51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Aboo_0183 on replicon NC_013926
Organism: Aciduliprofundum boonei T469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013926  Aboo_0183  K-like, type 1, subgroup  100 
 
 		 230 aa  459  9.999999999999999e-129  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.00000922938  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1363  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  44.91 
 
 		 221 aa  196  3e-49  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.438885  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0198  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  43.5 
 
 		 263 aa  196  3e-49  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000947081  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2505  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  43.38 
 
 		 260 aa  185  6e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00658393  normal  0.379662 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0582  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  43.24 
 
 		 237 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1793  K-like, type 1, subgroup  42.17 
 
 		 247 aa  152  2.9999999999999998e-36  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.35215  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0934  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  41.36 
 
 		 235 aa  150  2e-35  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0076  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  39.38 
 
 		 247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.141072  hitchhiker  0.00451109 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0431  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  37.95 
 
 		 226 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0115724 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1936  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  39.46 
 
 		 232 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0366  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  39.06 
 
 		 240 aa  144  1e-33  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0837  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  40.27 
 
 		 231 aa  141  8e-33  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.628304  normal  0.123763 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1382  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  37.83 
 
 		 238 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA00790  exosome complex exonuclease rrp4, putative  26.13 
 
 		 331 aa  65.5  0.0000000007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.937014  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31470  predicted protein  25.5 
 
 		 347 aa  52.4  0.000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10406  exosome complex exonuclease Rrp4, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G05860)  24.04 
 
 		 390 aa  50.8  0.00002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.674842  normal  0.0792702 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2219  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.77 
 
 		 724 aa  48.5  0.00008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.656626  normal  0.69654 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1497  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.84 
 
 		 767 aa  46.6  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00694451 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1896  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.16 
 
 		 724 aa  45.8  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.336767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38656  predicted protein  22.94 
 
 		 342 aa  45.8  0.0005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2067  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.16 
 
 		 717 aa  45.8  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0953  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.45 
 
 		 727 aa  44.3  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000928829 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3607  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.73 
 
 		 711 aa  44.3  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0868  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.45 
 
 		 727 aa  44.3  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2277  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.62 
 
 		 715 aa  42.7  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000289568  normal  0.091907 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2253  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.62 
 
 		 715 aa  42.7  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.529509  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.26 
 
 		 712 aa  43.1  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0339212  normal  0.44313 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1641  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.62 
 
 		 715 aa  42.7  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0365038  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1024  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.26 
 
 		 715 aa  42.7  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.547998 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1294  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.65 
 
 		 713 aa  42.4  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0739218  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3460  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.45 
 
 		 711 aa  42.4  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.234004 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0534  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.45 
 
 		 711 aa  42.4  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000544711 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4483  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.45 
 
 		 711 aa  42.4  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5184  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.51 
 
 		 753 aa  42.4  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3356  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.45 
 
 		 711 aa  42.4  0.006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.45 
 
 		 711 aa  42.4  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1834  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.65 
 
 		 713 aa  42.4  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1430  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.65 
 
 		 713 aa  42.4  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1125  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.65 
 
 		 713 aa  42.4  0.006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.412735  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0742  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.65 
 
 		 713 aa  42.4  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1285  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.65 
 
 		 713 aa  42.4  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0408  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.65 
 
 		 713 aa  42.4  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3601  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.73 
 
 		 711 aa  42.4  0.006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0442861 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3647  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.45 
 
 		 711 aa  42.4  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3722  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  28.43 
 
 		 701 aa  42  0.007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2170  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.26 
 
 		 714 aa  42.4  0.007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0402548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2291  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.26 
 
 		 714 aa  42.4  0.007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0701506  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.26 
 
 		 713 aa  42.4  0.007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00845594  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  28.28 
 
 		 722 aa  42  0.008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3218  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.26 
 
 		 716 aa  42  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.634558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.26 
 
 		 718 aa  41.6  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0982499  normal  0.0498481 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>