More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9143 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011984  Avi_9143  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  100 
 
 
316 aa  619  1e-176  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.331202  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0075  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.38 
 
 
316 aa  296  5e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.00000000419237  n/a   
 
 
 
NC_011982  Avi_8312  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  47.92 
 
 
317 aa  281  1e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.577715  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.02 
 
 
306 aa  229  3e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.9 
 
 
314 aa  229  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0846884  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.49 
 
 
313 aa  228  8e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
306 aa  226  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  38.78 
 
 
306 aa  225  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
320 aa  224  2e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0617346  normal  0.17443 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1866  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  37.78 
 
 
306 aa  220  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555152  normal  0.486498 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  38.54 
 
 
307 aa  219  6e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
306 aa  219  7e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.85 
 
 
318 aa  218  7.999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.142025  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0976  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  37.46 
 
 
306 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00545821  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0240  putative glutathione ABC transporter, permease protein  37.46 
 
 
306 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
306 aa  218  1e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.9 
 
 
306 aa  218  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.856308  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
306 aa  218  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4576  peptide ABC transporter permease  38.54 
 
 
318 aa  218  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752948  hitchhiker  0.00438876 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0400  putative glutathione ABC transporter, permease protein  37.46 
 
 
306 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1357  putative glutathione ABC transporter, permease protein  37.46 
 
 
306 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255381  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3352  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.46 
 
 
306 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17239  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4164  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.46 
 
 
306 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191651  hitchhiker  0.00741174 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  37.74 
 
 
339 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1851  ABC transport permease  37.14 
 
 
306 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0323  ABC transporter permease protein  37.14 
 
 
306 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1766  putative glutathione ABC transporter, permease protein  37.14 
 
 
306 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
318 aa  216  4e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
316 aa  215  5.9999999999999996e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.46 
 
 
306 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.221048  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  38.1 
 
 
339 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  38.1 
 
 
339 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  38.1 
 
 
339 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  38.1 
 
 
339 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  38.1 
 
 
339 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.46 
 
 
306 aa  215  8e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  0.137292 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  38.05 
 
 
339 aa  215  9e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  38.05 
 
 
339 aa  215  9e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  38.05 
 
 
339 aa  215  9e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  38.05 
 
 
339 aa  215  9e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  38.05 
 
 
339 aa  215  9e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  38.05 
 
 
339 aa  215  9e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  38.05 
 
 
339 aa  215  9e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  38.05 
 
 
339 aa  215  9e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5121  putative ABC transporter permease protein  41.14 
 
 
298 aa  214  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31259  normal  0.407731 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0837  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  36.62 
 
 
306 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039737  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
311 aa  214  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  39.03 
 
 
306 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1114  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  37.14 
 
 
327 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  38.56 
 
 
339 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  38.56 
 
 
339 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  38.1 
 
 
381 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  39.03 
 
 
306 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.71 
 
 
306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  38.98 
 
 
306 aa  212  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  38.98 
 
 
306 aa  212  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
307 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
307 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.71 
 
 
306 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
306 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
306 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.71 
 
 
306 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.71 
 
 
306 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  38.71 
 
 
306 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.71 
 
 
306 aa  212  5.999999999999999e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  38.71 
 
 
306 aa  212  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  38.05 
 
 
339 aa  212  7.999999999999999e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.17 
 
 
313 aa  212  7.999999999999999e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.951896 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
308 aa  211  9e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1925  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.5 
 
 
306 aa  211  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.730701  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.9 
 
 
315 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
306 aa  211  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3533  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.79 
 
 
305 aa  211  1e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4224  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.1 
 
 
306 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.913097  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4455  opine ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  37.58 
 
 
313 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000539356 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2679  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.96 
 
 
314 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0387434  normal  0.596801 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  37.46 
 
 
339 aa  211  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.65 
 
 
313 aa  210  2e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0546452  normal  0.293815 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
306 aa  211  2e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.19 
 
 
314 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.23 
 
 
306 aa  209  5e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.022065  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.39 
 
 
306 aa  209  6e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4093  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.4 
 
 
321 aa  209  6e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.23 
 
 
334 aa  209  7e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  37.42 
 
 
351 aa  208  8e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0808  oligopeptide ABC transporter, permease  37.14 
 
 
316 aa  208  9e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.282065  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
332 aa  208  1e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
313 aa  207  1e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  38.78 
 
 
336 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.92 
 
 
306 aa  207  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.532863  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.9 
 
 
306 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428379  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
314 aa  207  2e-52  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  38.46 
 
 
336 aa  206  3e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.75 
 
 
313 aa  206  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0823  oligopeptide ABC transporter, permease  36.94 
 
 
316 aa  206  4e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.164685  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
336 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  38.78 
 
 
336 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  38.73 
 
 
313 aa  206  5e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>