47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2602 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_2602  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 89 aa  171  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.146882  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5072  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  48.57 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.144386  normal  0.0360395 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1215  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.98 
 
 		 179 aa  50.8  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.10807 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5961  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.74 
 
 		 182 aa  49.7  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00194759  normal  0.0574334 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0087  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  54.17 
 
 		 207 aa  48.1  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7778  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.29 
 
 		 186 aa  47.4  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2149  RNA polymerase factor sigma-70  42.86 
 
 		 188 aa  46.2  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0530  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.67 
 
 		 192 aa  45.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0759  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.74 
 
 		 180 aa  45.4  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.496896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.32 
 
 		 187 aa  45.4  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1778  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.1 
 
 		 183 aa  44.7  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00382251  normal  0.986407 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5230  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  55.32 
 
 		 142 aa  45.1  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09630  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family/RNA polymerase sigma-70 factor, sigma-E family  41.43 
 
 		 183 aa  44.3  0.0005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.229524 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0729  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40 
 
 		 190 aa  43.9  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1506  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit sigma24 -like protein  38.03 
 
 		 196 aa  43.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.0000688953  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0466  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.85 
 
 		 188 aa  42.7  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0677  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.27 
 
 		 171 aa  42.4  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1558  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.36 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779421 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6011  RNA polymerase sigma factor  47.17 
 
 		 179 aa  42.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.784268  normal  0.0725494 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2248  RNA polymerase sigma factor  41.51 
 
 		 189 aa  42  0.003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.647774  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2022  RNA polymerase sigma factor  38.36 
 
 		 189 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80309  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0869  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.06 
 
 		 190 aa  41.6  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1006  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.88 
 
 		 194 aa  41.2  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7159  RNA polymerase sigma factor  46.15 
 
 		 179 aa  41.2  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.693773 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3022  putative RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 		 175 aa  41.2  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.5 
 
 		 181 aa  41.2  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0980  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.68 
 
 		 167 aa  41.2  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.142363  normal  0.0113176 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2247  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50 
 
 		 211 aa  41.2  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0425  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  45.28 
 
 		 173 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.303094  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1187  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  45.28 
 
 		 173 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.140841  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5152  transcriptional regulator, LuxR family  43.28 
 
 		 168 aa  40.8  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.448203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0014  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  45.28 
 
 		 173 aa  40.8  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3371  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.29 
 
 		 210 aa  40.8  0.006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0253707 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0146  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  45.28 
 
 		 173 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169169  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.73 
 
 		 177 aa  40.8  0.006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.530594  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1413  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  45.28 
 
 		 173 aa  40.8  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.113039  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1154  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  45.28 
 
 		 173 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  45.28 
 
 		 173 aa  40.8  0.007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215371  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.71 
 
 		 185 aa  40.4  0.007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2612  RNA polymerase factor sigma-70  36.25 
 
 		 186 aa  40.8  0.007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1248  transcriptional regulator, LuxR family  40.82 
 
 		 167 aa  40.4  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.574937 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1387  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  41.67 
 
 		 173 aa  40.4  0.008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00286946  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1829  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.38 
 
 		 246 aa  40.4  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1217  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.29 
 
 		 246 aa  40.4  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2659  RNA polymerase sigma factor  41.51 
 
 		 189 aa  40.4  0.009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2068  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.22 
 
 		 192 aa  40  0.01  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.903797 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7966  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.68 
 
 		 177 aa  40  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>