225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4567 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4567  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.926524  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0019  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0805643  normal  0.168241 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0018  tRNA-Trp  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.392779 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0018  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848824 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0031  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.214568  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0036  tRNA-Trp  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.868247  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0564  tRNA-Trp  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198705  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0043  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0476411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1212  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t21  tRNA-Trp  95.92 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.542798  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0006  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0047  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000613865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0060  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0057  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00401705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0054  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0028  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.467787  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0005  tRNA-Trp  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0006  tRNA-Trp  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0002  tRNA-Trp  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.616662  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  97.62 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4298  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.566506  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0031  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0011  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0012  tRNA-Trp  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.714029  normal  0.66542 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0032  tRNA-Trp  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  95 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  95 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0055  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0013  tRNA-Trp  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635468  normal  0.0154478 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0009  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0055  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0065  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123802  normal  0.265717 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0050  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0052  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0051  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0051  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.585976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0067  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0014  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00024389  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0008  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647008 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0044  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00376159  normal  0.558412 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0058  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09690  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000497928  hitchhiker  0.00000737021 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  96.88 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt07  tRNA-Trp  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt07  tRNA-Trp  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0007  tRNA-Trp  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000145435  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0041  tRNA-Trp  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000135677  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  96.88 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  96.88 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08670  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000627266  hitchhiker  0.0000000142101 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  96.88 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  92.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  96.88 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0050  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.601118 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0047  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.401897  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Trp-2  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0176082  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0015  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000191285  normal  0.40925 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0099  tRNA-Trp  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0501832  normal  0.522797 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0055  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.062488  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0098  tRNA-Trp  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0104922 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3793  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000169604  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0023  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000236658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0060  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.389804  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3083  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000104905  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0011  tRNA-Trp  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0076  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000313217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0053  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0372642  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0012  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203559  normal  0.0113389 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0056  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0058  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0567493  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0015  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00484135  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0015  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139983  normal  0.133094 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0014  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000157595  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3185  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000128551  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1907  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000273718  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3761  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000324341  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3462  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00200872  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3823  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0925348  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>