More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8312 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011982  Avi_8312  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  100 
 
 
317 aa  628  1e-179  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.577715  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0075  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.9 
 
 
316 aa  303  3.0000000000000004e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.00000000419237  n/a   
 
 
 
NC_011984  Avi_9143  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  47.92 
 
 
316 aa  269  5e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.331202  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 
313 aa  240  2e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 
336 aa  237  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  39.35 
 
 
336 aa  236  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  39.29 
 
 
336 aa  235  7e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.35 
 
 
336 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.35 
 
 
336 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  38.99 
 
 
336 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  37.5 
 
 
336 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  38.39 
 
 
336 aa  231  9e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  37.57 
 
 
336 aa  231  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  38.76 
 
 
336 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  37.69 
 
 
337 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.31 
 
 
313 aa  230  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.5 
 
 
333 aa  230  2e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4562  dipeptide ABC transporter, permease protein  40.18 
 
 
336 aa  229  3e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
306 aa  229  4e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.18 
 
 
336 aa  229  5e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0349667  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0812  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.1 
 
 
336 aa  228  9e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153061  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.69 
 
 
336 aa  228  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
322 aa  228  1e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.414511 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
322 aa  228  1e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
322 aa  228  1e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0476049  normal  0.20897 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.62 
 
 
314 aa  227  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0846884  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.53 
 
 
320 aa  227  2e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542684  normal  0.67395 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  37.34 
 
 
306 aa  225  6e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  37.34 
 
 
306 aa  225  6e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
306 aa  225  6e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  37.34 
 
 
306 aa  225  6e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  37.34 
 
 
306 aa  225  6e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
306 aa  225  6e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  37.34 
 
 
306 aa  225  6e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
315 aa  225  6e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4576  peptide ABC transporter permease  39.88 
 
 
318 aa  225  9e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752948  hitchhiker  0.00438876 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.96 
 
 
320 aa  225  9e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0617346  normal  0.17443 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.19 
 
 
312 aa  224  1e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.24 
 
 
313 aa  224  1e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
306 aa  224  1e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  37.03 
 
 
306 aa  223  2e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.06 
 
 
306 aa  223  3e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.8 
 
 
313 aa  223  4e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0546452  normal  0.293815 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.82 
 
 
316 aa  223  4e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  37.03 
 
 
306 aa  222  6e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.06 
 
 
318 aa  222  6e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.87 
 
 
318 aa  222  6e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0735009  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.17 
 
 
315 aa  222  7e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.8 
 
 
318 aa  222  7e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.142025  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
306 aa  221  9e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  37.97 
 
 
307 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1114  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  39.69 
 
 
327 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
313 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18831  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.18 
 
 
334 aa  221  9.999999999999999e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0976  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  39.38 
 
 
306 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00545821  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 
313 aa  219  3e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
316 aa  220  3e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0400  putative glutathione ABC transporter, permease protein  39.38 
 
 
306 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0240  putative glutathione ABC transporter, permease protein  39.38 
 
 
306 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1357  putative glutathione ABC transporter, permease protein  39.38 
 
 
306 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255381  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.92 
 
 
321 aa  219  3.9999999999999997e-56  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.350596  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 
314 aa  219  3.9999999999999997e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1766  putative glutathione ABC transporter, permease protein  39.38 
 
 
306 aa  219  5e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5121  putative ABC transporter permease protein  39.26 
 
 
298 aa  219  5e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31259  normal  0.407731 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1851  ABC transport permease  39.38 
 
 
306 aa  219  5e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0323  ABC transporter permease protein  39.38 
 
 
306 aa  219  6e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.69 
 
 
334 aa  219  7e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  37.03 
 
 
306 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  37.03 
 
 
306 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.44 
 
 
307 aa  218  8.999999999999998e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
307 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  37.03 
 
 
306 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  37.03 
 
 
306 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16520  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  39.94 
 
 
321 aa  218  1e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.488375  normal  0.713064 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  37.03 
 
 
306 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
306 aa  218  1e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2625  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.69 
 
 
313 aa  217  2e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.079138  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.71 
 
 
306 aa  217  2e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4297  alkaline phosphatase  37.8 
 
 
336 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.259448  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2679  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.56 
 
 
314 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0387434  normal  0.596801 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.03 
 
 
306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 
313 aa  216  2.9999999999999998e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.951896 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0408  peptide ABC transporter, permease protein  37.62 
 
 
319 aa  216  4e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.599742  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1299  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.06 
 
 
307 aa  216  4e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10735  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0924  alkaline phosphatase  37.5 
 
 
336 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  38.1 
 
 
336 aa  216  4e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
311 aa  215  5.9999999999999996e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  35.71 
 
 
336 aa  215  7e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  36.39 
 
 
306 aa  215  7e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.62 
 
 
316 aa  215  9e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.143195 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0350  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  36.71 
 
 
310 aa  215  9e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0881  alkaline phosphatase  37.5 
 
 
336 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0920  alkaline phosphatase  37.5 
 
 
336 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745476  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
306 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.856308  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4093  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.63 
 
 
321 aa  214  9.999999999999999e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 
313 aa  213  1.9999999999999998e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00112579 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2120  dipeptide ABC transporter, permease protein  38.46 
 
 
338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.192679  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0351  peptide ABC transporter, permease protein  37.62 
 
 
319 aa  214  1.9999999999999998e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.56 
 
 
313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.459958  normal  0.0393248 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>