69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0005 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.121639  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0043  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.179868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0027  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0009  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0001  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0041  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 93 bp  48.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.368592 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0001  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000514478  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0050  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 93 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000005871  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0097  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0107664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0101  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.174048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0058  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481148  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_513  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0026  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.369996  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0002  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000138039  hitchhiker  0.00000107328 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 96 bp  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0006  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000844947  hitchhiker  0.0000061408 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0008  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.59905e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.44549  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0045  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 93 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.331692  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0005  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 95 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000565734  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26140  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309153  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0019  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0007  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0046  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00112591  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0036  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.5837599999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0053  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00121332  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0054  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00119077  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0009  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309348  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00366383 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309109  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.701033  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309077  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.537864  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0063  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000545483 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0165  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0005  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 96 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0006  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000860706  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0029  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0013  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0007  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.025626  hitchhiker  0.00000743472 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0066  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0635927  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0005  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0472485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0063  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0032  tRNA-Met  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0043  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0061  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.017138 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0007  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>