230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BLD_t0044 on replicon NC_010816
Organism: Bifidobacterium longum DJO10A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010816  BLD_t0044  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0169442  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1404  tRNA-Trp  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000898104 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0048  tRNA-Trp  93.15 
 
 
73 bp  105  1e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.798887  normal  0.165009 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0015  tRNA-Trp  91.89 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0544479  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0017  tRNA-Trp  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.735607  decreased coverage  0.0025473 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0005  tRNA-Trp  94.64 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0018  tRNA-Trp  91.94 
 
 
73 bp  83.8  0.000000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.954485  decreased coverage  0.00256285 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0054  tRNA-Trp  91.94 
 
 
73 bp  83.8  0.000000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0194345 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29900  tRNA-Trp  91.94 
 
 
73 bp  83.8  0.000000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.587989 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17320  tRNA-Trp  91.94 
 
 
73 bp  83.8  0.000000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0056  tRNA-Trp  91.94 
 
 
73 bp  83.8  0.000000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0043  tRNA-Trp  91.94 
 
 
73 bp  83.8  0.000000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0017  tRNA-Trp  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24010  tRNA-Trp  91.53 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.234408  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0013  tRNA-Trp  92.59 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.863904 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0064  tRNA-Trp  93.88 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.829454  normal  0.0150036 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  89.06 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0015  tRNA-Trp  91.07 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.256719  normal  0.0109238 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  89.06 
 
 
78 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  89.06 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  92 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  92 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  88.52 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0068  tRNA-Trp  86.3 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.423507  normal  0.417359 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0013  tRNA-Trp  91.84 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00030816  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  87.5 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t08  tRNA-Trp  87.5 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA66  tRNA-Trp  87.5 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000464617  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  87.5 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R86  tRNA-Trp  87.5 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000013875  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0020  tRNA-Trp  87.5 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00786701  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0056  tRNA-Trp  87.5 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0589076  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0083  tRNA-Trp  87.5 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000000761194  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  87.5 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  87.5 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  87.5 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  87.5 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0017  tRNA-Trp  87.5 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225393  normal  0.0224677 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t08  tRNA-Trp  90.2 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00447017  unclonable  0.000000239322 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0045  tRNA-Trp  89.09 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113684  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0003  tRNA-Arg  93.02 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.611935  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  90.2 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0047  tRNA-Trp  89.09 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0072652  decreased coverage  0.00838785 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0021  tRNA-Trp  85.92 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394935  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  90 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  90 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  87.93 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  90 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  90 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  90 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0028  tRNA-Trp  89.8 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00207734  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0130  tRNA-Trp  85.94 
 
 
77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.108428  hitchhiker  0.00406594 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  85.94 
 
 
76 bp  56  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t013  tRNA-Trp  85.94 
 
 
77 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0044  tRNA-Trp  85.94 
 
 
77 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00376159  normal  0.558412 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0036  tRNA-Trp  90.91 
 
 
76 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.868247  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4298  tRNA-Trp  89.58 
 
 
76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0004  tRNA-Arg  92.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0638149 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0046  tRNA-Trp  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.590376 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0017  tRNA-Trp  87.5 
 
 
73 bp  56  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0121  tRNA-Trp  85.94 
 
 
77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000153016  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  85.94 
 
 
78 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0011  tRNA-Trp  85.94 
 
 
76 bp  56  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000961162  hitchhiker  0.00000879757 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  85.94 
 
 
76 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  85.94 
 
 
76 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0031  tRNA-Trp  85.94 
 
 
77 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0032  tRNA-Trp  85.94 
 
 
77 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.648314  normal  0.932016 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0046  tRNA-Trp  87.5 
 
 
73 bp  56  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09690  tRNA-Trp  85.94 
 
 
77 bp  56  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000497928  hitchhiker  0.00000737021 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0030  tRNA-Trp  85.94 
 
 
77 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.327508  normal  0.923325 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0013  tRNA-Trp  89.58 
 
 
76 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635468  normal  0.0154478 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0107  tRNA-Trp  85.94 
 
 
77 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000447975  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  85.94 
 
 
76 bp  56  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t097  tRNA-Trp  85.94 
 
 
77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000384434  normal  0.0126807 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309273  tRNA-Arg  92.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0011  tRNA-Trp  89.58 
 
 
76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431964  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0012  tRNA-Trp  89.58 
 
 
76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.714029  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0113  tRNA-Trp  85.94 
 
 
77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0422602  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0101  tRNA-Trp  85.94 
 
 
77 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001896  normal  0.0160972 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0106  tRNA-Trp  85.94 
 
 
77 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.375874  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0048  tRNA-Trp  87.5 
 
 
76 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t21  tRNA-Trp  90.7 
 
 
73 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.542798  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0008  tRNA-Trp  89.36 
 
 
76 bp  54  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0042  tRNA-Arg  90.7 
 
 
74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0013  tRNA-Trp  85.71 
 
 
77 bp  54  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000123102  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0006  tRNA-Trp  94.29 
 
 
76 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.576658  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0043  tRNA-Trp  90.7 
 
 
76 bp  54  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0476411  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2420  tRNA-Trp  87.27 
 
 
76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2130  tRNA-Trp  87.27 
 
 
76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0034  tRNA-Trp  89.36 
 
 
76 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0046  tRNA-Trp  85.71 
 
 
77 bp  54  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309070  tRNA-Arg  90.7 
 
 
74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0067  tRNA-Trp  89.36 
 
 
76 bp  54  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309146  tRNA-Arg  90.7 
 
 
74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.465362  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>