More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3276 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_3276  ribosomal protein L11 methyltransferase  100 
 
 
279 aa  577  1e-164  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1569  ribosomal protein L11 methyltransferase  44.09 
 
 
278 aa  236  2e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.641228  normal  0.177131 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5617  ribosomal L11 methyltransferase  41.82 
 
 
276 aa  230  2e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.395097 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1993  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.06 
 
 
278 aa  213  2.9999999999999995e-54  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3507  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.21 
 
 
293 aa  211  7.999999999999999e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.340912  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3738  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.73 
 
 
312 aa  209  4e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.71543 
 
 
-
 
NC_002950  PG0635  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.53 
 
 
311 aa  208  9e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.312814 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13478  putative ribosomal protein L11 methyltransferase  43.24 
 
 
276 aa  202  5e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.248729  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6514  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.72 
 
 
285 aa  180  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.210209  normal  0.104822 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2021  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.86 
 
 
288 aa  144  1e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2327  ribosomal L11 methyltransferase  33.74 
 
 
285 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2179  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.57 
 
 
290 aa  132  6e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2820  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.69 
 
 
288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2447  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.41 
 
 
287 aa  126  3e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2421  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.15 
 
 
293 aa  123  4e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2061  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.75 
 
 
286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2585  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.17 
 
 
289 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.188755  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1994  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.43 
 
 
316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.467353  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0246  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  35.98 
 
 
287 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0486812  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0256  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.16 
 
 
287 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.16 
 
 
287 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0167166  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0503  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.11 
 
 
289 aa  104  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0527  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.97 
 
 
289 aa  103  3e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1320  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.54 
 
 
313 aa  102  7e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.740107  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3214  methyltransferase of 50S ribosomal subunit protein L11  29.91 
 
 
311 aa  101  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0089  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.1 
 
 
317 aa  101  2e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3219  ribosomal protein L11 methyltransferase  27.49 
 
 
307 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607744  hitchhiker  0.0000170628 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1015  ribosomal protein L11 methyltransferase  25.27 
 
 
312 aa  99.8  5e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1969  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.31 
 
 
317 aa  99.4  6e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4163  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.77 
 
 
312 aa  99.4  6e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000153463  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4393  ribosomal protein L11 methyltransferase  27.14 
 
 
312 aa  99.4  7e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000946748  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3428  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.8 
 
 
300 aa  99  8e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.244966  normal  0.0610073 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1050  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.55 
 
 
292 aa  98.6  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00582001  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1648  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.03 
 
 
308 aa  97.4  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.411566  hitchhiker  0.000715669 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0196  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.81 
 
 
317 aa  97.8  2e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.886747  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0718  ribosomal protein L11 methyltransferase  29.25 
 
 
319 aa  97.1  3e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000247625  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3937  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.28 
 
 
296 aa  96.7  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0015501  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2837  ribosomal protein L11 methyltransferase  29.82 
 
 
294 aa  97.1  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.104112  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4445  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.77 
 
 
312 aa  96.7  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000232951  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0442  ribosomal protein L11 methyltransferase  27.23 
 
 
294 aa  97.1  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1622  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.33 
 
 
307 aa  96.7  3e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174777  unclonable  0.000000000413669 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2871  ribosomal L11 methyltransferase  30.9 
 
 
284 aa  97.1  3e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0540  ribosomal protein L11 methyltransferase  29.46 
 
 
293 aa  96.7  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1796  ribosomal protein L11 methyltransferase  29.38 
 
 
316 aa  96.7  4e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.508174  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0530  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.34 
 
 
300 aa  96.7  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.982055  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4211  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.39 
 
 
312 aa  96.3  5e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000228671  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4049  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.39 
 
 
312 aa  96.3  5e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0005166  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4059  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.39 
 
 
312 aa  96.3  5e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000479623  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1852  ribosomal L11 methyltransferase  27.65 
 
 
282 aa  96.3  5e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.524439  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4537  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.39 
 
 
312 aa  96.3  5e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0104704  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2691  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.32 
 
 
303 aa  96.3  5e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000606205  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4334  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.39 
 
 
312 aa  96.3  5e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.10013e-48 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0805  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.77 
 
 
312 aa  96.3  6e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000461178  decreased coverage  1.14716e-22 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00173  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.79 
 
 
295 aa  95.9  7e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0566  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.29 
 
 
296 aa  95.5  8e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0178303  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1576  ribosomal protein L11 methyltransferase-like protein  30.73 
 
 
307 aa  95.5  8e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0767269  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4431  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.77 
 
 
312 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00225658  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1470  ribosomal protein L11 methyltransferase  29.15 
 
 
308 aa  95.1  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.456616  unclonable  0.00000118267 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3447  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.25 
 
 
300 aa  94.7  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.801921  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4117  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.32 
 
 
293 aa  94.4  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0350894  hitchhiker  0.000425949 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3038  ribosomal protein L11 methyltransferase  27.94 
 
 
312 aa  94.4  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000244532  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2077  ribosomal protein L11 methyltransferase  28.5 
 
 
308 aa  94.7  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2788  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.88 
 
 
298 aa  94  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3442  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.48 
 
 
293 aa  93.6  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.116345  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2687  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.15 
 
 
295 aa  93.6  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000011349  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2494  ribosomal protein L11 methyltransferase  31 
 
 
308 aa  94  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00440175  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0506  ribosomal protein L11 methyltransferase  28.31 
 
 
293 aa  93.6  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0662184  hitchhiker  0.00329443 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2284  ribosomal protein L11 methyltransferase  27.96 
 
 
313 aa  93.6  3e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1999  ribosomal protein L11 methyltransferase  27.96 
 
 
313 aa  93.6  3e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2455  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.51 
 
 
302 aa  93.6  4e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000737706  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0454  ribosomal protein L11 methyltransferase  27.92 
 
 
293 aa  93.2  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.281322  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1210  ribosomal protein L11 methyltransferase  27.92 
 
 
306 aa  93.2  4e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000191055  normal  0.886421 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0388  ribosomal protein L11 methyltransferase  27.92 
 
 
293 aa  93.2  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000022526  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002195  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.85 
 
 
295 aa  93.2  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00271176  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3386  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  30.85 
 
 
299 aa  93.2  5e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0387461  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0401  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.48 
 
 
293 aa  93.2  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0130632  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3624  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.48 
 
 
293 aa  93.2  5e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000162524  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0400  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.48 
 
 
293 aa  93.2  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0151894  normal  0.0533338 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2435  ribosomal protein L11 methyltransferase  25.37 
 
 
315 aa  92.8  6e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0183971  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3886  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.48 
 
 
293 aa  92.4  6e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.393855  hitchhiker  0.00000257617 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4079  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.48 
 
 
293 aa  92.8  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0139274  normal  0.0416888 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0455  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.6 
 
 
293 aa  92.8  6e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000781607  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1188  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.92 
 
 
296 aa  92.8  6e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.158292  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.03 
 
 
286 aa  92.4  7e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.210387 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0972  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.1 
 
 
315 aa  92.4  7e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0395  ribosomal protein L11 methyltransferase  29.95 
 
 
293 aa  92.4  8e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3963  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.48 
 
 
293 aa  92.4  8e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00574631  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1146  ribosomal protein L11 methyltransferase  27.48 
 
 
312 aa  91.7  1e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03936  ribosomal protein L11 methyltransferase  28.85 
 
 
292 aa  91.7  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.165718  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2631  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.74 
 
 
300 aa  92  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0180  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.48 
 
 
296 aa  90.9  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0841101 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2623  ribosomal protein L11 methyltransferase  29.33 
 
 
298 aa  90.5  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.906319 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3938  ribosomal protein L11 methyltransferase  29.95 
 
 
293 aa  90.5  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000797733  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0023  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  27.92 
 
 
295 aa  90.5  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4297  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.85 
 
 
312 aa  90.5  3e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000247915  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0241  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.44 
 
 
306 aa  90.5  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000356795  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0446  ribosomal protein L11 methyltransferase  28.84 
 
 
293 aa  89.7  4e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.119875  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1047  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.88 
 
 
293 aa  89.7  5e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0465  ribosomal L11 methyltransferase  30.19 
 
 
292 aa  89  7e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14081  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.39 
 
 
305 aa  88.6  9e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0500355  normal  0.0701563 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>