More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_1003 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_1003  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  100 
 
 
215 aa  431  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.936359  hitchhiker  0.000222561 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3276  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  80 
 
 
211 aa  342  2e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0536104  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4023  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  76.28 
 
 
211 aa  327  7e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3238  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  75.81 
 
 
207 aa  321  5e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.454653  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3432  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  70.23 
 
 
211 aa  305  4.0000000000000004e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2764  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  70.23 
 
 
211 aa  304  6e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.615539  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3708  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  73.95 
 
 
211 aa  300  1e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1625  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  72.09 
 
 
211 aa  296  1e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5412  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  68.37 
 
 
214 aa  288  4e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.809897 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2757  hypothetical protein  73.02 
 
 
209 aa  288  5.0000000000000004e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.935543  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2584  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  71.63 
 
 
208 aa  286  2e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.011828 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1079  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  65.12 
 
 
207 aa  278  4e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0136774  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2136  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  65.12 
 
 
210 aa  278  6e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2009  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  65.12 
 
 
210 aa  277  1e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.254165  hitchhiker  0.000210728 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5405  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  64.19 
 
 
210 aa  275  3e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.391438  normal  0.71393 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0983  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  64.19 
 
 
207 aa  274  8e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0564469 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1175  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  64.65 
 
 
210 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.939017  hitchhiker  0.000000660923 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5978  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  63.72 
 
 
210 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.14868  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2117  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  63.72 
 
 
210 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00315918 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2099  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  63.72 
 
 
210 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2552  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  63.26 
 
 
211 aa  271  6e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000159631  normal  0.146641 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1682  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  63.72 
 
 
209 aa  268  4e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.824894  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2184  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  63.72 
 
 
209 aa  268  4e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2623  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  63.72 
 
 
209 aa  268  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2702  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  63.72 
 
 
209 aa  268  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1457  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  63.72 
 
 
209 aa  268  4e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517648  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2569  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  63.72 
 
 
209 aa  268  4e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3133  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  63.72 
 
 
209 aa  268  4e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.39497  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1902  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  64.19 
 
 
209 aa  268  5e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1581  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family translation factor  62.33 
 
 
211 aa  266  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.132885  normal  0.746993 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1101  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  63.26 
 
 
207 aa  266  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1431  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  61.86 
 
 
230 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.928431 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1065  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  60.93 
 
 
215 aa  264  8e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0149272  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1141  hypothetical protein  62.33 
 
 
207 aa  262  2e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1876  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  61.86 
 
 
209 aa  256  2e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1684  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.14 
 
 
207 aa  245  4e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1719  hypothetical protein  58.37 
 
 
207 aa  243  1.9999999999999999e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2527  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  55.4 
 
 
207 aa  239  2e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1527  putative translation factor Sua5  57.75 
 
 
207 aa  236  1e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0764912 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003091  YrdC family protein  55.45 
 
 
206 aa  232  4.0000000000000004e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0373896  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3395  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  54.5 
 
 
210 aa  231  6e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000157314  normal  0.436667 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2315  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  52.56 
 
 
210 aa  230  1e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0708  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  54.5 
 
 
206 aa  228  6e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.711996  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02755  hypothetical protein  54.55 
 
 
206 aa  228  7e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1927  hypothetical protein  54.46 
 
 
209 aa  226  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2827  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.18 
 
 
206 aa  225  3e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22830  SUA5/yciO/yrdC family:Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  54.46 
 
 
209 aa  225  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.182663 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0799  hypothetical protein  54.55 
 
 
206 aa  224  6e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2017  SUA5/YciO/YrdC/YwlC family protein  54.46 
 
 
205 aa  224  9e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0720523  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2461  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  57.21 
 
 
208 aa  223  2e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.742023  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1598  hypothetical protein  52.15 
 
 
206 aa  222  3e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1488  translation factor SUA5  51.66 
 
 
209 aa  222  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0525499  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1398  hypothetical protein  52.15 
 
 
206 aa  221  6e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01241  hypothetical protein  52.86 
 
 
206 aa  221  9e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2382  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.86 
 
 
206 aa  221  9e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00338683  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2361  hypothetical protein  52.86 
 
 
206 aa  221  9e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000273648 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1491  hypothetical protein  52.86 
 
 
206 aa  221  9e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1466  hypothetical protein  52.86 
 
 
206 aa  221  9e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.748024  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1376  hypothetical protein  52.86 
 
 
206 aa  221  9e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01251  hypothetical protein  52.86 
 
 
206 aa  221  9e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1645  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.61 
 
 
206 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1866  hypothetical protein  52.86 
 
 
218 aa  220  9.999999999999999e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000433853 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1899  hypothetical protein  52.86 
 
 
218 aa  220  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000179513 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1839  translation factor SUA5  51.64 
 
 
206 aa  220  9.999999999999999e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.287256  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2383  putative translation factor, Sua5/YciO/YrdC/YwlC  51.67 
 
 
209 aa  219  1.9999999999999999e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1910  hypothetical protein  52.13 
 
 
206 aa  218  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.570354  hitchhiker  0.000000000000422037 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1847  hypothetical protein  52.13 
 
 
206 aa  218  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.10405  hitchhiker  0.000163651 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1426  hypothetical protein  52.13 
 
 
206 aa  218  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.400287  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1852  hypothetical protein  52.13 
 
 
206 aa  218  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.242218 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2040  hypothetical protein  52.61 
 
 
206 aa  218  7e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.698074  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1929  hypothetical protein  52.61 
 
 
206 aa  218  7e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.837202  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1413  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.2 
 
 
221 aa  217  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0463136  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0719  translation factor SUA5  52.15 
 
 
207 aa  217  7.999999999999999e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.781476  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1156  hypothetical protein  53.11 
 
 
206 aa  216  1e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.860443  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0585  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  53.59 
 
 
208 aa  217  1e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3788  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.67 
 
 
221 aa  216  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000128856 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1728  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  54.76 
 
 
204 aa  217  1e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.856761  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4499  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.2 
 
 
221 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.255855  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2642  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.36 
 
 
206 aa  216  2e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.210491  normal  0.0597402 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2202  hypothetical protein  50.95 
 
 
206 aa  216  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000263235 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4005  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.2 
 
 
221 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000384019 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2910  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  49.77 
 
 
213 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.348469 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1608  hypothetical protein  51.66 
 
 
206 aa  215  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000536358 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2469  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  49.28 
 
 
206 aa  215  4e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0137096  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0903  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.82 
 
 
206 aa  215  5e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2665  hypothetical protein  53.55 
 
 
206 aa  214  8e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000483919 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0976  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.72 
 
 
204 aa  213  9.999999999999999e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1038  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.72 
 
 
204 aa  213  9.999999999999999e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2127  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  49.76 
 
 
206 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3520  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.8 
 
 
206 aa  213  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2170  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.13 
 
 
206 aa  212  2.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.687264  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1835  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.2 
 
 
222 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.225419  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15650  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.72 
 
 
209 aa  212  3.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.319022  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2209  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  49.3 
 
 
207 aa  211  4.9999999999999996e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1811  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.87 
 
 
209 aa  210  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3585  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  51.4 
 
 
222 aa  209  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.170467 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02286  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.67 
 
 
206 aa  209  3e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.271298  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1062  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.92 
 
 
206 aa  209  3e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1230  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  53.14 
 
 
207 aa  208  4e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000496118  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1930  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.17 
 
 
206 aa  204  8e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>