127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2420 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_2420  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2130  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2419  tRNA-Trp  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2129  tRNA-Trp  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0014  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00024389  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0058  tRNA-Trp  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0058  tRNA-Trp  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  89.55 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0045  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000437445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0043  tRNA-Trp  91.53 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0043  tRNA-Trp  91.53 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0018  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.392779 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4298  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0060  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0047  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000613865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0031  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0057  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00401705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0054  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0028  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.467787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0011  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0012  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.714029  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0006  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0005  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0019  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0805643  normal  0.168241 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  89.83 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0685  tRNA-Trp  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00000025208  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0045  tRNA-Trp  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0047  tRNA-Trp  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0072652  decreased coverage  0.00838785 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0022  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.362458  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t013  tRNA-Trp  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0031  tRNA-Trp  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0032  tRNA-Trp  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.648314  normal  0.932016 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0030  tRNA-Trp  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.327508  normal  0.923325 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0113  tRNA-Trp  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0422602  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0101  tRNA-Trp  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001896  normal  0.0160972 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0106  tRNA-Trp  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.375874  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0121  tRNA-Trp  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000153016  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0036  tRNA-Trp  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.868247  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0130  tRNA-Trp  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.108428  hitchhiker  0.00406594 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0009  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.66226  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t097  tRNA-Trp  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000384434  normal  0.0126807 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0020  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.454268  normal  0.255497 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0047  tRNA-Lys  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.787632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1404  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000898104 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0564  tRNA-Trp  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198705  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0044  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0169442  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0048  tRNA-Trp  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000330801  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  88 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5680  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00328754  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0047  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Trp-2  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000188649  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Trp-2  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0228922  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Trp-2  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00498789  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000185575  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0014  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.933511 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0083  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000716294  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0108  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.323261  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0067  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0013  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000123102  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0046  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0609  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893119  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5715  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00259208  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4768  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000283777  hitchhiker  8.87707e-17 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0534  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.2225799999999998e-31 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0017  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4567  tRNA-Trp  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.926524  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0006  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0043  tRNA-Trp  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0476411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0031  tRNA-Trp  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.214568  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0064  tRNA-Trp  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.829454  normal  0.0150036 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0107  tRNA-Trp  84.38 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000447975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0055  tRNA-Trp  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0012  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000390892  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1212  tRNA-Trp  82.89 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0018  tRNA-Trp  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848824 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0135  tRNA-Trp  84.38 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000519252 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0046  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0012  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000299257  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0129  tRNA-Trp  84.38 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.121569  hitchhiker  0.00785763 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0055  tRNA-Trp  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>