More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_2779 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_2779  ribosomal protein S12  100 
 
 
123 aa  246  7e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0598537  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0075  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  214  4e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.392906 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2070  ribosomal protein S12  89.43 
 
 
123 aa  212  9.999999999999999e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000016917  normal  0.605238 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2263  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  211  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.12469  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2071  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  209  1e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.944717  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2693  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  205  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315059  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3327  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
125 aa  202  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.716206  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0473  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
124 aa  201  3e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1770  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  201  3e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0593417  normal  0.388424 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3185  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 
125 aa  201  4e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0661629  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0887  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
124 aa  201  4e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000822603 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3861  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
125 aa  200  5e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3343  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
125 aa  199  7e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00659827  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3174  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
126 aa  199  9e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00103484  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2637  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
126 aa  199  9e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.419489  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3473  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
126 aa  199  9e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0860232  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2731  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
123 aa  199  9e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1919  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
126 aa  199  9e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000102606  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4767  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
124 aa  199  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0523038  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0386  30S ribosomal protein S12  76.42 
 
 
125 aa  199  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0122913  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0175  30S ribosomal protein S12  75.61 
 
 
129 aa  199  9.999999999999999e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.000000000018595  normal  0.463989 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4009  ribosomal protein S12  80.49 
 
 
123 aa  199  9.999999999999999e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0866702  normal  0.990626 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1551  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  199  9.999999999999999e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00133332  normal  0.90394 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0281  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
124 aa  199  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000103953  decreased coverage  0.00000987169 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3751  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
126 aa  198  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0182749  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3024  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
125 aa  198  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000203236  decreased coverage  0.00243586 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2955  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
125 aa  198  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0353473  hitchhiker  0.000186229 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3782  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
126 aa  198  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00172098  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2329  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 
124 aa  198  1.9999999999999998e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000396371  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3073  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
126 aa  198  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0733593  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0309  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
126 aa  198  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102814  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3809  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
126 aa  198  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2845  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
126 aa  198  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.904067  normal  0.207657 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3302  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
125 aa  198  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.000000119116  hitchhiker  0.00857233 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1833  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
202 aa  198  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0567288  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0981  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
123 aa  198  3e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.808535  normal  0.0659851 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0268  30S ribosomal protein S12  75.61 
 
 
125 aa  197  3e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000012453  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0492  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 
123 aa  197  3e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00450059  hitchhiker  0.000000284598 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0711  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 
136 aa  197  3e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.305716  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0273  30S ribosomal protein S12  75.61 
 
 
125 aa  197  3e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0102222  hitchhiker  0.00000133028 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0210  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
124 aa  197  3e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000110555  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0322  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 
123 aa  197  3e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0874299  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0659  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
127 aa  197  3.9999999999999996e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.254594  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3442  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
126 aa  197  3.9999999999999996e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000394059  normal  0.236546 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1063  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
123 aa  197  3.9999999999999996e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000011853  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2465  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 
124 aa  197  3.9999999999999996e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0122546 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0322  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
126 aa  197  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46074  normal  0.0169836 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0271  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
126 aa  197  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.635943 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2764  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
126 aa  197  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0416814  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0244  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
126 aa  197  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.240123  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0296  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
135 aa  197  3.9999999999999996e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0262  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
126 aa  197  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.822385  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0343  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
126 aa  197  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3649  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
126 aa  197  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111216  hitchhiker  0.000000000929733 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0621  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
123 aa  197  5e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000330783  decreased coverage  1.9094399999999998e-21 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1800  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 
123 aa  197  5e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.278795  normal  0.143842 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0675  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 
123 aa  197  5e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00545662  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1907  30S ribosomal protein S12  80.33 
 
 
123 aa  197  6e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0208943 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0842  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
123 aa  196  6e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000117432  hitchhiker  0.000366661 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2428  30S ribosomal protein S12  74.8 
 
 
135 aa  197  6e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0584234  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2301  30S ribosomal protein S12  75.61 
 
 
128 aa  196  7e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000703033  decreased coverage  0.000703335 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4920  ribosomal protein S12  76.42 
 
 
125 aa  196  7.999999999999999e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11555  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2069  30S ribosomal protein S12  74.8 
 
 
128 aa  196  9e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000594982  normal  0.793383 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2377  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
124 aa  195  1.0000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00376879  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0314  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
125 aa  195  1.0000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  1.4670400000000002e-24  hitchhiker  0.000521064 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1856  30S ribosomal protein S12  73.98 
 
 
137 aa  196  1.0000000000000001e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0880493  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1540  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
123 aa  196  1.0000000000000001e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.966808  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1425  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
123 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0469141  normal  0.0235591 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2338  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
125 aa  195  1.0000000000000001e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000000575958  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1327  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
123 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.139307  normal  0.0632073 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1529  ribosomal protein S12  79.67 
 
 
124 aa  196  1.0000000000000001e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000223739  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3333  30S ribosomal protein S12  79.2 
 
 
123 aa  195  2.0000000000000003e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.70711e-17 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00698  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
124 aa  195  2.0000000000000003e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000175527  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1359  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
123 aa  194  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.604164 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1290  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
127 aa  195  2.0000000000000003e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0116832  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1951  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
123 aa  195  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00000165732  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2290  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
123 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1564  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
125 aa  195  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0581883  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3800  30S ribosomal protein S12  75.61 
 
 
125 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000117431  n/a   
 
 
 
NC_011726  PCC8801_1539  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
125 aa  195  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3453  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
123 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.412812  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0274  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
125 aa  194  2.0000000000000003e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000134966  unclonable  0.0000000817173 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3189  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
123 aa  194  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.863233 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0928  30S ribosomal protein S12  79.2 
 
 
123 aa  195  2.0000000000000003e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000041416  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3672  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
123 aa  194  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05695  putative 30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
124 aa  194  3e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0052  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
123 aa  194  3e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3448  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
125 aa  194  3e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0273463  normal  0.34807 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0284  30S ribosomal protein S12  73.98 
 
 
136 aa  194  3e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000309063  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0661  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
123 aa  194  3e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000291952  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0693  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
123 aa  194  3e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000127901  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0333  30S ribosomal protein S12  74.8 
 
 
125 aa  194  3e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00769915 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0260  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
135 aa  194  4.0000000000000005e-49  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000200867  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1238  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
123 aa  194  4.0000000000000005e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.594133  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0239  30S ribosomal protein S12  75.61 
 
 
123 aa  194  4.0000000000000005e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.981172  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1201  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
123 aa  194  4.0000000000000005e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.449722  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1647  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 
124 aa  193  6e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000349263  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2329  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
125 aa  193  6e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000813391  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0753  30S ribosomal protein S12  76.42 
 
 
123 aa  193  6e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.263568 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1950  30S ribosomal protein S12  81.97 
 
 
123 aa  193  7e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.913755  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>