53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0879 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0879  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system small permease component-like  100 
 
 		 315 aa  637    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.214091 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2342  hypothetical protein  58.58 
 
 		 317 aa  367  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.488163  normal  0.194568 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1900  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system small permease component-like  55.56 
 
 		 298 aa  340  2e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  0.528488 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2812  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.5 
 
 		 185 aa  67.8  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2881  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.08 
 
 		 179 aa  60.8  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.901818  hitchhiker  0.000150044 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3640  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.08 
 
 		 165 aa  57.8  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.6832  normal  0.687836 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0672  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32 
 
 		 179 aa  54.7  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2752  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  38.24 
 
 		 180 aa  53.9  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2544  TRAP-type transport system, small permease component  26.52 
 
 		 168 aa  53.9  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.809029 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3149  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.73 
 
 		 201 aa  53.1  0.000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0190342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0601  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  35.85 
 
 		 197 aa  52  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.452096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1205  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.43 
 
 		 161 aa  52.4  0.00001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0130  C4-dicarboxylate transporter family protein, DctQ subunit  27.68 
 
 		 173 aa  51.6  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3769  hypothetical protein  40.98 
 
 		 179 aa  51.6  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0694  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  36.76 
 
 		 180 aa  51.2  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.617853  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0343  hypothetical protein  25.41 
 
 		 182 aa  49.7  0.00006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.292372  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3474  putative TRAP C4-dicarboxylate transport system, DctQ subunit (small permease component)  35.21 
 
 		 179 aa  50.1  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0359  hypothetical protein  25.41 
 
 		 182 aa  49.7  0.00006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.537959  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4424  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.2 
 
 		 178 aa  49.7  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4765  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.66 
 
 		 212 aa  49.7  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010311 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2293  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.23 
 
 		 176 aa  48.5  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1556  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  40.74 
 
 		 198 aa  48.1  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3061  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  23.29 
 
 		 186 aa  48.5  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.287187  hitchhiker  0.000081525 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3390  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 201 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.126574 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0961  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  39.22 
 
 		 168 aa  48.1  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.093725  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0444  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.41 
 
 		 182 aa  48.1  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1553  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.57 
 
 		 200 aa  47.8  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0417  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.57 
 
 		 185 aa  47.4  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000370406  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0453  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  42.22 
 
 		 198 aa  47.4  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0983838  normal  0.382149 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0086  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.64 
 
 		 180 aa  47  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3364  hypothetical protein  25 
 
 		 206 aa  46.6  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.306175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1506  triosephosphate isomerase (TIM; Triose-phosphateisomerase)  28.32 
 
 		 169 aa  46.6  0.0006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2190  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  22.41 
 
 		 198 aa  46.2  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.592644  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2649  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.6 
 
 		 184 aa  46.2  0.0007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.531292  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3674  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  40.74 
 
 		 179 aa  45.8  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.396791 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1202  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  40.74 
 
 		 183 aa  45.8  0.0009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00964001  normal  0.857795 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0654  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  41.18 
 
 		 183 aa  45.4  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.197985  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2051  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.14 
 
 		 197 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.117082 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0392  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  33.9 
 
 		 190 aa  45.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000784844  hitchhiker  0.00380366 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1403  C4-dicarboxylate transporter family protein, DctQ subunit  30.99 
 
 		 174 aa  44.7  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.392798  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1218  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  35.71 
 
 		 179 aa  44.7  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4834  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  21.94 
 
 		 188 aa  44.7  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.389567  normal  0.0357026 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2072  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  20.34 
 
 		 198 aa  44.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.490973 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1476  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.48 
 
 		 179 aa  44.3  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.661481  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1814  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.37 
 
 		 185 aa  44.3  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1561  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.58 
 
 		 259 aa  43.9  0.003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.497351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1970  TRAP dicarboxylate transporter  26.97 
 
 		 688 aa  43.9  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.413092  normal  0.415684 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3372  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  37.04 
 
 		 179 aa  43.9  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.779768 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3751  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.7 
 
 		 170 aa  43.5  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.602482 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3621  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.78 
 
 		 173 aa  43.9  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.767464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1622  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  40 
 
 		 184 aa  43.5  0.005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0710  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.36 
 
 		 179 aa  42.7  0.007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0086052  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2882  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.97 
 
 		 204 aa  42.7  0.008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0770151 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>