48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_0431 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010085  Nmar_0431  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  100 
 
 		 226 aa  462  1e-129  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0115724 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0582  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  39.56 
 
 		 237 aa  167  1e-40  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1793  K-like, type 1, subgroup  36.49 
 
 		 247 aa  152  2.9999999999999998e-36  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.35215  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0183  K-like, type 1, subgroup  37.95 
 
 		 230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.00000922938  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0076  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  36.07 
 
 		 247 aa  145  5e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.141072  hitchhiker  0.00451109 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0934  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  35.35 
 
 		 235 aa  143  2e-33  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1936  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  32.59 
 
 		 232 aa  139  4.999999999999999e-32  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0837  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  33.64 
 
 		 231 aa  138  7.999999999999999e-32  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.628304  normal  0.123763 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1363  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  38.43 
 
 		 221 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.438885  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0366  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  33.48 
 
 		 240 aa  132  5e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1382  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  35 
 
 		 238 aa  126  3e-28  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2505  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  32.87 
 
 		 260 aa  114  7.999999999999999e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00658393  normal  0.379662 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0198  exosome complex RNA-binding protein Rrp4  28.24 
 
 		 263 aa  99  5e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000000947081  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA00790  exosome complex exonuclease rrp4, putative  28.87 
 
 		 331 aa  62.8  0.000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.937014  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10406  exosome complex exonuclease Rrp4, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G05860)  26.88 
 
 		 390 aa  51.6  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.674842  normal  0.0792702 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2219  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.65 
 
 		 724 aa  49.3  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.656626  normal  0.69654 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0957  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.38 
 
 		 728 aa  46.6  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.65 
 
 		 714 aa  46.2  0.0004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1896  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.38 
 
 		 724 aa  46.2  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.336767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2277  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.65 
 
 		 715 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000289568  normal  0.091907 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2067  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.38 
 
 		 717 aa  45.8  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31470  predicted protein  23.81 
 
 		 347 aa  45.8  0.0005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2253  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.65 
 
 		 715 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.529509  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1641  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.65 
 
 		 715 aa  45.8  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0365038  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0923  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.43 
 
 		 725 aa  45.8  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.65 
 
 		 712 aa  45.8  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0339212  normal  0.44313 
 
 
-
 
NC_006686  CND02660  conserved hypothetical protein  24.05 
 
 		 247 aa  44.3  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.65 
 
 		 718 aa  44.7  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0982499  normal  0.0498481 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2170  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.65 
 
 		 714 aa  44.3  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0402548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1024  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.65 
 
 		 715 aa  45.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.547998 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3218  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.65 
 
 		 716 aa  44.7  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.634558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38656  predicted protein  26.01 
 
 		 342 aa  45.1  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2291  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.65 
 
 		 714 aa  44.3  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0701506  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0408  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.38 
 
 		 713 aa  43.9  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1834  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.38 
 
 		 713 aa  43.9  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1430  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.38 
 
 		 713 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1125  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.38 
 
 		 713 aa  43.9  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.412735  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0742  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.38 
 
 		 713 aa  43.9  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0817  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.99 
 
 		 722 aa  43.5  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.38 
 
 		 713 aa  43.5  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00845594  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1285  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.38 
 
 		 713 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1294  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.38 
 
 		 713 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0739218  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2553  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  32.47 
 
 		 701 aa  43.5  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.587578  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.99 
 
 		 722 aa  43.5  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5581  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  29.11 
 
 		 715 aa  42.4  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298486  normal  0.0925755 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0693  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.65 
 
 		 706 aa  42.4  0.006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0464736  normal  0.106902 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  27.54 
 
 		 706 aa  42  0.008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.622753  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1696  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.88 
 
 		 699 aa  42  0.009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00000649299  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>