More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4843 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_4843  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
341 aa  687    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.714533  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3571  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.11 
 
 
321 aa  140  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0455537  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.58 
 
 
314 aa  137  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.198534  normal  0.135614 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4108  putative nucleotide di-P-sugar epimerase or dehydratase  32.73 
 
 
320 aa  134  3e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.353388  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1542  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.9 
 
 
335 aa  132  7.999999999999999e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.920861  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.56 
 
 
331 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.307178  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2096  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.35 
 
 
314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.644928  hitchhiker  0.0000124933 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.35 
 
 
314 aa  131  2.0000000000000002e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.467345  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.73 
 
 
314 aa  130  4.0000000000000003e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.118371 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.1 
 
 
312 aa  129  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3544  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.1 
 
 
312 aa  129  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2127  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.05 
 
 
314 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0422  UDP-glucose 4-epimerase (NAD-dependent epimerase)  30.51 
 
 
321 aa  126  6e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0254  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.26 
 
 
329 aa  126  6e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.57 
 
 
321 aa  125  9e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0488  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.57 
 
 
321 aa  125  9e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.57 
 
 
321 aa  125  9e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.61 
 
 
321 aa  125  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0418  UDP-glucose 4-epimerase (NAD-dependent epimerase)  29.57 
 
 
321 aa  124  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0619  GDP-fucose synthetase  28.08 
 
 
308 aa  124  2e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3396  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.55 
 
 
312 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.312565 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1121  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  30.22 
 
 
330 aa  123  5e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.45 
 
 
313 aa  123  6e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0747  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.3 
 
 
311 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0627  GDP-fucose synthetase  31.08 
 
 
314 aa  122  7e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0563  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.12 
 
 
321 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6434  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.81 
 
 
345 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.141904 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0370  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.02 
 
 
326 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.29 
 
 
333 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0947626  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0035  GDP-fucose synthetase  26.47 
 
 
312 aa  120  3e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0178713 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1700  GDP-fucose synthetase NAD dependent epimerase/dehydratase  29.15 
 
 
314 aa  120  3e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231068  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 
326 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0430  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.88 
 
 
321 aa  120  3e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.18 
 
 
332 aa  119  4.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.31 
 
 
333 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14451  putative fucose synthetase  27.72 
 
 
337 aa  119  6e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.638706  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0424  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.14 
 
 
321 aa  119  7e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.43 
 
 
323 aa  119  7e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429243  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.79 
 
 
332 aa  119  7e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5688  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.71 
 
 
313 aa  119  9e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.874346 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2334  GDP-L-fucose synthetase  26.99 
 
 
321 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.371509 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4813  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.31 
 
 
321 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  29.52 
 
 
307 aa  118  9.999999999999999e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2384  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.67 
 
 
316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.73165  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 
326 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1589  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.69 
 
 
321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 
326 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1180  GDP-L-fucose synthetase  27.69 
 
 
321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2448  GDP-L-fucose synthetase  26.99 
 
 
321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0192641 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4440  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.72 
 
 
314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.22 
 
 
311 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01958  bifunctional GDP-fucose synthetase: GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase/ GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  28.02 
 
 
321 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.881949  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1605  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.02 
 
 
321 aa  117  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.171954  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2987  GDP-L-fucose synthetase  28.02 
 
 
321 aa  117  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00201772 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.09 
 
 
356 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.435131  normal  0.526104 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.03 
 
 
326 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.253997 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2233  GDP-L-fucose synthetase  26.99 
 
 
321 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.487603  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01947  hypothetical protein  28.02 
 
 
321 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2345  GDP-L-fucose synthetase  26.38 
 
 
321 aa  117  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1010  GDP-L-fucose synthetase  28.02 
 
 
321 aa  117  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2842  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.83 
 
 
324 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.22 
 
 
328 aa  117  3e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2341  GDP-L-fucose synthetase  26.99 
 
 
321 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1041  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.06 
 
 
318 aa  117  3e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0561  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  28.96 
 
 
321 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0894  NAD dependent epimerase/dehydratase family  29.28 
 
 
331 aa  117  3.9999999999999997e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.81 
 
 
305 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3525  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.35 
 
 
326 aa  117  3.9999999999999997e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.783462 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1079  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.36 
 
 
343 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.471078  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.87 
 
 
314 aa  117  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.660712  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5711  GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase /GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  28.81 
 
 
316 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2290  GDP-L-fucose synthetase  26.99 
 
 
321 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.711318  normal  0.0100272 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.94 
 
 
316 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.31 
 
 
335 aa  116  6e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2666  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.02 
 
 
321 aa  116  6.9999999999999995e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.350076 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.27 
 
 
316 aa  115  7.999999999999999e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0706  GDP-fucose synthetase  25.91 
 
 
370 aa  115  7.999999999999999e-25  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3678  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.8 
 
 
329 aa  115  7.999999999999999e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4267  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.31 
 
 
317 aa  115  8.999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.307285  normal  0.160905 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4588  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.01 
 
 
311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.53 
 
 
360 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26434  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1528  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.12 
 
 
337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0624  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.94 
 
 
308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.64 
 
 
315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.35 
 
 
330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0018  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.49 
 
 
318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.22 
 
 
312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.195142  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13691  putative fucose synthetase  26.46 
 
 
332 aa  115  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.21 
 
 
298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.482517 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1766  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.65 
 
 
336 aa  115  2.0000000000000002e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.150051  normal  0.64899 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4059  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.82 
 
 
331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.91 
 
 
307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.139022  hitchhiker  0.0000361495 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5604  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.31 
 
 
332 aa  114  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6328  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.36 
 
 
305 aa  114  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2350  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.58 
 
 
312 aa  114  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0944  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.1 
 
 
324 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.221885  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0060  GDP-fucose synthetase  28.4 
 
 
308 aa  114  3e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.396896  normal  0.0281476 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0962  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.1 
 
 
324 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.913976 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3036  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 
334 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0768033  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>