 
 
 		 201 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.126574 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2150  TRAP transporter, small subunit  41.18 
 
 		 179 aa  44.7  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.2063 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0444  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.53 
 
 		 182 aa  44.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0099  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  35.48 
 
 		 204 aa  44.3  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0669056  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4951  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.8 
 
 		 222 aa  44.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.740211  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3621  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.21 
 
 		 173 aa  44.7  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.767464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4052  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.38 
 
 		 206 aa  45.1  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  0.207214 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1735  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  35.48 
 
 		 204 aa  44.3  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2019  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.73 
 
 		 179 aa  44.3  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00126943  normal  0.0153183 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3061  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  21.37 
 
 		 186 aa  43.9  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.287187  hitchhiker  0.000081525 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3017  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.31 
 
 		 190 aa  43.9  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3371  TRAP-T family transporter small inner membrane subunit  32.31 
 
 		 190 aa  43.9  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123148  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0710  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.18 
 
 		 179 aa  43.5  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0086052  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1688  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  40 
 
 		 199 aa  43.5  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0417  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.98 
 
 		 185 aa  43.5  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000370406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1814  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.26 
 
 		 185 aa  43.1  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3674  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  42.37 
 
 		 179 aa  42.7  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.396791 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3868  hypothetical protein  30.77 
 
 		 190 aa  42.7  0.009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.477266  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1403  C4-dicarboxylate transporter family protein, DctQ subunit  24.58 
 
 		 174 aa  42.4  0.01  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.392798  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>