159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BLD_t0002 on replicon NC_010816
Organism: Bifidobacterium longum DJO10A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010816  BLD_t0002  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.616662  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4567  tRNA-Trp  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.926524  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0018  tRNA-Trp  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.392779 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0019  tRNA-Trp  97.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0805643  normal  0.168241 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0031  tRNA-Trp  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.214568  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0018  tRNA-Trp  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00848824 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0053  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0372642  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0006  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0040  tRNA-Trp  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0487601  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0564  tRNA-Trp  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198705  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0007  tRNA-Trp  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000145435  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0009  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31538  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0008  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0012  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.381785 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0019  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0008  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0052  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14008  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.030718 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0016  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0666862  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t21  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.542798  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0043  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0476411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1212  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0036  tRNA-Trp  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.868247  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0012  tRNA-Trp  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000390892  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0012  tRNA-Trp  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000299257  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0071  tRNA-Trp  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0044  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00376159  normal  0.558412 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09690  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000497928  hitchhiker  0.00000737021 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0034  tRNA-Trp  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08670  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000627266  hitchhiker  0.0000000142101 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0041  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000135677  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0036  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000784105  unclonable  0.0000000173687 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0090  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0098  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0104922 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0013  tRNA-Trp  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00030816  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0099  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0501832  normal  0.522797 
 
 
-
 
NC_006368  lppt07  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt07  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0009  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0063  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0052  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA31  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000845148  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0067  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04716  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0715561 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Trp-2  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0176082  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0055  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.062488  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0008  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647008 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0023  tRNA-Trp  90 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000236658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0048  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0045  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000437445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3083  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000104905  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0011  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0076  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000313217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0056  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0015  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00484135  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0047  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.401897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0014  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000157595  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3185  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000128551  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1907  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000273718  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3761  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000324341  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3823  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0925348  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3462  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00200872  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0034  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220727 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0036  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0303875  normal  0.494779 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0052  tRNA-Trp  90 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0012  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203559  normal  0.0113389 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0060  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.389804  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0015  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139983  normal  0.133094 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0015  tRNA-Trp  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000191285  normal  0.40925 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>