218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0401 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0401  putative RNA methylase  100 
 
 		 387 aa  805    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2717  putative RNA methylase  66.49 
 
 		 398 aa  548  1e-155  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0196  putative RNA methylase  60.88 
 
 		 395 aa  509  1e-143  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.289998 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1488  hypothetical protein  47.3 
 
 		 393 aa  382  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00216876  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3255  RNA methylase family protein  44.3 
 
 		 392 aa  363  2e-99  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.710684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3994  putative RNA methylase  38.21 
 
 		 375 aa  261  2e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000218402  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0398  putative RNA methylase:THUMP  36.83 
 
 		 389 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0174402  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3086  hypothetical protein  35.12 
 
 		 391 aa  241  2e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0477  putative RNA methylase  36.59 
 
 		 376 aa  241  2e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2355  putative RNA methylase  36.97 
 
 		 393 aa  239  5.999999999999999e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00636349  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0494  putative RNA methylase  36.86 
 
 		 376 aa  239  8e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00380676 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2072  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.99 
 
 		 713 aa  233  6e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2822  putative RNA methylase  33.61 
 
 		 393 aa  224  3e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3705  putative RNA methylase  32.62 
 
 		 387 aa  219  6e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1261  putative RNA methylase  33.24 
 
 		 375 aa  215  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1292  putative RNA methylase  33.24 
 
 		 375 aa  215  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.963614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0889  putative RNA methylase  33.33 
 
 		 375 aa  211  1e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1263  N6-adenine-specific DNA methylase-like  33.8 
 
 		 374 aa  211  2e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0245346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0339  putative RNA methylase  34.22 
 
 		 437 aa  210  3e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.179905  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0350  putative RNA methylase  34.22 
 
 		 440 aa  209  5e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2495  putative RNA methylase  33.24 
 
 		 387 aa  209  7e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.256792  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1608  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.32 
 
 		 730 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159338 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2035  putative RNA methylase  32.31 
 
 		 395 aa  207  3e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000306959  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2096  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.05 
 
 		 730 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.110427 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3643  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.05 
 
 		 730 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.698608 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1615  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.02 
 
 		 730 aa  206  8e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000568261 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2424  N6-adenine-specific DNA methylase  32.46 
 
 		 398 aa  205  1e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2090  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.71 
 
 		 725 aa  203  4e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1032  putative RNA methylase  31.28 
 
 		 399 aa  203  5e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.370932  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2283  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.6 
 
 		 749 aa  203  5e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.402285  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08561  putative N6-adenine-specific DNA methylase  31.88 
 
 		 381 aa  202  7e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1791  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.37 
 
 		 705 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0683  putative RNA methylase  32.98 
 
 		 426 aa  199  7e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0712  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.18 
 
 		 738 aa  199  9e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3009  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.72 
 
 		 725 aa  196  7e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.30746  hitchhiker  0.0000000000188031 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1788  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.73 
 
 		 756 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2064  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.74 
 
 		 705 aa  194  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2108  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.2 
 
 		 750 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.949067  decreased coverage  0.00266929 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18930  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.18 
 
 		 738 aa  194  3e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1236  putative RNA methylase  29.68 
 
 		 385 aa  193  4e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.286379 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0282  putative RNA methylase:THUMP  30.14 
 
 		 380 aa  192  8e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.377639  normal  0.859939 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00768  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.17 
 
 		 711 aa  192  9e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.192916  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0473  putative RNA methylase  33.09 
 
 		 413 aa  192  9e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2311  methylase, putative  30.93 
 
 		 762 aa  192  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.9895  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0579  putative RNA methylase  29.06 
 
 		 430 aa  191  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0249  putative RNA methylase  31.82 
 
 		 374 aa  190  2.9999999999999997e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0789594  normal  0.0276638 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0022  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.73 
 
 		 707 aa  189  5e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0023  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.73 
 
 		 707 aa  189  5.999999999999999e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1743  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.35 
 
 		 706 aa  189  5.999999999999999e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.171189  hitchhiker  0.000865534 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0422  putative RNA methylase  31.05 
 
 		 441 aa  189  7e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.472219  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1362  hypothetical protein  31.17 
 
 		 484 aa  189  9e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1322  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.35 
 
 		 712 aa  188  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0919587 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1420  putative RNA methylase  32.47 
 
 		 388 aa  188  1e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00712049  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2005  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.45 
 
 		 701 aa  187  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.391349  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0429  putative RNA methylase  31.3 
 
 		 380 aa  186  8e-46  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  decreased coverage  0.000469504  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2570  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.81 
 
 		 709 aa  185  9e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0113028  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00510  predicted N6-adenine-specific DNA methylase  32.19 
 
 		 729 aa  184  2.0000000000000003e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.563195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2685  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.81 
 
 		 709 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2143  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.35 
 
 		 711 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2610  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.81 
 
 		 709 aa  184  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000568014  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1774  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.81 
 
 		 709 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.828749  hitchhiker  0.000200873 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2473  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.27 
 
 		 711 aa  182  7e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00287682 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2661  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  28.73 
 
 		 712 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0688  putative RNA methylase  30.03 
 
 		 734 aa  182  1e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0808112 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2641  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.03 
 
 		 706 aa  181  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1987  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.03 
 
 		 706 aa  181  2e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2552  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.03 
 
 		 706 aa  181  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00591  RNA methylase family protein  29.97 
 
 		 374 aa  181  2e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.950833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1551  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.28 
 
 		 718 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.728211  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2470  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.27 
 
 		 711 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000238626  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1600  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.54 
 
 		 708 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1952  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.12 
 
 		 712 aa  180  4e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.64464  normal  0.031867 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1649  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.23 
 
 		 705 aa  180  4e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2967  putative RNA methylase  27.38 
 
 		 419 aa  179  4.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1632  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.54 
 
 		 709 aa  179  7e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0586736  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1812  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.27 
 
 		 711 aa  179  7e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0884579  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1851  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  28.73 
 
 		 711 aa  179  8e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1460  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.39 
 
 		 702 aa  177  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.372421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1946  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  28.92 
 
 		 711 aa  177  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.478167  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1680  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.83 
 
 		 707 aa  177  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.719337  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1112  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.77 
 
 		 702 aa  177  3e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000933928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2828  putative RNA methylase:THUMP  28.31 
 
 		 417 aa  177  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712566  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1095  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.62 
 
 		 708 aa  176  5e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0184189  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1540  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  28.18 
 
 		 713 aa  176  6e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1607  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  28.18 
 
 		 713 aa  176  9e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00710463  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1504  hypothetical protein  32.35 
 
 		 381 aa  175  9.999999999999999e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1533  hypothetical protein  32.35 
 
 		 381 aa  175  9.999999999999999e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00952  predicted methyltransferase  30.48 
 
 		 702 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000729792  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2695  putative RNA methylase  30.48 
 
 		 702 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0489936  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1739  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.06 
 
 		 721 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1057  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.48 
 
 		 702 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000581203  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00959  hypothetical protein  30.48 
 
 		 702 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000774517  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2648  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.48 
 
 		 702 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0833868  hitchhiker  0.000556962 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2171  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.48 
 
 		 702 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000766949  normal  0.466381 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1601  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  28.18 
 
 		 713 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0419159  normal  0.867514 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1063  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.48 
 
 		 702 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000372198  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3279  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.09 
 
 		 715 aa  174  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1170  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.66 
 
 		 702 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.988002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1136  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.66 
 
 		 702 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.237115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1102  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.66 
 
 		 702 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.907291  normal  0.597986 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>