More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3800 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3800  30S ribosomal protein S12  100 
 
 		 125 aa  253  4e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000117431  n/a   
 
 
 
NC_008752  Aave_0333  30S ribosomal protein S12  98.4 
 
 		 125 aa  250  4.0000000000000004e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00769915 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0198  30S ribosomal protein S12  96.8 
 
 		 125 aa  248  2e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000216597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1259  30S ribosomal protein S12  96.8 
 
 		 125 aa  245  1e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0251  30S ribosomal protein S12  96.75 
 
 		 125 aa  245  2e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0386  30S ribosomal protein S12  96 
 
 		 125 aa  245  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0122913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0268  30S ribosomal protein S12  95.2 
 
 		 125 aa  244  3e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000012453  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0273  30S ribosomal protein S12  95.2 
 
 		 125 aa  244  3e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0102222  hitchhiker  0.00000133028 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4920  ribosomal protein S12  96.75 
 
 		 125 aa  243  9e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11555  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3861  30S ribosomal protein S12  95.93 
 
 		 125 aa  241  1.9999999999999999e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3448  30S ribosomal protein S12  93.5 
 
 		 125 aa  235  2e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0273463  normal  0.34807 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3185  30S ribosomal protein S12  91.13 
 
 		 125 aa  233  9e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0661629  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3302  30S ribosomal protein S12  90.32 
 
 		 125 aa  231  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.000000119116  hitchhiker  0.00857233 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3024  30S ribosomal protein S12  90.32 
 
 		 125 aa  231  2.0000000000000002e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000203236  decreased coverage  0.00243586 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0045  30S ribosomal protein S12  91.06 
 
 		 126 aa  231  2.0000000000000002e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000913228  hitchhiker  7.76086e-21 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3649  30S ribosomal protein S12  89.52 
 
 		 126 aa  231  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111216  hitchhiker  0.000000000929733 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3782  30S ribosomal protein S12  89.52 
 
 		 126 aa  231  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00172098  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3442  30S ribosomal protein S12  89.52 
 
 		 126 aa  232  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000394059  normal  0.236546 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0322  30S ribosomal protein S12  89.52 
 
 		 126 aa  232  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46074  normal  0.0169836 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2955  30S ribosomal protein S12  90.32 
 
 		 125 aa  231  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0353473  hitchhiker  0.000186229 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0244  30S ribosomal protein S12  89.52 
 
 		 126 aa  232  2.0000000000000002e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.240123  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3073  30S ribosomal protein S12  89.52 
 
 		 126 aa  231  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0733593  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3327  30S ribosomal protein S12  90.32 
 
 		 125 aa  231  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.716206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2764  30S ribosomal protein S12  89.52 
 
 		 126 aa  232  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0416814  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3809  30S ribosomal protein S12  89.52 
 
 		 126 aa  231  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0262  30S ribosomal protein S12  89.52 
 
 		 126 aa  232  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.822385  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0343  30S ribosomal protein S12  89.52 
 
 		 126 aa  232  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0271  30S ribosomal protein S12  89.52 
 
 		 126 aa  232  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.635943 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3751  30S ribosomal protein S12  89.52 
 
 		 126 aa  231  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0182749  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2845  30S ribosomal protein S12  89.52 
 
 		 126 aa  230  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.904067  normal  0.207657 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0309  30S ribosomal protein S12  89.52 
 
 		 126 aa  231  4.0000000000000004e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102814  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3174  30S ribosomal protein S12  88.71 
 
 		 126 aa  230  5e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00103484  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2637  30S ribosomal protein S12  88.71 
 
 		 126 aa  230  5e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.419489  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1919  30S ribosomal protein S12  88.71 
 
 		 126 aa  230  5e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000102606  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3473  30S ribosomal protein S12  88.71 
 
 		 126 aa  230  5e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0860232  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0048  30S ribosomal protein S12  89.43 
 
 		 126 aa  227  4e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000042248  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3343  30S ribosomal protein S12  88.62 
 
 		 125 aa  226  8e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00659827  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0314  30S ribosomal protein S12  86.29 
 
 		 125 aa  220  4.9999999999999996e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  1.4670400000000002e-24  hitchhiker  0.000521064 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0274  30S ribosomal protein S12  83.87 
 
 		 125 aa  215  1e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000134966  unclonable  0.0000000817173 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0762  30S ribosomal protein S12  83.87 
 
 		 125 aa  214  2.9999999999999998e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1244  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 		 123 aa  212  9.999999999999999e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.349862  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0400  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 		 125 aa  212  1.9999999999999998e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000378884  normal  0.0709429 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1358  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 		 123 aa  212  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.179796  normal  0.150246 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0540  30S ribosomal protein S12  83.06 
 
 		 128 aa  210  3.9999999999999995e-54  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0451  30S ribosomal protein S12  83.06 
 
 		 127 aa  210  3.9999999999999995e-54  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0511  30S ribosomal protein S12  83.06 
 
 		 128 aa  210  3.9999999999999995e-54  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.288912  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1444  30S ribosomal protein S12  83.06 
 
 		 128 aa  210  3.9999999999999995e-54  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1606  ribosomal protein S12  83.2 
 
 		 126 aa  210  5.999999999999999e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.524218 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2823  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 		 123 aa  209  7e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0494947 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4551  30S ribosomal protein S12  79.84 
 
 		 124 aa  209  1e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187962  normal  0.158783 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1313  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 		 127 aa  209  1e-53  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00377072  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0275  30S ribosomal protein S12  79.84 
 
 		 124 aa  208  2e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000516158  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3830  30S ribosomal protein S12  79.84 
 
 		 124 aa  208  2e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4010  30S ribosomal protein S12  79.84 
 
 		 124 aa  208  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000175361  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3921  30S ribosomal protein S12  79.84 
 
 		 124 aa  208  2e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000012429  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1660  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 		 124 aa  208  2e-53  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.106297  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0316  30S ribosomal protein S12  79.84 
 
 		 124 aa  208  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000103775  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3678  30S ribosomal protein S12  79.84 
 
 		 124 aa  208  2e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000880258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0887  30S ribosomal protein S12  79.84 
 
 		 124 aa  207  3e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822603 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5075  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 		 123 aa  207  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.27607  normal  0.189155 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0832  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 		 123 aa  207  4e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1833  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 		 202 aa  207  4e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0567288  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08790  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 		 123 aa  207  4e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.762272  normal  0.0106283 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06190  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 		 123 aa  207  4e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.529309  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1674  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 123 aa  207  4e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.230597  hitchhiker  0.0029615 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0398  ribosomal protein S12  79.84 
 
 		 124 aa  206  7e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000213628  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1647  30S ribosomal protein S12  79.03 
 
 		 124 aa  206  7e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000349263  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0981  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 		 123 aa  206  8e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.808535  normal  0.0659851 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2693  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 123 aa  206  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315059  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0751  30S ribosomal protein S12  81.45 
 
 		 124 aa  206  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.938944  normal  0.155777 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0492  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 		 123 aa  206  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00450059  hitchhiker  0.000000284598 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0355  ribosomal protein S12  80.8 
 
 		 125 aa  205  1e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000759048  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1425  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 		 123 aa  206  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0469141  normal  0.0235591 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0322  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 		 123 aa  206  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0874299  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1327  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 		 123 aa  206  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.139307  normal  0.0632073 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0842  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 		 123 aa  205  1e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000117432  hitchhiker  0.000366661 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2329  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 		 125 aa  205  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000813391  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4767  30S ribosomal protein S12  79.03 
 
 		 124 aa  204  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0523038  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0175  30S ribosomal protein S12  77.42 
 
 		 129 aa  204  2e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.000000000018595  normal  0.463989 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3914  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 		 123 aa  204  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.455657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0473  30S ribosomal protein S12  78.23 
 
 		 124 aa  205  2e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1800  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 		 123 aa  205  2e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.278795  normal  0.143842 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1863  30S ribosomal protein S12  79.84 
 
 		 124 aa  205  2e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000968975  normal  0.252117 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2428  30S ribosomal protein S12  77.42 
 
 		 135 aa  205  2e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0584234  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1238  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 123 aa  204  3e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.594133  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2290  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 123 aa  204  3e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3453  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 123 aa  204  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.412812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3672  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 123 aa  204  3e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3189  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 123 aa  204  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.863233 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1201  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 123 aa  204  3e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.449722  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0371  ribosomal protein S12  77.42 
 
 		 124 aa  204  4e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.72822e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3753  30S ribosomal protein S12  77.42 
 
 		 124 aa  204  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00207543  normal  0.0353577 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3718  30S ribosomal protein S12  77.42 
 
 		 124 aa  204  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000740519  normal  0.0746879 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3816  30S ribosomal protein S12  77.42 
 
 		 124 aa  204  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000929578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3644  30S ribosomal protein S12  77.42 
 
 		 124 aa  204  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000993601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0696  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 123 aa  204  4e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.85077e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4651  30S ribosomal protein S12  77.42 
 
 		 124 aa  204  4e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000289179  normal  0.0331168 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1540  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 123 aa  204  4e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.966808  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3623  30S ribosomal protein S12  77.42 
 
 		 124 aa  204  4e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000437781  hitchhiker  0.00102152 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0284  30S ribosomal protein S12  78.23 
 
 		 136 aa  204  4e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000309063  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>