53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0539 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0539  two component response regulator  100 
 
 		 127 aa  257  5.0000000000000005e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2338  response regulator receiver protein  41.03 
 
 		 127 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0449719  normal  0.223899 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0272  response regulator receiver protein  41.25 
 
 		 128 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.820027  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3234  response regulator receiver protein  38.37 
 
 		 207 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0140449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1241  signal transduction histidine kinase  35.44 
 
 		 631 aa  51.6  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0246477 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5004  response regulator receiver protein  34.51 
 
 		 118 aa  51.2  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.325761  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0099  putative response regulator  33.66 
 
 		 124 aa  51.2  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0102  response regulator, putative  33.66 
 
 		 125 aa  50.8  0.000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.248594  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  31.17 
 
 		 856 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4279  response regulator receiver protein  34.95 
 
 		 120 aa  48.9  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.718019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  37.18 
 
 		 846 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  32.32 
 
 		 852 aa  47.8  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  29.87 
 
 		 855 aa  47  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3385  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.25 
 
 		 384 aa  47  0.00009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3337  hypothetical protein  33.67 
 
 		 130 aa  47  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.244169  normal  0.34569 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0114  response regulator receiver protein  30.93 
 
 		 127 aa  46.6  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.273159  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0060  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.25 
 
 		 384 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3363  response regulator receiver protein  37.66 
 
 		 133 aa  46.6  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.387857 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5346  response regulator receiver protein  32.41 
 
 		 118 aa  46.2  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2091  response regulator receiver protein  30.61 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.494931  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2179  response regulator receiver protein  30.61 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.896157  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3759  response regulator receiver protein  35.9 
 
 		 127 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.514361  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0431  response regulator receiver protein  34.18 
 
 		 124 aa  45.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0769354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1784  response regulator receiver domain-containing protein  32.91 
 
 		 124 aa  44.7  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.474362  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4234  response regulator receiver protein  32.22 
 
 		 121 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0312747 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2634  response regulator receiver protein  40.7 
 
 		 135 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.873964  normal  0.0480327 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  28.07 
 
 		 856 aa  44.7  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0287  GAF sensor hybrid histidine kinase  29.84 
 
 		 1160 aa  42.7  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1788  response regulator receiver domain-containing protein  30.85 
 
 		 145 aa  43.5  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0773  response regulator receiver  33.33 
 
 		 149 aa  43.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.863112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0074  response regulator receiver protein  33.77 
 
 		 129 aa  43.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0306  two component Fis family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 184 aa  43.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327963  normal  0.0618542 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4303  putative two-component response regulator protein  36.11 
 
 		 130 aa  42.4  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2241  response regulator receiver protein  32.32 
 
 		 126 aa  42.7  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.926249 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1965  response regulator receiver  32.32 
 
 		 126 aa  42.7  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.132523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1267  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  33.72 
 
 		 134 aa  42.7  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00862788 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3207  response regulator receiver protein  32.1 
 
 		 117 aa  42.7  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.156524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2363  response regulator receiver protein  30.3 
 
 		 122 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.549917  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4243  response regulator receiver  32.35 
 
 		 219 aa  41.6  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.376113 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5600  response regulator receiver protein  38.96 
 
 		 124 aa  42  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1684  histidine kinase  30 
 
 		 701 aa  41.6  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1920  response regulator receiver protein  32.05 
 
 		 126 aa  41.6  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.170402 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3106  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 152 aa  41.6  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5585  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 124 aa  41.6  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1587  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.66 
 
 		 231 aa  41.2  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0604  response regulator receiver protein  29.7 
 
 		 147 aa  41.2  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3777  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.84 
 
 		 473 aa  41.2  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0128705 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  35.9 
 
 		 842 aa  41.2  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2302  response regulator receiver protein  30 
 
 		 139 aa  40.8  0.007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0776388 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4846  response regulator receiver protein  34.62 
 
 		 126 aa  40.8  0.007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.211413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1215  response regulator receiver protein  29.21 
 
 		 124 aa  40.4  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0588681  normal  0.159144 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3180  response regulator receiver protein  31.25 
 
 		 124 aa  40.4  0.009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0167969  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0019  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 129 aa  40  0.01  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0611118 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>