More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1213 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1213  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 129 aa  265  1e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0655  YjgF-like protein  82.54 
 
 		 130 aa  223  5.0000000000000005e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0935  YjgF-like protein  81.1 
 
 		 130 aa  222  2e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3322  endoribonuclease L-PSP  84.95 
 
 		 94 aa  164  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.939467  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2754  endoribonuclease L-PSP  59.84 
 
 		 129 aa  157  6e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3898  putative endoribonuclease L-PSP  60.91 
 
 		 123 aa  154  5.0000000000000005e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04783  hypothetical protein  55.12 
 
 		 125 aa  144  4.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05655  hypothetical protein  55.12 
 
 		 125 aa  144  4.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0751  endoribonuclease L-PSP, putative  64.55 
 
 		 123 aa  143  6e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0701  putative endoribonuclease L-PSP  64.55 
 
 		 123 aa  143  6e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4550  endoribonuclease L-PSP  48.44 
 
 		 127 aa  124  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3088  endoribonuclease L-PSP  48.46 
 
 		 129 aa  121  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.123749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2507  endoribonuclease L-PSP  48.84 
 
 		 136 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.022272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2765  endoribonuclease L-PSP  47.32 
 
 		 128 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2127  endoribonuclease L-PSP  47.32 
 
 		 128 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2739  endoribonuclease L-PSP  47.32 
 
 		 128 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2779  endoribonuclease L-PSP family protein  48.06 
 
 		 128 aa  118  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5680  Endoribonuclease L-PSP  46.88 
 
 		 129 aa  118  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.979461  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6623  Endoribonuclease L-PSP  46.09 
 
 		 129 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.808088  normal  0.892457 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0560  endoribonuclease L-PSP  46.49 
 
 		 128 aa  117  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.511945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6067  endoribonuclease L-PSP  46.49 
 
 		 128 aa  117  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.865959 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2310  putative endoribonuclease L-PSP  46.49 
 
 		 123 aa  117  7e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.650904  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0660  endoribonuclease L-PSP  46.49 
 
 		 128 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.239315  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0179  endoribonuclease L-PSP, putative  46.49 
 
 		 128 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0838  YjgF family protein  46.49 
 
 		 128 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0547  endoribonuclease L-PSP, putative  46.49 
 
 		 128 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2789  endoribonuclease L-PSP  46.49 
 
 		 128 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2656  endoribonuclease L-PSP  46.49 
 
 		 128 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2390  putative endoribonuclease L-PSP  46.49 
 
 		 128 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2768  putative endoribonuclease L-PSP  46.49 
 
 		 128 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0675  putative endoribonuclease L-PSP  46.49 
 
 		 166 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4650  endoribonuclease L-PSP  46.88 
 
 		 129 aa  115  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0994249  normal  0.0444369 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1089  putative endoribonuclease L-PSP  48.6 
 
 		 126 aa  115  3e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1267  putative endoribonuclease L-PSP  48.6 
 
 		 126 aa  114  3.9999999999999997e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.686095  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4773  putative endoribonuclease L-PSP  48.65 
 
 		 130 aa  114  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.091821  normal  0.524756 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6248  translation initiation inhibitor  44.44 
 
 		 128 aa  113  7.999999999999999e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0971244  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4019  endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 		 130 aa  113  8.999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.658483  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  51.82 
 
 		 124 aa  113  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  53.27 
 
 		 124 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  47.32 
 
 		 129 aa  110  7.000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  47.66 
 
 		 126 aa  108  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  47.66 
 
 		 126 aa  108  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1878  endoribonuclease L-PSP  48.6 
 
 		 125 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3491  endoribonuclease L-PSP  48.6 
 
 		 125 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.444346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0042  putative endoribonuclease L-PSP  49.53 
 
 		 124 aa  107  5e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2247  endoribonuclease L-PSP  48.6 
 
 		 125 aa  107  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.137208  normal  0.668732 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  47.71 
 
 		 128 aa  107  6e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  51.4 
 
 		 135 aa  106  9.000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03132  hypothetical protein  46.85 
 
 		 128 aa  106  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.433124  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0943  endoribonuclease L-PSP  49.09 
 
 		 126 aa  105  2e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0278799  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0412  putative endoribonuclease L-PSP  46.79 
 
 		 127 aa  105  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0052  putative endoribonuclease L-PSP  47.66 
 
 		 124 aa  105  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000180566  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0367  endoribonuclease L-PSP  42.11 
 
 		 128 aa  104  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0053  putative endoribonuclease L-PSP  47.66 
 
 		 124 aa  104  5e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0046  endoribonuclease L-PSP  47.66 
 
 		 124 aa  104  5e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0042  pur operon repressor  47.66 
 
 		 124 aa  104  5e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0042  pur operon repressor  47.66 
 
 		 124 aa  104  5e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.478295  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0056  putative endoribonuclease L-PSP  47.66 
 
 		 124 aa  104  5e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0046  endoribonuclease L-PSP  47.66 
 
 		 124 aa  104  5e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5264  putative endoribonuclease L-PSP  46.73 
 
 		 124 aa  103  8e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.574263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  50.93 
 
 		 126 aa  103  9e-22  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4057  YjgF family translation inhibitor  41.44 
 
 		 128 aa  103  9e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.655653 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0642  Endoribonuclease L-PSP  41.44 
 
 		 128 aa  103  9e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.297456 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0045  endoribonuclease L-PSP, putative  47.66 
 
 		 127 aa  103  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4304  Endoribonuclease L-PSP  44.14 
 
 		 128 aa  103  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.135988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4194  Endoribonuclease L-PSP  44.14 
 
 		 128 aa  103  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0919  endoribonuclease L-PSP  47.22 
 
 		 126 aa  102  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.13854 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  46.36 
 
 		 126 aa  103  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1554  putative endoribonuclease L-PSP  46.46 
 
 		 128 aa  102  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0042  putative endoribonuclease L-PSP  46.73 
 
 		 124 aa  102  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0493131  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0969  endoribonuclease L-PSP  47.66 
 
 		 133 aa  101  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.401025  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02784  hypothetical protein  49.55 
 
 		 127 aa  101  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0308  endoribonuclease L-PSP  43.93 
 
 		 127 aa  101  3e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2387  endoribonuclease L-PSP  46.23 
 
 		 124 aa  100  4e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  48.25 
 
 		 125 aa  101  4e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  50.46 
 
 		 128 aa  100  5e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  42.99 
 
 		 125 aa  100  5e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4897  putative endoribonuclease L-PSP  45.95 
 
 		 129 aa  100  7e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2009  endoribonuclease  47.66 
 
 		 125 aa  100  8e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.634719  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2593  endoribonuclease L-PSP  46.3 
 
 		 126 aa  99.4  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  44.86 
 
 		 125 aa  99.8  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0610  putative endoribonuclease L-PSP  47.22 
 
 		 126 aa  99.4  1e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00344225  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1403  endoribonuclease L-PSP  47.27 
 
 		 126 aa  99.4  2e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000591811 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2538  endoribonuclease L-PSP, putative  43.33 
 
 		 126 aa  98.2  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0266359  normal  0.960709 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0135  endoribonuclease L-PSP, putative  43.4 
 
 		 126 aa  97.8  4e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00324378  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0414  putative endoribonuclease L-PSP  46.36 
 
 		 124 aa  97.8  4e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.59864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1723  endoribonuclease L-PSP  48.62 
 
 		 125 aa  97.8  5e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.136811  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3444  putative endoribonuclease L-PSP  47.66 
 
 		 129 aa  97.8  5e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00474727  decreased coverage  0.0000224932 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2324  endoribonuclease L-PSP  47.06 
 
 		 125 aa  97.1  7e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.85805e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  45.05 
 
 		 125 aa  97.1  8e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  45.37 
 
 		 126 aa  96.7  9e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  43.93 
 
 		 123 aa  96.3  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0174  endoribonuclease L-PSP  46.3 
 
 		 125 aa  96.7  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.282996 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0176  endoribonuclease L-PSP  45.37 
 
 		 124 aa  96.7  1e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0812936  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2398  putative endoribonuclease L-PSP  47.22 
 
 		 126 aa  96.7  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000108439  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0144  putative endoribonuclease L-PSP  41.82 
 
 		 126 aa  96.7  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00510728  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3526  endoribonuclease L-PSP  42.98 
 
 		 134 aa  95.9  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.269561  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  38.89 
 
 		 125 aa  95.9  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3594  endoribonuclease L-PSP  42.98 
 
 		 134 aa  95.5  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.825839 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2029  putative endoribonuclease L-PSP  45.45 
 
 		 126 aa  95.5  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0480857  normal  0.0222602 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>