More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1117 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_2989  histidyl-tRNA synthetase  85.82 
 
 		 426 aa  749    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.212301  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3311  histidyl-tRNA synthetase  87.23 
 
 		 425 aa  766    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3004  histidyl-tRNA synthetase  85.82 
 
 		 426 aa  749    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0149184  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1374  histidyl-tRNA synthetase  85.82 
 
 		 426 aa  749    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0595731  normal  0.400844 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1433  histidyl-tRNA synthetase  83.49 
 
 		 424 aa  746    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00243432  normal  0.636484 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1257  histidyl-tRNA synthetase  90.8 
 
 		 424 aa  805    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0282832  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1306  histidyl-tRNA synthetase  85.38 
 
 		 424 aa  757    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000890962  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1229  histidyl-tRNA synthetase  87.71 
 
 		 425 aa  751    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.322745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1300  histidyl-tRNA synthetase  87.47 
 
 		 425 aa  750    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1117  histidyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 424 aa  875    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.727727  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1291  histidyl-tRNA synthetase  83.25 
 
 		 423 aa  735    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0897904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2651  histidyl-tRNA synthetase  88.42 
 
 		 425 aa  771    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1545  histidyl-tRNA synthetase  83.96 
 
 		 424 aa  729    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000365747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1230  histidyl-tRNA synthetase  87.47 
 
 		 425 aa  750    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3147  histidyl-tRNA synthetase  85.58 
 
 		 426 aa  748    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00958807 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2364  histidyl-tRNA synthetase  83.25 
 
 		 424 aa  739    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00827358  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1169  histidyl-tRNA synthetase  69.54 
 
 		 448 aa  615  1e-175  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0566185  normal  0.367142 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0730  histidyl-tRNA synthetase  69.1 
 
 		 424 aa  612  9.999999999999999e-175  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01068  histidyl-tRNA synthetase  67.45 
 
 		 422 aa  606  9.999999999999999e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02980  histidyl-tRNA synthetase  68.87 
 
 		 427 aa  605  9.999999999999999e-173  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.651371  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3125  histidyl-tRNA synthetase  68.4 
 
 		 426 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0624144  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0289  histidyl-tRNA synthetase  68.09 
 
 		 422 aa  607  9.999999999999999e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004348  histidyl-tRNA synthetase  66.75 
 
 		 422 aa  602  1.0000000000000001e-171  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02406  histidyl-tRNA synthetase  65.57 
 
 		 424 aa  591  1e-168  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.820666  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1154  histidyl-tRNA synthetase  65.57 
 
 		 424 aa  591  1e-168  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.708603  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3738  histidyl-tRNA synthetase  65.57 
 
 		 424 aa  591  1e-168  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1163  histidyl-tRNA synthetase  65.57 
 
 		 424 aa  591  1e-168  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.878668  normal  0.0105907 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02368  hypothetical protein  65.57 
 
 		 424 aa  591  1e-168  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.965235  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2665  histidyl-tRNA synthetase  65.57 
 
 		 424 aa  591  1e-168  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0415954  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2736  histidyl-tRNA synthetase  65.8 
 
 		 424 aa  592  1e-168  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2798  histidyl-tRNA synthetase  65.57 
 
 		 424 aa  591  1e-168  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0241493  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2666  histidyl-tRNA synthetase  65.57 
 
 		 424 aa  591  1e-168  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.557016  normal  0.28458 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3608  histidyl-tRNA synthetase  66.27 
 
 		 424 aa  592  1e-168  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.602511 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2716  histidyl-tRNA synthetase  65.57 
 
 		 424 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2779  histidyl-tRNA synthetase  65.33 
 
 		 424 aa  588  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2760  histidyl-tRNA synthetase  65.33 
 
 		 424 aa  588  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.580022 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2890  histidyl-tRNA synthetase  65.57 
 
 		 424 aa  590  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.112536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2673  histidyl-tRNA synthetase  65.33 
 
 		 424 aa  588  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3008  histidyl-tRNA synthetase  66.27 
 
 		 424 aa  585  1e-166  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2889  histidyl-tRNA synthetase  65.09 
 
 		 424 aa  586  1e-166  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.731565  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1187  histidyl-tRNA synthetase  65.09 
 
 		 424 aa  583  1.0000000000000001e-165  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.557803  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4251  histidyl-tRNA synthetase  65.49 
 
 		 426 aa  582  1.0000000000000001e-165  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1119  histidyl-tRNA synthetase  64.86 
 
 		 424 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0417  histidyl-tRNA synthetase  65.09 
 
 		 424 aa  582  1.0000000000000001e-165  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143012 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1294  histidyl-tRNA synthetase  65.09 
 
 		 424 aa  582  1.0000000000000001e-165  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3013  histidyl-tRNA synthetase  64.15 
 
 		 424 aa  580  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1259  histidyl-tRNA synthetase  63.68 
 
 		 424 aa  578  1e-164  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.544922  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1128  histidyl-tRNA synthetase  63.76 
 
 		 424 aa  552  1e-156  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2855  histidyl-tRNA synthetase  65.22 
 
 		 428 aa  546  1e-154  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.983012  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0405  histidyl-tRNA synthetase  60.61 
 
 		 425 aa  546  1e-154  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0735  histidyl-tRNA synthetase  60.52 
 
 		 427 aa  539  9.999999999999999e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4324  histidyl-tRNA synthetase  61.03 
 
 		 429 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.439284  hitchhiker  0.0000000761597 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1435  histidyl-tRNA synthetase  59.81 
 
 		 423 aa  535  1e-151  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.122406  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0854  histidyl-tRNA synthetase  62.29 
 
 		 429 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0897  histidyl-tRNA synthetase  62.29 
 
 		 429 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.475429  hitchhiker  0.000000578873 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4600  histidyl-tRNA synthetase  59.62 
 
 		 429 aa  531  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0884  histidyl-tRNA synthetase  62.29 
 
 		 429 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265271  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1435  histidyl-tRNA synthetase  60.33 
 
 		 429 aa  525  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40280  histidyl-tRNA synthetase  61.97 
 
 		 428 aa  525  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0368177  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2048  Histidine--tRNA ligase  60.29 
 
 		 424 aa  526  1e-148  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.167894  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1249  histidyl-tRNA synthetase  60.33 
 
 		 429 aa  522  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0462121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1357  histidyl-tRNA synthetase  62.1 
 
 		 424 aa  520  1e-146  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000835199 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2889  histidyl-tRNA synthetase  58.49 
 
 		 422 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0902  histidyl-tRNA synthetase, class IIA  58.19 
 
 		 423 aa  505  9.999999999999999e-143  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.717157  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0622  histidyl-tRNA synthetase  58.13 
 
 		 426 aa  499  1e-140  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14890  histidyl-tRNA synthetase  57.28 
 
 		 429 aa  498  1e-140  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3499  histidyl-tRNA synthetase  59.34 
 
 		 428 aa  496  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1393  histidyl-tRNA synthetase  57.31 
 
 		 421 aa  494  9.999999999999999e-139  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1332  histidyl-tRNA synthetase  57.31 
 
 		 421 aa  494  9.999999999999999e-139  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1312  histidyl-tRNA synthetase  57.04 
 
 		 429 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.187766  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1501  histidyl-tRNA synthetase  56.62 
 
 		 426 aa  489  1e-137  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1482  histidyl-tRNA synthetase  56.86 
 
 		 426 aa  490  1e-137  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3389  histidyl-tRNA synthetase  57.28 
 
 		 431 aa  491  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1788  histidyl-tRNA synthetase  55.92 
 
 		 423 aa  485  1e-136  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0009  histidyl-tRNA synthetase  55 
 
 		 430 aa  484  1e-135  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.138679  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1619  histidyl-tRNA synthetase  55.26 
 
 		 419 aa  480  1e-134  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000977083 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1252  histidyl-tRNA synthetase  57.46 
 
 		 429 aa  475  1e-133  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.723955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2984  histidyl-tRNA synthetase  54.8 
 
 		 429 aa  473  1e-132  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0595  histidyl-tRNA synthetase  57.65 
 
 		 419 aa  472  1e-132  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.430312 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2195  histidyl-tRNA synthetase  56.54 
 
 		 430 aa  473  1e-132  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1344  histidyl-tRNA synthetase  57.7 
 
 		 446 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2353  histidyl-tRNA synthetase  57.7 
 
 		 446 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2189  histidyl-tRNA synthetase  57.7 
 
 		 446 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1106  histidyl-tRNA synthetase  57.7 
 
 		 446 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1834  histidyl-tRNA synthetase  57.7 
 
 		 446 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.283546  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0063  histidyl-tRNA synthetase  57.7 
 
 		 446 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00160741  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2227  histidyl-tRNA synthetase  57.7 
 
 		 446 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2540  histidyl-tRNA synthetase  55.24 
 
 		 446 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0401041  hitchhiker  0.00166777 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2235  histidyl-tRNA synthetase  54.86 
 
 		 446 aa  463  1e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1595  histidyl-tRNA synthetase  55.83 
 
 		 446 aa  463  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0413234  normal  0.116448 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1419  histidyl-tRNA synthetase  54.08 
 
 		 446 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.022633 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1216  histidyl-tRNA synthetase  54.55 
 
 		 432 aa  458  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.420305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1749  histidyl-tRNA synthetase  56.28 
 
 		 446 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.192488  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1722  histidyl-tRNA synthetase  56.28 
 
 		 446 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.50762 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1060  histidyl-tRNA synthetase  54.23 
 
 		 450 aa  456  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.110203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1835  histidyl-tRNA synthetase  56.72 
 
 		 446 aa  458  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.969857  normal  0.905369 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5112  histidyl-tRNA synthetase  56.72 
 
 		 446 aa  458  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.238333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6268  histidyl-tRNA synthetase  56.48 
 
 		 446 aa  456  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.674375  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1464  histidyl-tRNA synthetase  55.32 
 
 		 446 aa  456  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.49092  normal  0.444006 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1811  histidyl-tRNA synthetase  56.48 
 
 		 446 aa  456  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>