More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2392 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2392  glycine cleavage system H protein  100 
 
 		 119 aa  234  4e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.368043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3621  glycine cleavage system protein H  69.75 
 
 		 120 aa  169  7.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.666557  normal  0.082734 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2298  glycine cleavage system protein H  67.23 
 
 		 118 aa  163  9e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2194  glycine cleavage system protein H  67.23 
 
 		 118 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0869  glycine cleavage system protein H  67.23 
 
 		 118 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.731856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2253  glycine cleavage system protein H  60.5 
 
 		 120 aa  160  5.0000000000000005e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0487645  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1183  glycine cleavage system protein H  63.03 
 
 		 120 aa  160  6e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.157974  normal  0.140639 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6034  glycine cleavage system protein H  58.97 
 
 		 120 aa  156  9e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0418539  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0778  glycine cleavage system protein H  59.83 
 
 		 120 aa  155  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.068818 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3527  glycine cleavage system protein H  60.53 
 
 		 120 aa  155  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.36925 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0854  glycine cleavage system protein H  59.83 
 
 		 120 aa  154  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0728621  normal  0.0870942 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0813  glycine cleavage system protein H  59.83 
 
 		 120 aa  153  8e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.388148  normal  0.22287 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1890  glycine cleavage system protein H  60.68 
 
 		 120 aa  153  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0467152  hitchhiker  0.00604337 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2092  glycine cleavage system protein H  59.83 
 
 		 120 aa  151  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.206967  normal  0.370959 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0680  glycine cleavage system protein H  60.68 
 
 		 122 aa  149  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0726  glycine cleavage system protein H  60.68 
 
 		 122 aa  149  1e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5450  glycine cleavage system protein H  61.95 
 
 		 121 aa  148  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0749655 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2210  glycine cleavage system H protein  60.18 
 
 		 121 aa  149  2e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.194358  normal  0.155334 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1285  glycine cleavage system protein H  59.29 
 
 		 121 aa  147  6e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.390609  normal  0.169764 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1732  glycine cleavage system protein H  60.18 
 
 		 121 aa  146  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2347  glycine cleavage system H protein  61.34 
 
 		 118 aa  146  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.250825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2684  glycine cleavage system H protein  58.97 
 
 		 123 aa  146  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.418167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3863  glycine cleavage system protein H  58.97 
 
 		 122 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.394687  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0734  glycine cleavage system protein H  56.41 
 
 		 124 aa  145  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.5619  normal  0.0299013 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3739  glycine cleavage system protein H  60.71 
 
 		 121 aa  145  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0626114  normal  0.594072 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0712  glycine cleavage system protein H  56.78 
 
 		 122 aa  142  2e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2200  glycine cleavage system protein H  56.78 
 
 		 125 aa  142  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.330883 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1619  glycine cleavage system protein H  55.75 
 
 		 121 aa  142  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.209831  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1867  glycine cleavage system H protein  55.56 
 
 		 122 aa  141  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0347749  normal  0.181057 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1095  glycine cleavage system protein H  53.85 
 
 		 122 aa  141  4e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.171201  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0736  glycine cleavage system protein H  55.93 
 
 		 122 aa  140  7e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0689  glycine cleavage system protein H  52.54 
 
 		 125 aa  139  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.904294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1017  glycine cleavage system protein H  58.62 
 
 		 122 aa  139  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4386  glycine cleavage system protein H  56.78 
 
 		 121 aa  137  4.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.548766  normal  0.706573 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2681  glycine cleavage system protein H  54.7 
 
 		 122 aa  137  6e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.341923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1569  glycine cleavage system protein H  53.57 
 
 		 121 aa  136  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00108538 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1870  glycine cleavage system protein H  55.17 
 
 		 123 aa  135  1e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.510899  normal  0.111412 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4374  glycine cleavage system protein H  61.06 
 
 		 121 aa  134  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.44648  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3020  glycine cleavage system H protein  52.14 
 
 		 124 aa  133  6.0000000000000005e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.29213  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2695  glycine cleavage system protein H  52.59 
 
 		 123 aa  132  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0142  glycine cleavage system protein H  53.78 
 
 		 126 aa  131  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207968  normal  0.345489 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3436  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 135 aa  130  6.999999999999999e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1191  glycine cleavage system protein H  50.42 
 
 		 130 aa  128  2.0000000000000002e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3063  glycine cleavage system protein H  55.46 
 
 		 129 aa  128  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.210618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1719  glycine cleavage system H protein  55.65 
 
 		 130 aa  127  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.891721 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32985  glycine cleavage system protein H  51.26 
 
 		 127 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0356565  hitchhiker  0.0000202177 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2284  glycine cleavage system protein H  53.33 
 
 		 127 aa  127  5.0000000000000004e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.31012  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5018  glycine cleavage system protein H  55.83 
 
 		 127 aa  127  6e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0323678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3231  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 129 aa  127  6e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.816191  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2720  glycine cleavage system protein H  54.62 
 
 		 129 aa  127  6e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0615009  normal  0.778842 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02736  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 129 aa  127  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0429973  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0788  glycine cleavage system H protein  52.94 
 
 		 129 aa  127  7.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.471951  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3063  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 129 aa  127  7.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_27674  predicted protein  53.04 
 
 		 134 aa  127  7.000000000000001e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3325  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 129 aa  127  7.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3391  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 129 aa  127  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.317969  normal  0.844228 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3224  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 129 aa  127  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.226187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3289  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 129 aa  127  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3036  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 129 aa  127  7.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.197625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3286  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 129 aa  127  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4195  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 129 aa  127  7.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0805  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 129 aa  127  7.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0782061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3212  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 129 aa  127  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0254293  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02699  hypothetical protein  52.94 
 
 		 129 aa  127  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0553776  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1432  glycine cleavage system protein H  54.39 
 
 		 124 aa  126  8.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2804  glycine cleavage system protein H  50.42 
 
 		 127 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0629199  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2836  glycine cleavage system H protein  49.57 
 
 		 120 aa  126  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000136421  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3050  glycine cleavage system protein H  48.33 
 
 		 126 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.110388  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3254  glycine cleavage system H protein  50 
 
 		 126 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1851  glycine cleavage system protein H  50.86 
 
 		 123 aa  126  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0324659  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00862  glycine cleavage system protein H  53.78 
 
 		 129 aa  125  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68860  glycine cleavage system protein H  52.59 
 
 		 129 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0780  glycine cleavage system protein H  55.46 
 
 		 129 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2994  glycine cleavage system H protein  50 
 
 		 126 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0247  glycine cleavage system protein H  55.37 
 
 		 128 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0128  glycine cleavage system H protein  50 
 
 		 126 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1216  glycine cleavage system H protein  51.69 
 
 		 125 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00705649 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3927  glycine cleavage system H protein  50 
 
 		 126 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0419405  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5253  glycine cleavage system protein H  54.17 
 
 		 127 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3300  glycine cleavage system H protein  50.43 
 
 		 123 aa  125  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.906564  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4267  glycine cleavage system H protein  47.06 
 
 		 120 aa  125  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.231851  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3330  glycine cleavage system protein H  55.46 
 
 		 129 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.277505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1543  glycine cleavage system H protein  50 
 
 		 126 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.532725  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3310  glycine cleavage system protein H  49.58 
 
 		 136 aa  125  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3500  glycine cleavage system protein H  55.46 
 
 		 129 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.497243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3060  glycine cleavage system H protein  50 
 
 		 126 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3310  glycine cleavage system H protein  50 
 
 		 126 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3998  glycine cleavage system H protein  50 
 
 		 126 aa  124  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0332  glycine cleavage system protein H  57.27 
 
 		 129 aa  125  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1944  glycine cleavage system H protein  47.46 
 
 		 130 aa  124  4.0000000000000003e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000190356 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3210  glycine cleavage system protein H  54.62 
 
 		 129 aa  124  5e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0184338  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1516  glycine cleavage system H protein  48.31 
 
 		 125 aa  124  6e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0307602  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4327  glycine cleavage system H protein  50.85 
 
 		 124 aa  124  6e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.124977  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0339  glycine cleavage system protein H  55.46 
 
 		 130 aa  124  6e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000111817  normal  0.10942 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0623  glycine cleavage system protein H  54.62 
 
 		 129 aa  124  6e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0735032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0798  glycine cleavage system protein H  57.69 
 
 		 126 aa  123  7e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00579569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0805  glycine cleavage system protein H  57.69 
 
 		 126 aa  123  7e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000312809  normal  0.950872 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3323  glycine cleavage system protein H  50.42 
 
 		 129 aa  123  7e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3302  glycine cleavage system protein H  52.94 
 
 		 129 aa  123  7e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.13973  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4998  glycine cleavage system protein H  50 
 
 		 126 aa  123  9e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>