More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1606 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_1606  ribosomal protein S12  100 
 
 
126 aa  253  9e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.524218 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2428  30S ribosomal protein S12  83.06 
 
 
135 aa  215  2e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0584234  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3166  30S ribosomal protein S12  87.6 
 
 
137 aa  214  2.9999999999999998e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.935823 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1856  30S ribosomal protein S12  83.06 
 
 
137 aa  213  5.9999999999999996e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0880493  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4339  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
137 aa  213  5.9999999999999996e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.681919  normal  0.587181 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4449  ribosomal protein S12  86.99 
 
 
142 aa  213  7e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0284  30S ribosomal protein S12  82.26 
 
 
136 aa  213  8e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000309063  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0322  30S ribosomal protein S12  83.33 
 
 
126 aa  212  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46074  normal  0.0169836 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3442  30S ribosomal protein S12  83.33 
 
 
126 aa  212  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000394059  normal  0.236546 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0175  30S ribosomal protein S12  81.45 
 
 
129 aa  212  9.999999999999999e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.000000000018595  normal  0.463989 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0244  30S ribosomal protein S12  83.33 
 
 
126 aa  212  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.240123  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0271  30S ribosomal protein S12  83.33 
 
 
126 aa  212  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.635943 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2764  30S ribosomal protein S12  83.33 
 
 
126 aa  212  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0416814  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0262  30S ribosomal protein S12  83.33 
 
 
126 aa  212  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.822385  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0343  30S ribosomal protein S12  83.33 
 
 
126 aa  212  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0386  30S ribosomal protein S12  83.2 
 
 
125 aa  211  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0122913  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2234  30S ribosomal protein S12  83.47 
 
 
135 aa  212  1.9999999999999998e-54  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000995166  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3649  30S ribosomal protein S12  83.33 
 
 
126 aa  211  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111216  hitchhiker  0.000000000929733 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3782  30S ribosomal protein S12  83.33 
 
 
126 aa  211  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00172098  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3073  30S ribosomal protein S12  83.33 
 
 
126 aa  211  2.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0733593  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3751  30S ribosomal protein S12  83.33 
 
 
126 aa  211  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0182749  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3809  30S ribosomal protein S12  83.33 
 
 
126 aa  211  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0268  30S ribosomal protein S12  82.4 
 
 
125 aa  211  3.9999999999999995e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0000012453  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2845  30S ribosomal protein S12  83.33 
 
 
126 aa  210  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.904067  normal  0.207657 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0309  30S ribosomal protein S12  83.33 
 
 
126 aa  211  3.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102814  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0273  30S ribosomal protein S12  82.4 
 
 
125 aa  211  3.9999999999999995e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0102222  hitchhiker  0.00000133028 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0198  30S ribosomal protein S12  81.6 
 
 
125 aa  210  4.9999999999999996e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000216597  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1259  30S ribosomal protein S12  82.4 
 
 
125 aa  210  5.999999999999999e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2637  30S ribosomal protein S12  82.54 
 
 
126 aa  210  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.419489  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3473  30S ribosomal protein S12  82.54 
 
 
126 aa  210  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0860232  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3174  30S ribosomal protein S12  82.54 
 
 
126 aa  210  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00103484  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3800  30S ribosomal protein S12  83.2 
 
 
125 aa  210  5.999999999999999e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000117431  n/a   
 
 
 
NC_008836  BMA10229_A1919  30S ribosomal protein S12  82.54 
 
 
126 aa  210  5.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000102606  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0595  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
137 aa  209  7.999999999999999e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.121004  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3861  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
125 aa  209  9e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0274  30S ribosomal protein S12  83.06 
 
 
125 aa  209  9e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000134966  unclonable  0.0000000817173 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0333  30S ribosomal protein S12  82.4 
 
 
125 aa  209  9e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00769915 
 
 
-
 
NC_002950  PG1942  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
134 aa  208  2e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2069  30S ribosomal protein S12  79.84 
 
 
128 aa  208  2e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000594982  normal  0.793383 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0659  30S ribosomal protein S12  80.16 
 
 
127 aa  208  2e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.254594  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2301  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
128 aa  208  2e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000703033  decreased coverage  0.000703335 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0473  30S ribosomal protein S12  80.65 
 
 
124 aa  207  3e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05695  putative 30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
124 aa  207  4e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1143  ribosomal protein S12  83.74 
 
 
135 aa  207  5e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.584147  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0401  30S ribosomal protein S12  81.75 
 
 
127 aa  207  5e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0251  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
125 aa  207  5e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153437  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1290  30S ribosomal protein S12  80.16 
 
 
127 aa  206  7e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0116832  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0887  30S ribosomal protein S12  80.65 
 
 
124 aa  206  9e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000822603 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3302  30S ribosomal protein S12  83.06 
 
 
125 aa  206  1e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.000000119116  hitchhiker  0.00857233 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3024  30S ribosomal protein S12  83.06 
 
 
125 aa  206  1e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000203236  decreased coverage  0.00243586 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3343  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
125 aa  206  1e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00659827  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2955  30S ribosomal protein S12  83.06 
 
 
125 aa  206  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0353473  hitchhiker  0.000186229 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0711  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 
136 aa  205  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.305716  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2539  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
123 aa  204  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.800309  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0342  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
123 aa  204  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.67081 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1710  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
123 aa  204  3e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03930  30S ribosomal protein S12  79.84 
 
 
124 aa  204  3e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0356  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
123 aa  204  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3185  30S ribosomal protein S12  83.06 
 
 
125 aa  204  4e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0661629  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1244  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
123 aa  204  4e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.349862  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6619  30S ribosomal protein S12  79.84 
 
 
124 aa  203  5e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1358  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
123 aa  204  5e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.179796  normal  0.150246 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2263  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
123 aa  203  5e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.12469  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0075  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
123 aa  203  5e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.392906 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0314  30S ribosomal protein S12  82.26 
 
 
125 aa  203  6e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  1.4670400000000002e-24  hitchhiker  0.000521064 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4920  ribosomal protein S12  80.49 
 
 
125 aa  202  9e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11555  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4009  ribosomal protein S12  78.05 
 
 
123 aa  202  9e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0866702  normal  0.990626 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1426  30S ribosomal protein S12  76.98 
 
 
126 aa  202  1e-51  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0159812  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0355  30S ribosomal protein S12  79.37 
 
 
126 aa  202  1e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0048  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
126 aa  202  1e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000042248  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3327  30S ribosomal protein S12  82.26 
 
 
125 aa  202  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.716206  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0322  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
123 aa  201  2e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0874299  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2823  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
123 aa  202  2e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0494947 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0271  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 
123 aa  201  2e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.377555  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0492  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
123 aa  201  2e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00450059  hitchhiker  0.000000284598 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1551  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
123 aa  202  2e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00133332  normal  0.90394 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1529  ribosomal protein S12  77.24 
 
 
124 aa  201  3e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000223739  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3469  ribosomal protein S12  79.03 
 
 
124 aa  201  3e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.329977  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0389  30S ribosomal protein S12  79.37 
 
 
126 aa  201  4e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0364  30S ribosomal protein S12  79.37 
 
 
126 aa  201  4e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3806  ribosomal protein S12  80.99 
 
 
123 aa  200  4e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.800192  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0393  ribosomal protein S12  80.49 
 
 
123 aa  201  4e-51  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.844601  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0837  ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  201  4e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.443392  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3448  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
125 aa  201  4e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0273463  normal  0.34807 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5078  30S ribosomal protein S12  79.84 
 
 
124 aa  200  5e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.621439  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1539  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
125 aa  200  5e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1564  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
125 aa  200  5e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0581883  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0621  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
123 aa  200  5e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000330783  decreased coverage  1.9094399999999998e-21 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0045  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  200  5e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000913228  hitchhiker  7.76086e-21 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2213  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 
123 aa  200  5e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0301  30S ribosomal protein S12  79.03 
 
 
124 aa  200  5e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933242 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1279  30S ribosomal protein S12  79.84 
 
 
124 aa  200  5e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.236845  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0052  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
123 aa  200  6e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10696  30S ribosomal protein S12  79.03 
 
 
124 aa  200  7e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.902005 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0323  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
124 aa  200  7e-51  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.436822  normal  0.655724 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2338  30S ribosomal protein S12  77.6 
 
 
125 aa  200  7e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000000575958  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1012  30S ribosomal protein S12  79.03 
 
 
124 aa  199  8e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.411543 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0984  30S ribosomal protein S12  79.03 
 
 
124 aa  199  8e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1115  ribosomal protein S12  79.84 
 
 
124 aa  199  8e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1002  30S ribosomal protein S12  79.03 
 
 
124 aa  199  8e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.612737  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>