More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_2750 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_2750  DNA-binding protein HU-beta  100 
 
 		 90 aa  171  2.9999999999999996e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1967  histone family protein DNA-binding protein  64.04 
 
 		 92 aa  112  2.0000000000000002e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00606172  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0139  histone family protein DNA-binding protein  64.04 
 
 		 90 aa  111  3e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1826  hypothetical protein  58.89 
 
 		 92 aa  108  3e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1822  hypothetical protein  58.89 
 
 		 92 aa  108  3e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1957  histone-like DNA-binding protein  59.55 
 
 		 91 aa  107  4.0000000000000004e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000024611  normal  0.388646 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09623  probable DNA-binding protein HU  58.43 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.355669  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0324  histone family protein DNA-binding protein  57.3 
 
 		 90 aa  105  3e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.064189  normal  0.0110025 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0201  histone family protein DNA-binding protein  56.18 
 
 		 91 aa  103  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000429798  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0238  histone family protein DNA-binding protein  56.47 
 
 		 91 aa  102  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4704  histone-like DNA-binding protein  56.18 
 
 		 93 aa  101  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  59.55 
 
 		 90 aa  100  5e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3493  DNA-binding protein HU  59.55 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.175993  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1837  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00431989  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41210  DNA-binding protein HU  59.55 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0758892  normal  0.416187 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2303  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 		 90 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0561689  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1745  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 		 90 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.693876  hitchhiker  0.00044049 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0007  histone-like DNA-binding protein  61.45 
 
 		 98 aa  99  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2043  histone-like DNA-binding protein  56.18 
 
 		 90 aa  98.6  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1641  DNA-binding protein HU  55.29 
 
 		 94 aa  99  2e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  7.02248e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1905  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 		 90 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173408  hitchhiker  0.000216257 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23600  histone-like DNA-binding protein  58.43 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0508  DNA-binding protein HU  55.29 
 
 		 94 aa  99  2e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000377509  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3466  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 		 90 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360259  hitchhiker  0.000212777 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2053  nucleoid protein HU beta subunit  58.43 
 
 		 90 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000457213  normal  0.0670315 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3133  histone-like DNA-binding protein  57.65 
 
 		 90 aa  98.2  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000045924  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0362  histone-like DNA-binding protein  53.93 
 
 		 91 aa  97.8  4e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0293  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 		 94 aa  97.8  4e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.416752  normal  0.0238993 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2337  histone-like DNA-binding protein  61.18 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000498066  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1726  histone family protein DNA-binding protein  62.2 
 
 		 90 aa  97.4  6e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000326644  hitchhiker  0.00672024 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1674  histone-like DNA-binding protein  61.18 
 
 		 90 aa  97.1  6e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.171237 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2014  histone family protein DNA-binding protein  57.3 
 
 		 90 aa  96.7  9e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000105311  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1180  histone-like DNA-binding protein  55.06 
 
 		 90 aa  96.3  1e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  2.95654e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2857  histone family protein DNA-binding protein  58.89 
 
 		 90 aa  96.3  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000465869  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3132  DNA-binding protein HU  57.65 
 
 		 94 aa  95.5  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246817  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2673  histone family protein DNA-binding protein  55.29 
 
 		 91 aa  95.5  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.156087  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0355  histone-like DNA-binding protein  57.65 
 
 		 94 aa  95.9  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00204011  normal  0.390975 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1608  histone-like DNA-binding protein  57.65 
 
 		 96 aa  95.5  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.49082e-20  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0430  histone family protein DNA-binding protein  53.93 
 
 		 90 aa  94.7  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.719598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0390  histone family protein DNA-binding protein  56.1 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000165854  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4958  histone-like DNA-binding protein  55.29 
 
 		 103 aa  94.7  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.674818  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3723  DNA-binding protein HU-beta  56.18 
 
 		 90 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.612497  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1750  histone-like DNA-binding protein  56.18 
 
 		 90 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.519537  normal  0.0235988 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3694  nucleoid protein HU beta subunit  56.18 
 
 		 90 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.566059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0658  histone-like DNA-binding protein  55.06 
 
 		 90 aa  94.4  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0075  histone family protein DNA-binding protein  55.06 
 
 		 91 aa  94.7  4e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3532  histone family protein DNA-binding protein  55.06 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1629  DNA-binding protein HU, form B  58.54 
 
 		 92 aa  94  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2972  DNA-binding protein HU-alpha  58.54 
 
 		 92 aa  94  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0004  DNA-binding protein HU-alpha  58.54 
 
 		 92 aa  94  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0004  DNA-binding protein HU-alpha  58.54 
 
 		 92 aa  94  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2913  DNA-binding protein HU, form B  58.54 
 
 		 92 aa  94  6e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.5361  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0004  DNA-binding protein HU-alpha  58.54 
 
 		 126 aa  94  6e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3397  DNA-binding protein HU, form B  58.54 
 
 		 92 aa  94  6e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.218557  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0648  histone family protein DNA-binding protein  59.76 
 
 		 91 aa  94  7e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000417185  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4407  histone family protein DNA-binding protein  55.29 
 
 		 94 aa  94  7e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000192025  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2107  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 90 aa  93.6  8e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000844989  hitchhiker  0.00906741 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1611  nucleoid protein HU beta subunit  53.93 
 
 		 90 aa  93.6  9e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000132089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1551  histone-like DNA-binding protein  51.76 
 
 		 103 aa  93.2  9e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00525571  normal  0.659297 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4353  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 		 90 aa  93.2  9e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0860  histone family protein DNA-binding protein  56.18 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0124999  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0576  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0418926 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  51.69 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0600  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3158  histone-like DNA-binding protein  53.93 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0942  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1910  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 90 aa  92.8  1e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000000311196  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3261  transcriptional regulator HU subunit beta  51.69 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3781  HU family DNA-binding protein  54.12 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.0095051  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3247  histone-like DNA-binding protein  57.32 
 
 		 92 aa  92.4  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0065  histone family protein DNA-binding protein  57.32 
 
 		 92 aa  92.4  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0016  nucleoid protein HU beta subunit  56.47 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1051  transcriptional regulator HU subunit beta  51.69 
 
 		 90 aa  92.4  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.593082  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3731  histone family protein DNA-binding protein  51.69 
 
 		 90 aa  92  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0005  histone-like DNA-binding protein  57.32 
 
 		 92 aa  92.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.129264  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0066  histone family protein DNA-binding protein  57.32 
 
 		 92 aa  92.4  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0055  histone family protein DNA-binding protein  57.32 
 
 		 92 aa  92.4  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4266  histone family protein DNA-binding protein  56.47 
 
 		 93 aa  92  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.598481  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0065  histone family protein DNA-binding protein  57.32 
 
 		 92 aa  92.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0084  histone family protein DNA-binding protein  57.32 
 
 		 92 aa  92.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0507  histone family protein DNA-binding protein  53.93 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0267079  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3817  histone family protein DNA-binding protein  53.93 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.531766  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3325  histone family protein DNA-binding protein  53.93 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3761  histone family protein DNA-binding protein  53.93 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.768478 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3943  histone family protein DNA-binding protein  53.93 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.37618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1509  DNA-binding protein HU-beta  52.94 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000490467  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3065  transcriptional regulator HU subunit beta  51.69 
 
 		 90 aa  91.7  3e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0133  histone family protein DNA-binding protein  54.12 
 
 		 91 aa  91.7  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116647  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0465  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2572  histone family protein DNA-binding protein  55 
 
 		 206 aa  91.3  4e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0548  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2285  histone family protein DNA-binding protein  49.44 
 
 		 90 aa  91.3  4e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1014  histone family protein DNA-binding protein  55.29 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2292  nucleoid protein Hbs  55.29 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337722  normal  0.315371 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1909  histone family protein DNA-binding protein  54.12 
 
 		 90 aa  90.9  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.715849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1181  histone family protein DNA-binding protein  52.94 
 
 		 92 aa  90.9  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.42545  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3169  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 		 90 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000005828  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0476  transcriptional regulator HU subunit beta  52.81 
 
 		 90 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000220916  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0363  transcriptional regulator HU subunit beta  52.81 
 
 		 90 aa  90.9  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00017145  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0517  transcriptional regulator HU subunit beta  52.81 
 
 		 90 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000441181  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>